日常所稱的“副作用”就是指藥品不良反應。在學術上，藥品的副作用只是藥品不良反應的一種，也叫副反應，是指藥品按正常劑量服用時所出現的與藥品的藥理學活性相關，但與用藥目的無關的作用。出現這類反應的藥品具有兩種以上的藥理學作用，例如阿托品具有解除胃腸道肌肉組織痙攣作用，同時也具有擴大瞳孔的作用。當患者服用阿托品治療胃腸道疼痛時，容易產生視物不清的副作用。藥品不良反應除副作用(副反應)，還包括藥品的毒性作用(毒性反應)、後遺效應、變態反應等。

一般情況下，藥品的副作用程度較輕，如果用藥人副作用很重，就要考慮改用別的藥。

患者初次服用某種藥品，一般要從較低劑量開始，服用後注意療效怎樣，有沒有副作用；如療效、副作用不明顯，遵醫囑可適當增加劑量，但不能超過最大治療劑量。增加劑量後更要密切觀察有無不良反應。

藥品的副作用是指藥品在正常用法用量服用時所出現的與用藥目的無關的其他作用，所謂副作用，是相對藥品的正作用也就是主要作用而言的，一種藥物無論是口服還是靜脈給藥，都要透過血液迴圈分佈到全身的組織和器官，對各個臟器和組織沒有專屬選擇性，因此對各個臟器都有影響，如阿托品在眼科用於近視眼的檢查，是由於它具有散瞳作用，但同時阿托品還有增加心率的作用，此時心率過快就是他的副作用，而對於心動過緩的患者如服用阿托品提升心率，那麼升高眼壓就是它的副作用。因此，藥品的副作用是隨著用藥目的不同而可以互相轉換的，歸根結底是由於絕大多數藥物都不具有靶向治療的效果，在作用於病灶組織器官的同時，或多或少會對其他組織器官產生影響，但是副作用雖然與治療目的無關，但並非都是有害的作用，如用於治療勃起功能障礙的藥物萬艾可(枸櫞酸西地那非)，俗稱偉哥，最早是用來治療冠心病心絞痛的，使用中發現它具有鬆弛陰莖海綿體平滑肌，促進海綿體血流的作用，這種作用在用於治療冠心病的目的來說應該說是藥物的一種副作用，但是後來冠心病的治療有更好更新的藥物出現，西地那非逐漸退出了該領域，但是其治療勃起功能障礙的作用就被用作主要治療目的在臨床應用。

藥品不良反應是指合格藥品在正常用法用量下出現與用藥目的無關的有害反應，這種有害反應，除了與藥品本身的藥理特性外，還與患者的個體差異，用藥方法，藥物之間的相互作用有關。

兩者之間的區別:

不良反應具有個體差異，也就是說，不同的人吃同一種藥，有些會出現不良反應，有些人就不會，這與不同個體的基因差異有關，也叫作個體差異，如不良反應中常見的過敏反應，僅在少數人群中 出現，與機體對藥物的敏感性和病人的特異體質有關，而副作用是藥物本身的屬性，與患者自身的身體條件關係不大，如阿托品，幾乎所有服用者都會出現膽鹼受體被拮抗所表現的症狀如口乾，心慌，瞳孔擴大等，這是由於藥物拮抗了不同部位的膽鹼受體所造成的相應器官出現的臨床表現，只不過是程度不同而已，從這一點來說，副作用是隻要吃藥它會一直在，但是有輕重緩急之分，而不良反應更加詭異 有的人出現，有的人不出現，有的人輕，有的人重 。

其次，副作用因是藥物藥理作用的一部分，因此一般來說是可以預知的，因此，對於敏感或有禁忌症的人群，可以透過選擇其他藥物來規避藥物的副作用和相應的用藥風險，如對於患有急性胃腸炎，輸尿管結石等急腹症的青光眼患者，使用阿托品解痙會升高眼壓加重青光眼，此時就可以選擇不具有抗膽鹼作用的解痙藥間苯三酚，而藥物的不良反應有些是可以預知的有些則無從推測，如藥物的過敏反應 。

藥物的副作用與不良反應有一部分是重疊的，也就是說，藥物的副作用，大部分也是也是造成藥物不良反應的原因，如降壓藥氨氯地平的不良反應心動過速 便秘，尿頻，牙齦增生等 都是藥物拮抗全身組織器官的鈣離子通道鈣離子通道所導致的副作用。