描述在作者虛構的世界中，男主角漩渦鳴人與其夥伴的經歷。

在火影忍者正式故事展開的16年前，一隻被稱為九尾妖狐的尾獸襲擊木葉忍者村，傳說它一揮動尾巴就會山崩海嘯。當時的第四代火影“木葉的黃色閃光”波風湊犧牲自己的性命，把九尾封印在剛出生的兒子漩渦鳴人身上。

　　第四代火影被村裡的人認為是英雄，體內封印著九尾的鳴人則被視為妖狐的化身，而不是四代火影所希望的封印妖狐的幕後功臣，因此鳴人自小就被人用看著“怪物”的眼光看待。

　　重新復出的第三代火影已經禁止知情的村民提到這次的九尾突襲事件，但是此舉仍不能阻止人們排擠鳴人。就連不知情的年輕一輩，在父母的感染下，亦疏遠、歧視鳴人。因此，鳴人從小備受孤立。如同伊魯卡老師小時候的想法：“被當成笨蛋總比被當成透明人好”，為了引起其他人注意，鳴人經常惡作劇。但這種狀況在他成功透過忍者學校的畢業考試，且讓伊魯卡老師成為第一個認同他的人後逐漸改變，並以成為“火影”為目標努力，目的是要讓所有人都認同他的存在。

　　火影忍者故事既包含嚴肅和娛樂的情節，整個故事以鳴人及其朋友的成長為核心，並描繪他們在人生經歷當中的相互感情。主要主角包含鳴人與兩位好友宇智波佐助、春野櫻和他們的導師“複製忍者”旗木卡卡西等。

也可以說是漩渦鳴人的一部菜鳥奮鬥史。