《新世紀福音戰士》的漫畫和 TV 動畫其實從中途開始就已經有了很大很大出入，在貞本義行繪製的漫畫中，綾波麗和碇真嗣明顯是走的更近，雙方還有在 NERV 總部花園手牽手的劇情，貞本義行的漫畫可以說是對於 EVA 舊版作品的超級魔改版。像是在大結局中也沒有走舊劇場版就剩下明日香和真嗣的結局，而是開啟了一個新的世界，只有真嗣似乎還記得發生了什麼，其餘的人類繼續過著他們平常的日子，將量產機的遺骸視為某種文明遺蹟進行調查。在電車上與已經不認識自己的明日香再遇，而真嗣則是滿懷著希望繼續著自己的未來，這個和舊劇場版的似乎有希望但又令人絕望的結局已經有很大不同，漫畫版的結局宛如是一次輪迴。

而在《新世界福音戰士》漫畫版的最終卷中，還有真嗣的媽媽碇唯與真希波的媽媽在年輕時代的交往，貞本義行給了一個真希波她媽暗戀碇唯的設定，這又和新劇場版中出現的真希波這個角色有一定的聯絡，讓新舊兩部 EVA 之間有了交集。在舊劇場版和新劇場版第三部的結尾都是一種荒野求生的感覺，在舊劇場版的結局中在世界上只有明日香和真嗣這對還具有人形的男女，然而這倆人在最後都是互相拒絕的狀態，而在新劇場版 Q 中，依舊是個荒蕪的世界不過這次變成了明日香拖著真嗣，綾波麗跟隨的狀態。或許 EVA 漫畫版的結局預示著在未來的 EVA 新劇場版的大結局中，將會採用一個輪迴式或者更積極的結局，而不再像原先的舊版 EVA 中那麼壓抑。

EVA的劇情分為新舊兩個劇情線。新劇場版走的是新劇情線，而TV版、舊劇場版、漫畫版，這三者走的是舊劇情線，也是本文所講的內容。

首先，舊劇場版才是TV版的真正結局，相信這點是沒有人反對的，所以TV版與舊劇場版的劇情是一致的。而細看漫畫版會發現，其大部分內容可以視為TV版與舊劇場版的補充。例如碇司令生吞了“亞當”一幕，只在漫畫版出現，TV版和舊劇場版裡都沒有。所以只看舊劇場版的朋友，恐怕未必能想明白為什麼碇司令可以莫名其妙地“使徒化”，一個普通人突然擁有了AT力場。

另外，舊劇場版所表現出來的結局是“末日”：世界上除了當時還留在EVA裡面的真治與明日香，其他所有人都失去了物理形態，靈魂融入了“莉莉絲之卵”，軀體則化作了液體融入“LCL之海”。當然這是“SEELE”的目的，也就是“人類補完計劃”的真相--透過靈魂融合來實現人類進化。但要留意一點，莉莉絲（也就是巨型凌波麗）最後是死掉的，莉莉絲之卵也炸了。為什麼會這樣？原因在舊劇場版裡其實能找到。與凌波麗融合之後的莉莉絲問了真治一個問題，大概是“你希望這世界變成怎樣呢？”。雖然在舊劇場版中並沒有明確給出真治的回答，但在這個提問之後，莉莉絲就開始毀滅了。由此可以猜想，真治的回答應該是“不想讓世界滅亡”或者“不喜歡人類融合”這樣。

因此可以作出合理推測，雖然在舊劇場版的最後，只看到真治掐著明日香脖子，但其實人類並沒有滅亡。而這麼一來，漫畫版與舊劇場版兩者的結局就沒有衝突了，只能說漫畫版的講得更清楚，也更容易讓人接受而已。

補充一點，也許有朋友會說，人都化了還怎麼復原。關於這個，TV版裡是有示範的，真治以同步率400%打敗“使徒力”之後，他的軀體在EVA裡消失了，但經過一整集的思考人生後又莫名其妙地“原地復活”了。EVA雖然是科幻向的作品，但裡面提到的“亞當”、“莉莉絲”一類生物，對於人類而言就是等同“神”的存在，因此以“神之力”做到在普通人看來匪夷所思的事情，也並非不可能的，朋友們也就無須深究這“神之力”了。