桓玄名門之後一代權臣，起兵謀反兵敗喪命。益州都督馮遷之所以要殺他，最主要原因還是權力之爭，失敗梟雄不除掉就隨時會有翻身機會。自古敗於權力鬥爭下的十之八九都會被他人所殺。

公元404年五月二十六，桓玄在被劉毅和何無忌等人打敗後，在入蜀路上的枚回洲被益州督護漢嘉人馮遷殺死，桓玄的黨羽也基本被消滅。

劉毅等人取勝之後，以為大事已定，便不急著追趕桓玄的殘部，又遇到大風，戰船不能前進。桓玄死了將近十天，各路部隊還沒抵達江陵。當時桓謙藏匿在沮中，揚武將軍桓振藏匿在華容浦，桓玄的故將王稚徽則依然衛戍巴陵。他派人向桓振報告說：桓歆已經攻克京邑，馮稚也重新攻克了尋陽，劉毅諸軍以及中路全都敗退了。桓振非常高興，便集聚了二百多人，去襲擊江陵。桓謙也聚眾響應。閏五月初三，桓振他們重新攻陷江陵，殺了王康產和王騰之。桓振見晉安帝還在行宮，便躍馬奮戈，直衝到階下，問他桓昇在哪裡。聽說已經死了，他圓睜雙目瞪著晉安帝責問道：臣的門戶有什麼地方對不起國家，竟然遭到如此屠滅！琅邪王司馬德文下了御床跟他說：這哪裡是我兄弟的意思！桓振想殺了晉安帝，被桓謙苦苦攔住。桓振這才下馬，改容向晉安帝致拜後出了行宮。閏五月初六，桓振為桓玄舉哀，立了辦喪事的庭院，諡號桓玄為武悼皇帝。

次日，桓謙等人帶領群臣將御璽和印綬還給晉安帝說：主上效法堯禪讓給舜的先例。可惜如今楚運不佳，百姓的民心再次迴歸於晉。同時任命琅邪王司馬德文領徐州刺史，桓振為負責八州軍事的荊州刺史，桓謙重新擔任侍中和衛將軍，加江豫二州刺史。侍奉晉安帝的左右隨從，都是桓振的心腹。

桓振少年時沒什麼品行，桓玄不把他當做子弟輩看待。至這時，桓振嘆息道：靈寶公以前不早用我，因此導致失敗。如果靈寶公還在，我為前鋒，拿下天下不算回事。如今我獨自做這大事，卻怎能成功？於是破罐破摔，縱意酒色，肆行誅殺。桓謙勸桓振帶兵出戰，自己堅守江陵。桓振歷來看不起桓謙，不肯採納他的意見。

劉毅抵達巴陵後，殺了王稚徽。何無忌和劉道規在馬頭進攻桓謙，在龍泉進攻桓蔚，把他們都打敗了。桓蔚是桓秘的兒子。

何無忌打算乘勝直搗江陵。劉道規勸道：兵法根據時機能屈能申。目前不能冒進。這些桓氏族人世代身居西楚，底下士兵都肯為他們盡力。桓振勇冠三軍，很難和他爭鋒。況且我們可以利用這一時機養兵蓄銳，慢慢用計策對付他們。用不著擔憂攻他不下。何無忌不肯。結果桓振和義軍在靈溪大戰，馮該又帶兵會合桓振。何無忌等人大敗，陣亡了一千多人。何無忌退回到尋陽，修繕船隻和兵甲，和劉毅等人一道寫信向朝廷請罪。劉裕因為劉毅是節度諸軍的主將，便免了他青州刺史的職位。何無忌雖受劉毅的節度，但沒耐心接受他的督攝，經常不請示而自作主張。劉毅疾恨何無忌擅自作主，便免去他琅邪內史的職位，以輔國將軍的身份攝行軍事。何無忌於是與劉毅不和。劉毅因為何無忌的錯誤自行引咎，所以當時的輿論十分讚許他。

桓振任命桓蔚為雍州刺史，代替王曠鎮守襄陽。

這時，益州刺史毛璩的部將柳約之、羅述、甄季之聽說桓玄死了，便從白帝城向東進軍。他們抵達枝江時，聽說何無忌等人在靈溪大敗，便帶兵後退。接著羅述和甄季之都生了病，柳約之便前往桓振那裡偽降，陰謀找機會襲擊桓振。不幸事情洩露，桓振把他殺了。柳約之的司馬時延祖和涪陵太守文處茂收集了他的部眾，退保涪陵。

六月，毛璩派部將攻打漢中，殺了桓希。毛璩接著自領梁州刺史。江夏相張暢之和高平太守劉懷肅到西塞磯攻打何澹之，也把他打敗。劉道規進討武昌，打敗桓玄署任的太守王旻。魏詠之和劉籓則在白茅打敗桓石綏。

七月二十三，東晉永安皇后何氏去世。八月十九，東晉將永安也即穆章皇后安葬在永平陵。

同時，劉裕領青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚集軍糧，修繕戰船，一直做著充分的準備，所以何無忌等人雖然戰敗退卻，卻靠著劉敬宣的後勤工作而重新振作起來。桓玄兄長的兒子桓亮這時自稱江州刺史，入寇豫章，但被劉敬宣擊敗。

劉毅、何無忌、劉道規再次從尋陽西上，抵達夏口。桓振派鎮東將軍馮該守衛東岸，揚武將軍孟山圖佔據魯山城，輔國將軍桓仙客守衛偃月壘，總共有部眾一萬人。他們將戰艦連線兩岸，水陸相援。劉毅監督各路大軍進討，但尚未到達夏口，就遇到大風，一些戰船沉沒了，損失了一千多人。劉毅與劉懷肅和索邈等人進攻魯山城，劉道規進攻偃月壘，何無忌和檀祗則陳列戰艦在中流，以防止桓軍越逸。劉毅親自身披甲冑，義軍歡騰雀躍，前赴後繼，叫聲震動山谷。從辰時連續作戰直到午時，攻城半日之後兩城俱潰。義軍生擒了孟山圖和桓仙客，馮該則逃到石城去了。

十二月，劉毅等人進攻並佔領了巴陵。劉毅號令嚴整，百姓安心喜悅。劉裕於是重新任命劉毅為兗州刺史。桓振任命桓放之為益州刺史，進駐西陵。涪陵太守文處茂擊敗桓放之，他只好退回江陵。

這一年，東晉的民眾為了避亂，揹負嬰兒到淮北逃難的比比皆是，一路上都是難民。

公元405年春正月，南陽太守扶風人魯宗之起兵襲擊襄陽，桓蔚敗走逃回到江陵。正月初七，劉毅等人的部隊抵達馬頭。桓振挾持著晉安帝進駐江津，派使者求和，願意割江荊二州給劉裕，並奉送天子回建康。劉毅等人不答應。兩天後，魯宗之在柞溪擊破桓振的武賁中郎將溫楷，進駐紀南。桓振留下桓謙和馮該守衛江陵，自己帶兵與魯宗之大戰。桓振勇冠三軍，無人能夠抵禦，魯宗之因此大敗。桓振追趕他，結果遇見魯宗之單騎在道路上。桓振不認識他，便問他魯宗之在哪裡。魯宗之騙他說：已逃到前頭去了。桓振策馬猛追，魯宗之於是從後頭逃走，得免一死。

劉毅率領何無忌和劉道規等人的軍隊在豫章口擊破馮該，桓謙棄城逃走。劉毅等人乘勝前進，於是順利地進入江陵，搜捕了桓玄的黨羽卞範之、羊僧壽、夏侯崇之、桓道恭等人，全部斬首。桓振打了勝仗回來，卻望見江陵城裡大火，知道城池已陷。他的部眾看到大勢已去，也都全部潰散。桓振只好逃到溳川去了。

正月十三，朝廷下詔將大事都盡數委託給冠軍將軍劉毅。

正月十六，東晉改元並大赦，惟獨不赦免桓氏家族。但因為桓衝始終忠於王室，朝廷決定特赦他的孫子桓胤。朝廷還任命魯宗之為雍州刺史，毛璩為徵西將軍、負責益、梁、秦、涼五州軍事，毛璩弟弟毛瑾為梁、秦二州刺史，毛瑗為寧州刺史。劉懷肅在石城追上馮該，把他殺了。桓謙、桓怡、桓蔚、桓謐、何澹之、溫楷全都投奔後秦去了。桓怡是桓弘的弟弟。

二月初六，東晉留臺預備了法駕到江陵去迎接晉安帝。劉毅和劉道規留駐在夏口，何無忌則帶著晉安帝東返。

再說當初，益州刺史毛璩聽說桓振再次攻陷江陵，便率領部眾三萬順流東下，準備討伐桓振。他派他弟弟西夷校尉毛瑾和蜀郡太守毛瑗從外水出兵，派參軍巴西人譙縱和侯暉從涪水出兵。蜀人不喜歡遠征，因此侯暉來到五城水口後，和巴西人陽昧陰謀作亂。譙縱為人謙和謹慎，深為蜀人愛戴，因此侯暉和陽昧一道逼迫譙縱為起事領袖。譙縱堅決不肯，甚至投河自盡，但被大家救了出來。侯暉等人又用兵馬威逼譙縱登上乘輿，譙縱又五體投地，叩頭堅決推辭。侯暉居然把譙縱綁在乘輿上頭。

到了405年二月，蜀兵從五城水口回來，在涪城偷襲毛瑾，並把他殺了，然後推舉譙縱為梁、秦二州刺史。毛璩抵達略城時，聽說這一事變，急忙趕回成都，然後派參軍王瓊帶兵討伐。但王瓊被譙縱的弟弟譙明子打敗，陣亡了什之八九。益州的營戶（從事農耕等勞動的俘虜）李騰開城迎納譙縱計程車兵，殺了毛璩和他弟弟毛瑗，滅了他們一家。譙縱於是自稱成都王，任命他的堂弟譙洪為益州刺史，任命譙明子為巴州刺史，進駐白帝。於是巴蜀大亂，漢中空虛，氐王楊盛趁機派他兄長的兒子平南將軍楊撫佔據漢中。

三月，桓振從鄖城襲擊江陵。荊州刺史司馬休之戰敗，逃到襄陽，桓振於是自稱荊州刺史。建威將軍劉懷肅從雲杜帶兵飛馳前來救援，劉毅也派廣武將軍唐興去幫助他。結果他們與桓振在沙橋大戰。桓振計程車兵人數雖少，但個個都奮力苦戰。每一個回合，桓振總是圓睜雙眼奮力出擊，無人敢當。但當時桓振已經喝得半醉，而且身上已經中了流矢，最終被唐興臨陣殺死。官軍殺了桓振及其輔將軍桓珍之後，便再次收復了江陵。劉毅又攻拔遷陵，並在臨幛殺了桓玄所任命的太守劉叔祖。

至此，桓玄篡位的插曲宣告結束，東晉進入了劉裕掌權的時代，開始了由東晉向劉宋王朝的過渡。

桓玄上位後先自封為丞相，清除異己，比如劉牢之，然後各種驕奢淫逸，比之前的司馬家更加的誇張。本來之前大家對於桓玄是非常尊重的，現在發現希望越大，失望越大，而桓玄越來越膨脹，覺得自己的實力已經非常雄厚了，那司馬家的位置早就應該換成他來坐一下了。他已經打算自己當皇帝，改朝換代。

當他正式拿到皇帝的禪位詔書，坐上龍椅的時候，龍椅居然塌了。在場的各位小夥伴全都驚呆了有木有，雖然有馬屁精各種拍馬，各種什麼陛下音浪太強，震破龍椅之類的，但是也難以掩飾如此尷尬的場景。後來由於他上位後越來越肆無忌憚的作為引起了眾怒，於是在名將劉裕的指揮下，只用了4天的時間桓楚帝國便轟然倒下，最後被馮遷一刀砍死，結束了他傳奇的一生