《溫病條辨》的辨證體系歸納起來，雖以病名分類，卻重點分溫熱、溼熱論治，以三焦辨證謀篇，同時穿插衛氣營血辨證以及六經。以此構成了一個非常完整獨特的分類辨證體系。吳鞠通首先按照病名分類，將溫熱的性質歸納為溫熱病和溼熱病兩大類。對溫病進行定性分類。其次以三焦劃分病變部位，作為定位診斷。上焦溫病講的是心肺病變（心包括心包）。中焦為脾、胃、大腸。因為大腸和胃的關係非常密切，胃熱會導致腸燥，所以將大腸劃分至中焦。不同於解剖上大腸居於下焦。下焦包括肝、腎。所以把肝列於下焦，是因為肝腎的關係十分密切，乙癸同源。當然，三焦篇諸多病證，還都提到六經，此六經是臟腑經絡的內涵。吳鞠通的目的是以六經來統括其所聯絡和病變所在臟腑。三焦是大範圍診斷，經絡臟腑進行第二步細化的定位。這是分兩步進行辨證的定位。而衛氣營血辨證穿插在三焦篇裡，是用來劃分病變淺深輕重的四個不同階段的，衛分證和氣分證屬功能失常的病變，營分證和血分證屬營養物質損傷的病變。總而言之，多種辨證方法相結合，構成了一個非常完整獨特的分類辨證體系，為臨床辨證施治提供了非常可靠的依據。

溫邪上受，首先犯肺，在手太陰。（因）。逆證傳心包，順證按衛氣營血發展。（機）。三焦傷津動血證候表現。（證）。治上焦如羽，非輕不舉，治中焦如衡，非平不安，治下焦如權，非重不潛。（治則）。的高度概括和精闢論述。吳鞠通說古人如木工鑿眼已透九分，瑭獨透此一分。