黃蓮一般是指毛茛科原生植物黃蓮的根莖，屬常用中藥材。色黃，味苦，性寒。清熱燥溼，瀉火解毒。用於溼熱痞滿，嘔吐，瀉痢，黃疸，高熱神昏，心火亢盛，心煩不寐，血熱吐衄，目赤吞酸，牙痛，消渴，癰腫疔瘡;外用治療溼疹，溼瘡，耳道流膿。

黃連素(也稱鹽酸小檗鹼),是從黃蓮根莖或黃柏等提煉取的一種化學品，屬異喹啉類生物鹼，有廣譜抗菌作用。對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，黃蓮素片由鹽酸小檗鹼0.1克、輔料為澱粉、梭甲基澱粉鈉、硬脂酸鎂製成。用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病。臨床主要用於治療細菌性痢疾和腸胃炎。

黃連素即小蘗鹼，是從黃連，黃柏等中提出的有效成份。黃連是中藥，清熱燥溼，瀉火解毒。而黃連素是化學藥，主要用於胃腸道抑菌。

從分類上講，黃連是中藥，是在中醫理論指導下使用的藥物，而黃連素即小檗鹼，是天然藥物，是在現代醫學理論指導下使用的藥物。

中醫上講，黃連具有清熱燥溼，瀉火解毒的作用。用於溼熱痞滿，嘔吐吞酸，瀉痢，黃疸，高熱神昏，心火亢盛，心煩不寐，血熱吐衄，目赤，牙痛，消渴，癰腫疔瘡；外治溼疹，溼瘡，耳道流膿。酒黃連善清上焦火熱。用於目赤，口瘡。薑黃連清胃和胃止嘔。用於寒熱互結，溼熱中阻，痞滿嘔吐。萸黃連舒肝和胃止嘔。用於肝胃不和，嘔吐吞酸。

小檗鹼透過藥理實驗發現有抑菌、抗炎、抗病毒、治療心血管系統疾病、抗腫瘤、治療糖尿病、保護肝臟等多種藥理作用。

黃連的主要有效成分是小檗鹼，但是含有小檗鹼的卻不僅僅是黃連，還有很多植物中可以提取小檗鹼，例如黃柏黃芩和三顆針屬植物。甚至連苦瓜中都含有小檗鹼。

黃連和黃連素是既有關係又有很大區別的兩種物質。

黃連是毛茛科植物黃連、三角葉黃連或雲連的乾燥根莖。是一種常用中藥，作用是清熱燥溼、瀉火解毒、涼血。

黃連素，是小檗鹼的俗稱。黃連中含有眾多的生物鹼，而現代研究表明，小檗鹼是其中含量較高且起到黃連的主要作用的一種，因此，業內基本認可小檗鹼作為黃連的有效成分。但小檗鹼不僅僅存在於黃連中，在黃柏、三棵針等植物中均能提取出來。小檗鹼能對抗病原微生物，對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌的作用最強，常用來治療急性胃腸炎等消化道疾病，且不良反應較小。此外，小檗鹼還具有抗病毒、抗炎、增強免疫、解熱、抗癌等藥理作用。這些現代研究對中醫理論下的中藥黃連的作用起到了一定的解釋和還原作用，以現代理論來驗證了傳統中藥的有效性。

因此，將小檗鹼俗稱為黃連素也是有一定道理的。