李自成進入皇宮後，在宮內只見到被崇禎帝砍傷的袁妃和長公主及崇禎帝的三個兒子，並沒有發現崇禎帝。李自成遍尋皇宮，未找到崇禎帝的蹤跡，內官和宮女也說不清去向。尚璽卿黎志陞說：“此必匿民間，非重賞嚴誅不可得。今日大事，不可忽也。”於是，李自成一面“令諸將南追”，一面貼出告示道：“主上救民水火，克破京城。其崇禎逃出紫金（禁）城外，有能出首者賞黃金一千兩；隱匿者誅其全家。”過了兩天，有太監在煤山發現了朱由檢所騎之馬，才找到崇禎帝的屍體。義軍在崇禎帝的衣袖中發現寫著這樣兩句話，第一“因失江山，無面目見祖宗，不敢終於正寢”；第二“百官俱赴東宮行在”。李自成隨後把崇禎帝和周後的屍體移到東華門外示眾。四月初，李自成將崇禎帝和周後葬入昌平縣田貴妃墓。

關於崇禎帝和周後停屍東華門一事，還有不同說法。談遷《金陵對泣錄》說，崇禎帝和周後的屍體移了皇宮後，由明朝兵部武選司主事劉養貞出私錢八千，買柳木棺殯殮。三天後，李自成用紅漆棺和黑漆棺各一具，殮了崇禎帝和周後。然而，清康熙帝后來聽到的是另一種說法：崇禎實死後，“屍首暴露於東華門橋上，官員無一尋收者，太監慈有芳覓棺殯殮。”個人覺得，當時的明朝官僚階層和太監集團都被大順政權嚴密看管和監視，這種說法應該屬於訛傳。

關於下葬崇禎帝和周後一事，也有不同說法。目前盛傳的是李自成厚葬了崇禎帝和周後。實際上情況並非如此。據趙士錦《甲申紀事》記載，用於下葬崇禎帝和周後的費用都來自於昌平陵的帑銀，大順政權並沒有出錢資助，只是派禮政府（相當於明政府的禮部）主事許作梅任監葬官。下葬時由於經費不夠，許作梅束手無策，由當地十名鄉紳捐錢“三百四十千”才勉強完工。據明署昌平州吏目趙一桂的申狀記載，崇禎帝連個槨也沒有，只好把田貴妃的槨拆下來使用。由此可見，李自成對於安葬崇禎帝和周後一事的態度非常簡慢，側面印證了他們對以崇禎帝為首的封建反動勢力的極端仇恨。