朱棣之後，明朝皇帝多短命，且大部分皇帝在子嗣方面都不盡如人意，一脈單傳甚至絕嗣。究其原因有很多，但現代科技界有一個驚人發現，最終破解了這個謎：

曾有人認為，之所以明朝皇帝從朱棣以後都短命，是因為家族遺傳病——惡性高血壓，但並沒有證據，且藩王們壽命卻相對較長，活到七八十歲的很常見，可見原因不成立。

最近，有專家在檢測故宮時發現，當初朱棣遷都北京，大興土木建造紫禁城，使用大量硃砂作為塗料，宮牆和地磚上皆有。而硃砂含有大量的重金屬汞，會造成慢性重金屬中毒。

朱棣以前，明朝皇帝大多數時間都是在南京，嘉靖帝在繼位前也是在南方長大的。而在紫禁城內長大的皇帝，從小生活在汞毒中，身體狀況自然不會好。

清朝皇帝雖然也住在紫禁城，但道光以前，皇帝們基本都生活在圓明園，每年還有一段時間住在避暑山莊。直到英法聯軍焚燒圓明園後，同治和光緒只能呆在紫禁城，身體健康情況真的就不如從前了。

明朝太監劉若愚曾寫過一本書《酌中志》，記載了天啟年間皇宮內的情況。

他在書中提到：每到冬天，紫禁城內會使用一種“紅籮炭”，即用硬木燒製成的上等木炭。木炭放在室內燃燒會引起一氧化碳中毒，令人眩暈、發嘔、昏迷，幼小的皇子、皇女中毒，甚至夭折就不奇怪了。清朝末代皇帝溥儀也曾中過“煤毒”，差點兒喪命。

紫禁城裡有取暖裝置，比如養心殿的東暖閣，設有地下火道，熱力從室外傳到室內，防止了煙塵汙染。但在古代，暖閣的施工和維護都很複雜，且燃料耗費巨大，只有帝后的宮殿才能享受這種待遇，妃子和皇子女們是無法享用的。

明朝前期的皇帝（昏庸的除外），每天工作的時間佔三分之二，所有大小事宜都需要皇帝來批准。朱元璋每天批奏摺要批到深夜甚至凌晨，第二天早上5點鐘就要開始準備上朝。極大的身體透支和精神壓力，也是導致皇帝短命的原因。

直到明神宗朱翊鈞登基，因皇帝年幼，軍政大權由內閣首輔張居正把控，導致皇帝反而無所事事。

歷朝歷代都有幾個不幹正事兒的皇帝，但明朝特別多：專寵自己奶孃的明憲宗朱見深、依賴太監劉瑾的明武宗朱厚照，給瓦剌人當了俘虜的明英宗朱祁鎮，喜歡鋸木頭的明熹宗朱由校，縱慾無度的明穆宗朱載垕……這些皇帝的奇葩行為，也是促使自己早亡和大明後期衰敗的原因之一。