松鼠繁殖期，松鼠約於每年春季1、2月發情，發情期大約為兩週左右。松鼠繁殖開始的適齡期，雌性為8 -9周齡，雄松鼠為9 -10周齡。秋季也有一個發情期。

在非繁殖季節，雌雄性成體分別佔據一定的地方作為自己生活的活動範圍。在野外，雌性保護一定面積的地盤是為了保護食物，其內不允許其他同種個體進入，對雄性個體也是如此。但是在繁殖季節，則明顯地放鬆對領域範圍的保護，允許雄性個體進入。

發情時，雌性個體食慾下降、活動加強、煩躁不安，呈興奮狀態，有時舔外陰部，且排尿頻繁，併發出尖尖的叫聲，允許雄性個體的靠近。此時陰門顏色變深且紅腫，有時有白色或微黃色黏液或凝乳狀的分泌物流出。雄的在雌的後面抖動就是在交配。

在人工飼養條件下進行繁殖時，一定要挑選體格健壯，毛色光澤，精神狀況好，食慾旺盛的個體。對雄性個體要求性慾旺盛、配種能力強，對雌性則要求母性強，胎產數多，泌乳量充足的個體。交配時以一雄一雌或一雄多雌的交配方式。

松鼠懷孕的時間大約為35 -40天，4月初進入哺乳期，每年能產崽3次左右，每次能產4 -6只。只要食物充足，松鼠的雌性個體就能繁殖較多個體，有著較強的繁殖力。初出生的幼崽是以母體乳汁作為全部營養需求的。

小松鼠剛出生時全身無毛，體色粉紅，耳朵和眼睛都沒睜開。大約十幾二十天后，全身就長出毛來;大約一個月後，眼睛才睜開;二個月後斷乳，隨母親出外覓食，並和同窩的小松鼠嬉戲遊玩，大約8 -10個月後完全成熟。