簡單來說，可以說是由基因決定的，因為染色體上也是有很多基因的，性狀的不同就是染色體上基因的表達；也可以直接說是由染色體決定的。

總體來說,物種的性別決定機制被分為兩大類:環境性別決定 (ESD) 和遺傳性別決定 (GSD)。ESD物種沒有性別特異的染色體存在,其性別在胚胎髮育過程中由周圍的各種環境因素作用而決定。下圖是部分已知物種的性染色體系統和性別決定基因示意圖。

人類是屬於遺傳性別決定方式，遺傳決定性別意味著物種的雌雄個體有著不同的遺傳資訊, 即由性染色體決定性腺的發育方向。GSD物種的性別由精子和卵子所攜帶的染色體決定，也就是說人類性別是由染色體決定。目前已經有研究在很多物種中發現了大量與性別決定通路相關的基因，從這個角度來說，性別是受基因的控制。下圖是性染色體演化的一般模式示意。

許多關於性染色體演化規律的結論都是基於具有高度分化的性染色體的模式生物中,例如果蠅和人類.這提示我們對性別決定機制和性染色體演化的理解可能更偏向於哺乳動物類似的XY系統,並且很大程度上受到模式生物學研究的影響。但是理論模擬提示, ZW性染色體系統有可能對性別選擇效應更加敏感,這解釋了為什麼在鳥類或者蝴蝶等這些物種的雄性中,我們經常能夠觀察到多樣性遠遠高於哺乳動物或者果蠅的性別性狀。

參考文獻： 吳芮封，徐小曼，周琦等.性別決定機制和性染色體的演化

【基因】

基因層面上，一般把SRY基因作為性別確定基因，即具有SRY基因，則發育成男孩，不具有SRY基因，則發育成女孩。研究發現，其實SRY只是影響性別發育的諸多基因之一，已經發現十餘種與性別發育相關的基因，它們分別從不同的發育階段對胎兒的性徵發育進行調控。任何階段出現問題，均會引起性發育異常，使孩子出生後表現為性徵模糊現象。

【染色體】

在染色體層面上，人類具有23對46條染色體，其中22對44條染色體被稱為常染色體，主要調控身體的發育，而與性別發育相關的被稱為性染色體，通常用 “X”和“Y”來表現為達。正常男性的性染色體的核型表現為現為：46，XY；正常女性的性染色體的核型表現為現為：46，XX。一般認為，在人類胚胎的染色體中如果存在Y染色體，就發育成男孩；如果缺乏Y染色體，則發育成女孩。但有些人由於性染色體數目或結構的變化，表現為現為性發育異常，如性染色體的核型為45，XO ，就表現為現出女性發育不良；再如染色體的核型為48，XXXY ，就表現為現為男性發育不良等。當然，常染色體對性別發育也有一定的影響，只是它們對全身發育的影響較大，鑑定性別一般不太考慮。

基因控制性別差異 它確保了它不像雌雄同體那樣奇怪。 通常 基因是兒童性別平等的基礎 然後性別被拋棄了， 最初由精子基因型決定 精子是x或y染色體。 卵子是一個X型性染色體。 精子種類是兩種之一 用卵子進行精子核反應 前者是基礎，而後者決定性別趨勢。