如果丟失發票，不用驚慌，可以參照以下流程處理，

一、專用發票丟失的處理建議

　　（一）應於發現當日書面向發現丟失當日書面報告稅務機關。辦理髮票掛失損毀報告需要提交《發票掛失損毀報告表》1份。如果發票遺失、損毀且發票數量較大在報告表中無法全部反映，還應提供《掛失損毀發票清單》1份。

　　（二）接受稅務機關行政處罰。如果符合首違不罰的規定，可免予處罰。

　　（三）憑影印件勾選或認證。銷貨方納稅人已上傳發票明細資料的，購貨方納稅人可憑專用發票記賬聯影印件直接勾選抵扣或掃描認證；銷貨方無需再向主管稅務機關申請開具證明。

　　（四）憑證管理及資料留存

　　1.丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件進行認證，認證相符的可憑專用發票記賬聯影印件作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯影印件留存備查。

　　2.丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯影印件留存備查；如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯認證，專用發票發票聯影印件留存備查。

　　3.丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。

　　二、普通發票丟失的處理建議

　　（一）應於發現當日書面向發現丟失當日書面報告稅務機關。辦理髮票掛失損毀報告需要提交《發票掛失損毀報告表》1份。如果發票遺失、損毀且發票數量較大在報告表中無法全部反映，還應提供《掛失損毀發票清單》1份。

　　（二）接受稅務機關行政處罰。如果符合首違不罰的規定，可免予處罰。

　　（三）憑證管理及資料留存

　　1.可以取得證明的

　　取得原開出單位蓋有公章的證明，並註明原來憑證的號碼、金額和內容等，由經辦單位會計機構負責人、會計主管人員和單位領導人批准後，代作原始憑證。憑發票影印件入賬前，影印件上由原件儲存單位或者個人在複製件上註明“與原件核對無誤，原件存於我處”，並由提供人簽章。

　　2.確實無法取得證明的

　　如火車、輪船、飛機票等憑證，由當事人寫出詳細情況，由經辦單位會計機構負責人、會計主管人員和單位領導人批准後，代作原始憑證。

請樓主及時去處理該事件。以前我們有一些供應商出現過，後來都是這樣處理的。

先不要著急，可以補救，需要稅務機關的證明。

增值稅專用發票分為發票聯和抵扣聯。抵扣聯是綠色的，給甲方的票。

1、一般財務給你的是抵扣聯，也就是綠色的那張，交給甲方打款。可以把發票聯拿著給到甲方，讓甲方到稅務機關報稅，同時本公司財務留好發票聯影印件記賬。

2、如果丟失兩張全部丟失了，需要向主管稅務機關申請出具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，拿著這個證明還有財務那的發票聯的影印件這兩樣東西給到甲方財務。

不要著急，先聯絡自己公司的財務。

以上，先跟自己公司財務溝通，在將發票聯交給甲方打款。