綠色食品是指那些不含化學殘留，對人體傷害很小，甚到沒有傷害的食品，其生產過程是很嚴格的，要求很多綠色食品生產使用的肥料必須是:保護和促進使用物件的生產和積累有害物質不影響人體健康，對生態環境無不良影響，一些通用的化肥如尿素、氯化鉀、磷酸二銨、硫酸鉀、鈣鎂磷肥、礦物鉀、過磷酸鈣等都是可以用了綠色食品施肥的。但是應該控制使用時間，主要施用藥機肥，少施化學肥料，重施基肥，沙施追肥。準則中規定農家肥是綠色食品的主要養分來源，生產綠色食品允許使用的肥料有七大類，26種。在AA級綠色食品生產牛中除可使用CU，Fu，Mn，Zn，B，Mo等微量元素及硫酸鉀，鍛燒磷酸鹽外，不使用其它化學合式肥料，完全和國際接軌，A級綠色食品生產中則充許限量地使用部分化學後合成肥料，以對環境和作物(營養、味道、品質和植物抗性)不產生不良後果的方法使用。

化肥必須與有機肥配合施用有機氮與無機氮之比不超過1:1，對葉菜類最後一次追肥必須在收穫前30天進行。化肥也可以與有機肥、複合微生物肥配會使用。綠色食品不得使用含有化學合成的生長調節劑;禁止使用硝太氮肥。

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目前，無公害食品、綠色食品受到人們越來越多的關注，成為一種時尚，而對使用化肥和食用施了化肥的農產品產生心理恐懼。這與片面宣傳和傳媒誤導有很大關係，所以有必要正確認識施肥與農產品品質的關係。在綠色食品（AA級）的生產中，不能施用銨態氮、硝態氮、醯胺態氮等化肥，而必須施用有機肥料。這種觀點有待探討，因為有機肥料中的有機態氮，大多不能直接被作物吸收利用，必須在微生物作用下轉化成銨態氮（NH4）和硝態氮（NO3）後才能被植物吸收，而化肥中的氮，在土壤中也是以銨態氮和硝態氮的形式被作物吸收的，作物不能識別哪些是NH4，哪些是NO3，所以誰先到達根表，誰都會被先吸收。在生產A級綠色食品中，允許限量使用尿素、磷酸二銨，但禁止施用硝態氮肥。這種規定也是值得商榷的。首先，硝態氮和銨態氮均是植物吸收利用的兩種形態，有些作物如蔬菜則是喜硝作物，減少硝態氮供應，蔬菜生長反而變差；其次，在土壤中尤其是旱地土壤中的有機態氮和銨態氮也能在微生物作用下形成硝態氮。所以，即使不施硝態氮肥的土壤中也存在硝態氮，被作物吸收。據此可以認為，像蔬菜這一類食用幼嫩組織的作物中不含硝態氮是不可能的。至於有的地方要生產綠色小麥、綠色向日葵而禁止使用含硝態氮的肥料，尚需科學證實。我們認為，作物體內硝態氮含量除與遺傳特性、光照條件及採收時間等因素有關外，關鍵是要合理施肥，包括氮肥施用量、施肥時期以及配施磷、鉀肥等。有針對性地施用化肥不僅能提高產量，而且能改善品質，這已為世界各國學者所認同。