在 EVA 動畫中由於有新舊兩版劇場版，所以 6 號機代表的機體是不同的，在舊劇場版中 6 號機是量產機的一員，搭載了 S2 機關，配有複製的朗基努斯之搶，目標就是為了實現 SEELE 的人類補完計劃。而題主所說的的應該是新劇場版中渚薰的那臺 EVA 6 號機，EVA Mark 06，這臺 EVA 在建造方面最大的不同就是由 SEELE 的老人們不經過 NERV 直接在月面基地上建造，雖然名義上這臺機體是屬於 NERV，但實際上統轄管理在 SEELE，在新劇場版破中碇源堂和冬月副司令曾經搭乘宇宙船想要前往月面基地，但最後 SEELE 沒有允許碇源堂他們登陸月面基地，碇司令和冬月只是遠遠的看了下 Mark 06 的製造現場，出現了一個類似舊 TV 版中莉莉絲外形的黑色巨人，SEELE 將 Mark 06 稱之為「真 EVA」。

從原先 TV 版的設定來講 EVA 是人類模仿亞當建造的對抗使徒的決戰用兵器，沒有靈魂，而 EVA 的靈魂往往是源於測試者，比如初號機擁有的是碇唯的靈魂，二號機擁有的明日香媽媽一半的靈魂，而渚薰當初搭乘的 6 號機應該就是新劇場版破中的黑色巨，也就是這個 EVA Mark 06 是擁有靈魂，擁有 S2 機關，自身就擁有完整使徒力量的一臺機體，所以在 Mark 06 登場的時候就能頭頂光環，而一槍打爆初號機倒不是 Mark06 有多強力，而是 Mark 06 的那把卡西烏斯之槍。

卡西烏斯之槍也是新劇場版的謎團之一，在 Q 中提到當 13 號機擁有卡西烏斯之槍還有朗基努斯之搶就可以讓世界重新來過，至少卡西烏斯之槍一槍就能打爆擬神狀態的初號機，證明這把槍或許意味著終結。而在 Q 中 Mark 06 體內隱藏的就是第 12 使徒，

六號機與其他機體的不同：

六號機（Mark.6）是新劇場版中才出現的，在劇場版《序》中第一次露面是在月球上。首次出現時被推測是由使徒直接改造而成，而並非使徒的克隆，這是它與之前出現的所有的EVA機體本質上的不同，之後的劇場版《Q》中得到了證實。

（還有一說是Mark系列所有機體均為直接改造過得使徒，都自帶S2機關，擁有無盡的能量。）

六號機再次登場時，頭上的光環表明這是一個已經覺醒的機體，與覺醒後的初號機和十三號機一樣，都是超越了人類，已經非常接近神的存在了。六號機怎樣中斷的“第三次衝擊”？

在劇場版《破》的末尾，用卡西烏斯之槍刺穿了初號機，暫時中斷了初號機引發第三次衝擊。所謂的卡西烏斯之槍，就是這把通體黑色的長槍，與紅色雙螺旋構造的朗基努斯之槍的外表不同。

朗基努斯之槍名字來自於處刑耶穌的羅馬人，而卡西烏斯之槍的名字來自於刺殺凱撒的主謀，前者“弒神”後者“弒王”。官方雖然沒做過明確解釋，不過可以推斷，兩者應該具備同級別的能力，可以封印EVA的力量。

然而在劇場版《Q》中我們得知，“第三次衝擊”最終還是發生了，具體原因不明，卡西烏斯之槍是沒能完全阻止初號機。

值得注意的細節：

在劇場版《Q》的末尾，我們發現六號機被封印在了莉莉絲的身體之中，在十三號機拔出兩把朗基努斯之槍之後，六號機的封印解除。被砍掉頭之後化作了第12使徒，所以說六號機很可能是由第12使徒改造而來的。

十三號機吞噬了化作使徒的六號機，覺醒為白色的完全體。這說明，碇源渡主導製造六號機的最終目的，是用來幫助EVA成神。《Q》中讓真嗣和渚薰去拔出長槍的真正用意，是為了解開六號機的封印，讓十三號機透過吞噬掉它而覺醒。