1、所屬系統不同：執業藥師考試是由國家人事部和食品藥品監督管理局組織的，屬於藥監繫統；而藥師考試是國家衛計委組織的，屬於衛生系統。它屬於職稱晉升考試。

2、報名時間不同：執業藥師報名一般會在每年的7月左右，而藥師的報名一般會在每年的年底開始（各地區也是略有差異的）。

3、考試時間不同：執業藥師的考試時間是在每年的10月中旬，2020年執業藥師考試確定為10月24、25日，而藥師的考試時間一般是在每年的5月份（今年由於疫情原因，情況特殊）。

4、考試型別不同：執業藥師考試科目有四門，分別為藥事管理與法規、（中）藥學專業知識（一）、（中）藥學專業知識（二）、（中）藥學綜合知識與技能。初級藥師考試也有四門，分別為基礎知識、相關專業知識、專業知識、專業實踐能力。

5、報考要求不同：以本科為例，畢業從事相關工作3年才可以考執業藥師。但是畢業一年就可以考初級藥師。並且，執業藥師的工作證明可以是藥企開具，專業只要是藥學相關就可以。而藥師的工作證明必須是醫院、社群衛生所開出，畢業院校必須是相關目錄中規定的才可以。

6、使用方向不同：執業藥師考取之後一般是在藥店使用，國家規定每個藥店必須配備一個執業藥師。初級藥師是技術職稱，需要由單位進行聘任。

無論是藥師還是執業藥師都要根據自己的切實情況進行報考，所以大家要做好區分，選取自己適合的考試類別，認真複習，順利獲得自己的證書。

藥監局發的是執業藥師證，屬於執業資格證書，執業藥師也稱藥劑師，是負責提供藥物知識及藥事服務的專業技術人員，是解答市民大眾有關藥物問題的最適當人選。藥劑師負責稽核醫生所處方的數種藥物中有否出現藥物相互作用；並根據病人的病歷、醫生的診斷，為病人建議最適合他們的藥物劑型（如：藥水、藥丸、塞肛藥等）、劑量；同一時間，他們亦會教導病人服用藥物時要注意的事項和服用方法。執業藥師證一般是在藥店工作需要用到的。

衛生局發的是初級藥師證，屬於職稱專業技術資格證書，參加初級藥師資格考試併成績合格者，由人事局頒發人事部統一印製，人事部、衛生部用印的專業技術資格證書。該證書在全國範圍內有效。一般初級藥師證是在醫院工作需要用到的。