這個問題比較複雜，不能一概而論，因為在不同時期旗主的人選完全不同，並且還伴有各種權利鬥爭，人員更替更是家常便飯。

那麼就讓我們從八旗制度的形成時期開始，仔細梳理一下各時期滿洲八旗旗主的人選。

首先是二旗時期，這是八旗制度的萌芽狀態。

二旗時期

這二旗的旗主分別為

黃旗旗主：努爾哈赤，

黑旗（後改為藍旗）旗主：舒爾哈齊（努爾哈赤的弟弟）

三旗時期

然後是三旗時期，各旗主分別為

黃旗旗主：努爾哈赤

白旗旗主：褚英（努爾哈赤長子）

黑旗旗主：舒爾哈齊，代善（小旗主，努爾哈赤第二子）

四旗時期

1609年，努爾哈赤囚禁了自己的同胞弟弟舒爾哈齊，1611年，努爾哈赤又囚禁了自己的長子褚英。所以最後形成了如下的四旗局面。

黃旗旗主：努爾哈赤

白旗旗主：皇太極（努爾哈赤第八子），杜度（小旗主，褚英長子，努爾哈赤長孫）

藍旗旗主：阿敏（舒爾哈齊第二子）

紅旗旗主：代善（努爾哈赤第二子）

八旗時期

在努爾哈赤的不斷攻伐之下，滿人勢力不斷做大。於是於公元1615年，努爾哈赤又下令將四旗分為八旗。各旗旗主人員安排如下。

正黃旗旗主：努爾哈赤。 鑲黃旗旗主：努爾哈赤

正白旗旗主：皇太極。 鑲白旗旗主：杜度，阿巴泰（小旗主，努爾哈赤第七子）

正紅旗旗主：代善。 鑲紅旗旗主：代善，嶽拖，碩拖（均為小旗主，代善的兒子）

正藍旗旗主：莽古爾泰（努爾哈赤第五子），德格類（小旗主，努爾哈赤第十子）

鑲藍旗旗主：阿敏

公元1623年，努爾哈赤又將自己的幾個幼子進行了分封任命。於是便呈現出如下格局。

正黃旗旗主：阿濟格（努爾哈赤第十二子），多爾袞（小旗主，努爾哈赤第十四子）

鑲黃旗旗主：努爾哈赤，多鐸（努爾哈赤第十五子）

正白旗旗主：皇太極

鑲白旗旗主：豪格（皇太極長子），阿巴泰（小旗主，努爾哈赤第七子）

正紅旗旗主：代善。 鑲紅旗旗主：代善，嶽拖，碩拖（均為小旗主，代善的兒子）

正藍旗旗主：莽古爾泰（努爾哈赤第五子），德格類（小旗主，努爾哈赤第十子）

鑲藍旗旗主：阿敏

清政府建立時期

公元1648年，也就是順治五年，八旗旗主經過了一系列的調換變革，最終多爾袞大權獨攬，形成了如下格局。

正黃旗旗主：順治帝。 鑲黃旗旗主：順治帝

正白旗旗主：多爾袞。 鑲白旗旗主：多爾袞

正紅旗旗主：滿大海（代善第七子），勒克德渾（小旗主，代善之孫）

鑲紅旗旗主：羅科鐸（嶽拖長孫），尼堪（小旗主，褚英第三子）

正藍旗旗主：多尼（多鐸次子），阿濟格，博落（阿巴泰第三子），嶽東（阿巴泰第四子）

鑲藍旗旗主：濟爾哈朗（舒爾哈齊第六子）

在多爾袞被去世之後，順治皇帝為了加強皇權又對八旗旗主進行了一系列調換，最終形成了我們耳熟能詳的“上三旗，下五旗”的說法。

正黃旗旗主：皇帝。 鑲黃旗旗主：皇帝

正白旗旗主：皇帝 。 鑲白旗旗主：肅親王

正紅旗旗主：禮親王，順承郡王

鑲紅旗旗主：克勤郡王，莊親王，褚英家族

正藍旗旗主：豫親王，睿親王，饒餘親王

鑲藍旗旗主：鄭親王

準確的說清朝能夠擔任八旗旗主的一般都是努爾哈赤的後代或者舒爾哈齊（努爾哈赤胞弟）的後人，因為八旗是他們一手創立的。

八旗制度的創立

八旗制度其實就是源於女真（滿洲）人的狩獵組織，因為女真人外出狩獵都不是單打獨鬥，需要結伴成行，這樣有利於圍獵。但是這一夥圍獵的人得需要一個人來領導，這個擔任首領的人就叫牛錄額真，這個多人的集體即稱為牛錄。所以早期女真人就是以牛錄這樣的單位圍獵和打仗，而若干個牛錄就組成了一個更大的單位，他們以旗作為標誌，滿語中稱為“固山”，漢語稱為旗。

努爾哈赤因為自己的祖、父被殺，用祖、父所遺的十三副甲冑起兵，創立了一支部隊，用黑旗作為標誌，所以這時候的努爾哈赤只有一旗的兵力，然而就是這一旗的火種，就建立了後來戰鬥力爆炸的八旗軍隊。

隨著努爾哈赤東征西討，實力不斷壯大，統治的人多了，就又設立了紅旗軍，而黑旗軍交由胞弟舒爾哈齊指揮。而女真人也崇尚黃色，所以努爾哈赤就為了顯示身份把紅旗改為黃旗。

再以後努爾哈赤於1599年收編了實力曾經很大的哈達部，收編的人數比較多，不好編入兩旗，就用又創立了白旗，白旗旗主一開始是哈達部的降將，後來降將被殺，白旗旗主就成了努爾哈赤的長子褚英。這時候有黃黑白三旗。

公元1609年，努爾哈赤與兄弟舒爾哈齊因為權利爭奪發生爭執，努爾哈赤一氣之下就把自己弟弟舒爾哈齊關起來，導致舒爾哈齊之前管理的黑旗失去旗主。努爾哈赤就把黑旗一分為二，一半還是黑旗給了舒爾哈齊的兒子阿敏，一半組成新的紅色旗，旗主為努爾哈赤的次子代善。阿敏的黑旗因為不好分辨顏色，就改成了藍色。這樣就形成了黃藍白紅四旗。並且每個旗有二十五個牛錄組成，每個牛錄300人。一旗共7500人。

公元1615年，隨著努爾哈赤打下的地方越來越多，原來的四旗已經不夠用的了，很多旗牛錄成倍增長，已經不是當初的二十五個牛錄了。所以努爾哈赤再進行改編，又增加了四旗，也就是鑲藍旗、鑲黃旗、鑲紅旗、鑲白旗。這時候才真正的形成了完整的八旗制度。八旗旗主分別為：正黃旗主和鑲黃旗主努爾哈赤、正紅旗主和鑲紅旗主代善、正白旗主皇太極、鑲白旗主杜度（褚英之子）、正藍旗主莽古爾泰（努爾哈赤第五子）、鑲藍旗主阿敏（舒爾哈齊之子）。1616年，努爾哈赤榮登汗位，建立後金，封代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極四人為四大貝勒。這時候的貝勒相當於親王。

八旗兵丁，戰時打仗，平時為民。後來努爾哈赤時期又設立了蒙古旗，皇太極又設立了漢軍八旗。

八旗的混編和改色

八旗成立後又歷經了數次改色變遷。

努爾哈赤晚年的時候很喜歡大妃阿巴亥，所以他把自己的兩黃旗的65個牛錄分出來45個分別給了三個幼子，也就是阿濟格、多爾袞和多鐸，他們每人15個牛錄。

其餘的二十個牛錄努爾哈赤自己統帥作為親軍，他有個明確的指示：阿濟格是鑲黃旗旗主，多鐸是正黃旗旗主，將來自己死後，自己統帥的親軍全給多鐸，並且努爾哈赤還把鑲白旗旗主杜度調到鑲紅旗，想把鑲白旗給多爾袞。

雖然努爾哈赤安排的挺好，可是他沒有活到把鑲白旗給多爾袞就死了。努爾哈赤死後，其實大妃阿巴亥的三個兒子成為八旗中掌握牛錄最多的一方勢力（掌握六十五個牛錄，努爾哈赤親軍），但是這方勢力有個致命的缺點，就三個孩子還太小。並且其他八旗旗主為了對抗這三個孩子，他們抱成團推舉出了皇太極來繼承汗位，並且皇太極等貝勒逼迫阿巴亥為努爾哈赤殉葬。

阿巴亥自盡後，皇太極於1626年登基，皇太極趁勢把努爾哈赤想給多爾袞的鑲白旗搶了過來，並且讓他兒子豪格為鑲白旗旗主。多爾袞雖然沒有得到鑲白旗，但是他繼承了努爾哈赤給他的十五個牛錄，並且依附在阿濟格的鑲黃旗身邊。

皇太極又以自己是皇帝，所以就把自己的正白旗和鑲白旗改色為正黃旗和鑲黃旗。而阿濟格和多鐸的兩黃旗被皇太極改色為兩白旗。雖然皇太極這樣可以顯示自己的尊貴，但是沒用，旗的實力並沒有變化，還是阿濟格和多鐸的兩旗最厲害，畢竟是努爾哈赤的嫡系部隊。

1635年，皇太極為了壯大自己的實力，就找個藉口把正藍旗主莽古爾泰廢掉，並且自己吞併了正藍旗，將正藍旗與自己親領的正黃旗混編重組，成為新的正黃旗和鑲黃旗，並從中分出8個牛錄給兒子豪格統領的原鑲黃旗，又再次將其改色為正藍旗。這樣皇太極就掌握了三旗的兵力。

皇太極為了分化多爾袞三兄弟的實力，先是把年齡比較大的阿濟格廢掉，讓年齡比較小的多爾袞當正白旗旗主，同時還把正白旗和鑲白旗進行混編，但是成果也不是太明顯，因為這兩個旗確實團結，不論怎麼改編都是鐵板一塊，不虧是努爾哈赤調教出來的。

皇太極掌握了三旗的兵力後，還想進行了很多鞏固自己權力的策略，比如在旗裡面設立一位旗務大臣，用來分割旗主的權力。皇太極還取消了四大貝勒並坐的儀式，改為自己一人“南面獨坐”。

皇太極時期，已經開始學習中原文化，老是想著怎麼才能加強皇權，但是在這個關鍵時刻，皇太極駕崩了。皇太極駕崩後，順治帝福臨繼位，多爾袞掌握朝中大權，他把豪格處死，豪格的正藍旗被多爾袞所得。多爾袞把自己的正白旗和豪格的正藍旗混編，成為新的正白旗和鑲白旗，將胞弟多鐸統領的原鑲白旗改色為正藍旗。從此以後八旗旗色沒有再改變。

八旗旗主定型

順治皇帝之前皇帝或者汗王只控制兩黃旗，其他六旗由王公貝勒控制。順治皇帝親政後，對多爾袞進行了清算，多爾袞的正白旗被順治皇帝控制，並且把鑲白旗（原來的正藍旗）還給豪格後人。而此時順治帝直接控制正黃旗、鑲黃旗、正白旗，形成上三旗，而王公貴族統領剩下的五旗，稱為下五旗。

上三旗較下五旗為崇，是皇帝的親兵，擔任禁衛皇宮等任務，下五旗駐守京師及各地。這時候的八旗旗主基本上定型分別是：

上三旗：旗主為皇帝，分別是鑲黃，正黃，正白。

下五旗：

正紅：禮親王世襲，代善後裔。

鑲紅：克勤郡王世襲，代善長子嶽託後裔。

鑲白：肅親王世襲，皇太極長子豪格後裔。

正藍：豫親王世襲，多鐸後裔。

鑲藍旗：鄭親王世襲，濟爾哈朗（舒爾哈齊的兒子）後裔

八旗旗主權力的削弱

八旗旗主在清朝建國之初確實權利很大，都可以決定皇位的歸屬，就比如皇太極繼位時和福臨繼位時。但是後來經過順治、康熙、雍正三代皇帝的努力，基本上旗主的權利被削弱殆盡。

先是康熙皇帝建立了八旗都統制度，都統是從一品的高官。都統負責整個旗的訓練、器械和民政等工作，實際權力非常大。這些工作原本是八旗旗主王爺的工作，八旗都統負責各個旗的實際工作以後，旗主王爺被逐步架空。

並且康熙還把兒子們分到下五旗裡面當小旗主，進一步分化旗主的權力。雍正時期設立軍機處，八旗議政王制度名存實亡。乾隆時候，更是廢除了議政王制度。從此以後八旗旗主只有封建的宗法權，並沒有軍事和行政權力。像《雍正王朝》裡面的各旗旗主對雍正逼宮的情況根本不可能出現。但是有一點，那就是在禮節上，八旗旗主還是比較重要的，像電視劇中和珅要給正紅旗旗主行禮，那是必須的。

綜上所述，八旗各旗主都是由努爾哈赤和舒爾哈齊的後人擔任的，其中主要還是努爾哈赤的後人。八旗制度是清朝一統天下的法寶，然而這樣一支勁旅隨著國家趨於安定，等到康熙皇帝時期，八旗兵已經不能像之前那樣所向披靡了，歸根結底就是因為清軍入關後，八旗優惠的政策使他們慢慢的退化。八旗子弟的生存問題一直是清王朝的一大難題。

在整個清朝的歷史來說，八旗的旗主都是愛新覺羅家族的人掌握，總的來說就是努爾哈赤和他的弟弟舒爾哈齊的後人掌握。

八旗完整之前

一開始的時候，並沒有八旗，只有一個旗，是努爾哈赤起兵的時候，那個時候也只有旗主和佐領兩級。一開始的時候努爾哈赤建立了一旗的部隊，旗幟的顏色如今已經不得而知了，很可能是黑色。後來他陸續征服了一些部落，隊伍也隨之壯大了起來，組成了新的一旗，當時旗幟什麼顏色也不清楚，很可能是紅色。

最早的八旗就這樣形成了，一開始只有兩個旗主，努爾哈赤和他的弟弟舒爾哈齊，所以當時兩人也被稱為“二酋”。

最早的兩旗，後邊便成了努爾哈赤的黃旗和舒爾哈齊的藍旗。

到了1601年的時候，努爾哈赤征服了海西女真四部之一的哈達部，哈達部人口眾多，努爾哈赤便將其編為了一旗，由自己的長子褚英統領，而哈達部的旗幟是白色，正白旗便是由此而來的。

後來努爾哈赤為了擴張自己的勢力，把二兒子代善安排到了正藍旗，成為了正藍旗的小旗主，這樣一來，他便能節制舒爾哈齊的正藍旗了。

之後在1609年的時候，也就是萬曆三十七年，正藍旗主舒爾哈齊被努爾哈赤幽禁了起來，原先正藍旗中為舒爾哈齊統領的部隊，一部分劃給了舒爾哈齊的兒子阿敏，一部分劃給了代善，這樣代善就帶著自己原先在正藍旗的人馬，加上劃給他的正藍旗人馬組成了正紅旗。

這個時候四旗旗主分別如下：正黃旗：努爾哈赤；正白旗：褚英；正紅旗：代善；正藍旗：阿敏。

到了1611年的時候，褚英被努爾哈赤幽禁，正白旗便劃給了皇太極，褚英的兒子杜度繼承了部分正白旗人馬，成為了正白旗的小旗主。

到了1615年的時候，努爾哈赤將四旗擴充為八旗，分別為正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正紅旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗。

兩黃旗由努爾哈赤親自統領，代善及其兒子們統領兩紅旗。正白旗不變由皇太極統領，鑲白旗由杜度統領，同時由阿巴泰擔任小旗主。正藍旗旗主阿敏成為了鑲藍旗旗主，正藍旗由努爾哈赤五子莽古爾泰統領，此外努爾哈赤的另一個兒子德格類擔任正藍旗小旗主。

努爾哈赤晚期

到了努爾哈赤晚期的時候，按照女真人“長子繼承皇位，幼子繼承財產”的傳統，把自己兩旗分給了三個幼子：阿濟格、多爾袞和多鐸，他們都是努爾哈赤的大妃阿巴亥所生。當時一旗有30個佐領，兩黃旗便有60個佐領，努爾哈赤分別給了三個幼子15個佐領，自己親自統領了15個佐領。他規定在他死後，他統領的15個佐領交給阿濟格，即阿濟格為正黃旗旗主，多爾袞被他調到了鑲白旗擔任旗主，而鑲白旗的杜度調到了鑲紅旗擔任旗主。

只是這次分封沒有完成，努爾哈赤便在寧遠之戰後不久病死了，皇太極瞅準機會讓兒子豪格奪取了鑲白旗，如此皇太極父子便掌握了兩白旗。

皇太極時期

皇太極繼位後，便對八旗進行了三次大的調整，主要是把兩白旗旗主與兩黃旗旗主對調。在此說明一下，兩黃旗通常是由大汗（皇帝親自統領的），在努爾哈赤晚期，鑲黃旗成為了努爾哈赤唯一統領的部隊，以你次鑲黃旗是八旗的頭旗。

第二個調整是藉著阿敏戰敗，將阿敏的鑲藍旗劃給了堂弟濟爾哈朗。第三個調整是在天聰九年，發生了莽古爾泰和德格類謀反事件，此事件后皇太極吞併了正藍旗，將其封給了兒子豪格。

經過這三次調整，八旗的情況如下：

兩黃旗：皇太極；

正藍旗：豪格、阿巴泰（小旗主）；

鑲藍旗：濟爾哈朗。以上四旗為皇太極的嫡系人馬。

正紅旗：代善；鑲紅旗：嶽託、碩託（小旗主）

兩紅旗為代善的勢力。

正白旗：多鐸；

鑲白旗：阿濟格、多爾袞。

兩白旗屬於一個獨立的勢力，三個旗主都同出一母。

多爾袞時期

皇太極死後，多爾袞成為了攝政王，執掌了大權。多爾袞執掌大權後，便開始打壓對手擴張自己的勢力，前後進行了兩次調整。

多爾袞現實仗著自己的權勢，把親弟弟多鐸在正白旗的15個佐領搶了過來，成為了鑲白旗旗主，然後與多鐸對調，成為了正白旗的旗主。

在立順治為皇帝后，他便致力於打擊豪格，在順治五年的時候將豪格下了獄，搶走了豪格的正藍旗（還有豪格的小老婆也搶走了）。順治六年，鑲白旗旗主多鐸病逝，他便把鑲白旗也搶了過來，成為了兩白旗旗主。

而兩紅旗來說，代善在此期間病死，他的兒子嶽託和碩託也先後死去，正紅旗由代善的另一個兒子滿達海繼任，鑲紅旗由嶽託孫子羅科鐸繼任。

經過多爾袞時期的變動，八旗情況如下：

兩黃旗：順治帝；

兩白旗：多爾袞；

正紅旗：滿達海、勒克德渾（小旗主）

鑲紅旗：羅科鐸、尼堪、碩塞（小旗主）；

正藍旗：多尼、阿濟格等（小旗主）；

鑲藍旗：濟爾哈朗。

八旗的最後確定

多爾袞死後，順治帝對多爾袞進行秋後算賬，對人員進行了一次大清洗。

首先是沒收了多爾袞的兩白旗，正白旗被順治帝收走，與其掌控的兩黃旗變成了“上三旗”；二是將鑲白旗交給了豪格的兒子富綬；三是對多爾袞的哥哥阿濟格下了死手，剝奪了他的一切權力，其下屬的佐領劃入了正白、鑲白、正藍三旗。

此後八旗的分屬就明確了起來，上三旗由皇帝親自統領；

鑲白旗由豪格的後裔統領；正紅旗由代善的後裔統領；鑲紅旗由嶽託、碩塞、褚英的後裔統領；正藍旗由阿巴泰、多鐸後裔統領；鑲藍旗由濟爾哈朗後裔統領。

康熙繼位後，逐步削弱了諸王對下五旗的掌控，讓都統掌控各旗。而都統是皇帝委派的官員，沒有世襲的權力，原本由各旗主掌控的下五旗，便被皇帝奪去了。

之後，康熙又陸續派自己的兒子去下五旗擔任小旗主，進一步分化了諸王對下五旗的掌控。到了乾隆時代，旗主實際上已經名存實亡了，到了道光時期，也就沒了所謂的旗主了。

最後總結一下，回答這個題目的問題，擔當旗主的，只能是努爾哈赤和舒爾哈齊的 後裔，愛新覺羅家族的人。

八旗旗幟

努爾哈赤元妃佟佳氏生二子，長子褚英，一度被立為儲君，在三旗時期曾為白旗旗主；次子代善，四旗時為紅旗旗主，八旗時期為正紅旗、鑲紅旗旗主；

繼後（亦稱袞代皇后）富察氏亦育有兩子，第五子莽古爾泰為正藍旗旗主，第十子德格類，在兄莽古爾泰去世以後繼任正藍旗旗主；

中宮皇后葉赫那拉氏生第八子皇太極，為正白旗旗主；

繼立之後烏拉那拉氏生三子，第十二子阿濟格曾為鑲白旗旗主，第十四子多爾袞先領正白旗、後領鑲白旗，第十五子多鐸，亦先領正白旗、後領鑲白旗。

上述均為努爾哈赤嫡出之子，所以均為旗主，相反，其庶妃所出之子，不得不附屬於嫡子之後，甚至沒有任何宗室特權，如努爾哈赤第三子阿拜，為庶妃兆佳氏所生，但卻附屬於幼弟多鐸，第十六子費揚古，沒有任何特權，甚至直至康熙時才得以列入宗室之列。

大明萬曆十二年（1584年），遼東建州左衛指揮使努爾哈赤以父祖所留下的十三副鎧甲和大明賜下的三十匹馬、三十道敕書（貿易憑證）為起家之本，正式展開了統一遼東女真各部的程序。在之前的數百年裡，遼東女真部落的社會生活，是半遊牧半漁獵方式；為了更好的在狩獵、遷移、採集活動中獲取更大更多的資源，就有必要集中部落全體成員共同、統一行動，這個統一行動的組織在女真語中叫做“牛錄”，由部落中有威望、有組織能力，可以號召、聚集大家統一行動的人作為首領（此時還沒有“牛錄額真”的名號），這就是遼東女真部落最開始的社會形式。努爾哈赤剛剛承繼建州左衛的時候，也是遵循這樣的部落管理模式，建州左衛內部也存在有若干“牛錄”，分別由努爾哈赤的弟弟、親信管理。

當時一個“牛錄”的管轄人口大約為三百戶（實際情況不一定是三百戶這麼多），努爾哈赤繼任建州左衛指揮使後，屢次興兵攻伐其他部落，掠得大量人口、土地，簡單的“牛錄製”已經不能滿足建州左衛的軍政治理需要，於是努爾哈赤在“牛錄”之上加設了更高一級的的管理層次，用黑色旗幟作為統一指揮的標識，“旗幟”一詞在女真語中叫做“固山”，所以努爾哈赤新設立的軍政合一社會組織形式就叫做“固山”，漢譯名為“旗”。這是日後清朝“八旗制度”的起源，而努爾哈赤就是建州左衛“固山”的唯一首領，即“旗主”（雖然這個時候還沒‘旗主’的稱呼）。

努爾哈赤於大明萬曆十七年（1589年）統一建州三衛，初步建立起了政權，由於接連獲勝，他所治理的人口大量增加，勢力範圍迅速擴大，需要管理的事務也越來越多；於是，努爾哈赤在這一年增設了新的“固山”，改用紅旗作為標誌，由自己親自統領，原有的“黑旗固山”則讓弟弟舒爾哈齊統領。也就是說，這個時候的建州女真，努爾哈赤是紅旗“旗主”，舒爾哈齊是黑旗“旗主”（旗主的稱呼源於此）。

大明萬曆二十一年（1601年），努爾哈赤將海西女真哈達部收編，並增設了白旗“固山”，以哈達部首領吳爾代為“旗主”，努爾哈赤的長子褚英則被授命“協管白旗”，即白旗的“小旗主”（領主）。同時，努爾哈赤將自己親領的紅旗改為黃旗標識，舒爾哈齊的黑旗則改為藍旗標識，至此，建州女真有了黃、白、藍三旗（在努爾哈赤的策劃下，吳爾代不久後就被免去白旗旗主，改由褚英接任，褚英即新一任白旗旗主；另外，努爾哈赤的次子代善也被安排進入藍旗，成為藍旗的小旗主，“協助”叔父舒爾哈齊治理藍旗）。

在勢力範圍和統治人口大大擴張後，努爾哈赤為了更好地管理軍政事務，便在這一年參照女真金國政權當年的“猛安謀克”制度，對建州政權進行大規模的社會架構改造，建立了“牛錄、甲喇、固山”三等管理機構，並規定一牛錄領丁三百人（含有三百名成年男子的戶數）、五牛錄為一甲喇，五甲喇為一固山（即一旗），牛錄首領正式命名為“牛錄額真”，甲喇首領則命名為“甲喇額真”（固山首領即旗主，此時還沒有固山額真的官職）。不過這個制度並沒有得到很規範的實施，建州女真的社會制度依舊比較混亂、無序。

大明萬曆三十五年（1607年），努爾哈赤和弟弟舒爾哈齊因權力之爭而鬧翻，舒爾哈齊被剝奪了藍旗的統治權、幽禁致死，而原來的藍旗也被分割開來，一半由舒爾哈齊的次子阿敏統領，另一半則歸屬於小旗主、努爾哈赤的次子代善。代善得到半個藍旗後，建立新的“固山”，以紅旗作為標識。建州女真此時就有了“黃、藍、白、紅”四旗，旗主分別是努爾哈赤本人（黃旗）、侄子阿敏（藍旗）、長子褚英（白旗）、次子代善（紅旗）。

萬曆三十五年（1607年），白旗旗主褚英在烏碣巖之戰中大破海西女真烏拉部，得到捷報的努爾哈赤高興不已，加封長子為“阿爾哈圖圖門貝勒”，授命他“協理國政”，已經把褚英當做儲君來看待了。（“阿爾哈圖圖門貝勒”，漢譯為“廣略貝勒”；褚英也是第一個得到貝勒稱號的努爾哈赤子侄輩）。

但褚英掌權後專橫跋扈、以手中的權力肆無忌憚地削奪努爾哈赤心腹“五大臣”、及諸弟的財富和利益，搶奪他們的權力，致使其在建州內部陷入孤立、為人所厭惡。努爾哈赤得知實情後，為了保持建州內部的團結，經過深思熟慮之後，於萬曆四十一年（1613年）取消了褚英的‘協理國政’權力，希望他能夠反躬自省。可褚英卻因此“心懷怨望、有咀呪之罪”，暗地裡詛咒父親出征失敗，揚言要“誅殺與我為惡的諸弟及諸大臣。”努爾哈赤得知後，立即將褚英革去白旗旗主及其他一切職位，幽禁於高牆中，將白旗的一小部分給褚英的長子、自己的長孫杜度繼承，大部分白旗牛錄則交給第八子皇太極（洪太）統領，由此，白旗旗主變成了皇太極，杜度則成為白旗小旗主。（褚英被幽禁兩年後，於萬曆四十三年（1615年）被努爾哈赤下令處死，以絕後患。）

大明萬曆四十三年（1615年），經過三十年的征戰，努爾哈赤已經統一了除葉赫部之外的所有遼東女真部落，漠南科爾沁蒙古也前來歸附，建州女真的統治範圍、治理人口、領有的軍隊都到了前所未有的巔峰，原有的四個“固山（旗）”已經管理不過來了，急需建立新的統治機構，以更好地治理所管轄的疆土和領民。於是，努爾哈赤在這一年把領下的“黃、藍、白、紅”四旗以及“固山、甲喇、牛錄”三級軍政機構重新調整，加設了四個“固山”——鑲黃、鑲藍、鑲白、鑲紅旗，之前原有的四旗則改稱正黃、正藍、正白、正紅旗；日後清朝的“八旗制度”，由此正式建立。

此時的八旗旗主，分別是：

正黃旗旗主：努爾哈赤本人

鑲黃旗旗主：努爾哈赤本人

正紅旗旗主：努爾哈赤次子代善

鑲紅旗旗主：代善兼領（小旗主：代善長子嶽託、三子碩託）

正白旗旗主：努爾哈赤第八子皇太極

鑲白旗旗主：努爾哈赤長孫杜度（小旗主：努爾哈赤第七子阿巴泰）

正藍旗旗主：努爾哈赤第五子莽古爾泰（小旗主：努爾哈赤第十子德格類）

鑲藍旗旗主：努爾哈赤之侄、舒爾哈齊之子阿敏（小旗主：阿敏之弟濟爾哈朗）

而各旗的實力如下：

正黃旗——四十五牛錄

鑲黃旗——二十牛錄

正紅旗——二十五牛錄

鑲紅旗——二十六牛錄

鑲藍旗——三十三牛錄

正藍旗——二十一牛錄

正白旗——二十五牛錄

鑲白旗——十五牛錄

可見，八旗之中，努爾哈赤所領的兩黃旗實力最大，而鑲白旗的杜度實力最弱小（沒辦法，都是褚英當年連累的）。

大明萬曆四十四年、後金天命元年（1616年），努爾哈赤建立“後金”，改元天命，自稱“大金覆育列國英明汗”，和大明正式分庭抗禮，後金政權即清朝的前身。

大明天啟二年、後金天命七年（1622年），努爾哈赤更定了各旗的標識制度，正色旗為純色正四方形，中繡龍，龍首向後；鑲色旗為五邊形，右兩邊斜邊，其餘為直邊；鑲黃、鑲白、鑲藍三旗鑲紅邊，鑲紅旗鑲白邊，中繡龍，龍首向前方。此時的八旗旗主，除了嶽託升為鑲紅旗旗主外（代善不再兼領鑲紅旗），和努爾哈赤剛建立後金時沒有改變。

天命八年（1622年），努爾哈赤將三個嫡幼子（大妃阿巴亥所生）——十二子阿濟格、十四子多爾袞、十五子多鐸都安排進入兩黃旗，其中正黃旗由阿濟格、多爾袞平分，鑲黃旗則分出一半給多鐸。努爾哈赤還立下了遺囑，自己親領的鑲黃旗剩下部分，在自己去世後都給多鐸繼承。因此，多鐸成為了鑲黃旗小旗主，阿濟格、多爾袞成為正黃旗小旗主（其中阿濟格實際上已經是旗主。）另外，正黃旗在分給了阿濟格和多爾袞之後，努爾哈赤親領的就只有鑲黃旗，因此，自努爾哈赤以後，除了豪格為鑲黃旗旗主的一段時間、八旗以正黃旗為尊外，其他時間都是以鑲黃旗為尊。

天命十一年（1626年）初，努爾哈赤將長孫、鑲白旗旗主杜度調往鑲紅旗任小旗主（杜度：我招惹誰了），準備安排多爾袞接任鑲白旗旗主，但不巧的是，努爾哈赤在這一年八月因傷病在靉雞堡（今瀋陽市于洪區翟家鄉）突然去世，沒來得及將多爾袞正式調任鑲白旗旗主，而杜度已經調往了鑲紅旗，所以鑲白旗一時間沒有了旗主。

努爾哈赤去世後，圍繞著汗位的歸屬，後金宗室貴族內部展開了激烈的爭奪和博弈，最終，努爾哈赤第八子、正白旗旗主皇太極獲得了最終的勝利，繼承了汗位，成為後金第二代大汗。

皇太極即位後，實際上只掌握了正白旗一旗（二十五牛錄），而阿濟格、多爾袞、多鐸三兄弟則握有兩黃旗（六十五牛錄），在實力對比上差距太大，於是皇太極立即以大汗的身份，將自己的長子豪格授為鑲白旗旗主，搶佔了無主的鑲白旗。

由於多爾袞三兄弟年紀太小（阿濟格二十歲、多爾袞十四歲、多鐸十一歲），無法真正掌握兩黃旗的實權，皇太極並沒有對他們下死手，而是在表面上籠絡照顧，依舊讓他們領有兩黃旗（以便控制利用）。不過皇太極以“汗王正統、必以尚黃”為由，將兩白旗和兩黃旗旗幟對換，原來自己控制的正白旗改為正黃旗，而豪格領有的鑲白旗則改為鑲黃旗，相對應的，阿濟格的正黃旗改為鑲白旗，多鐸的鑲黃旗改為正白旗，原來有機會成為鑲白旗旗主的多爾袞則為新鑲白旗小旗主（天聰二年，皇太極以阿濟格私自給多鐸說親為理由，將阿濟格降為鑲白旗小旗主，由多爾袞接任鑲白旗旗主；多鐸的正白旗旗主不變）。

為了擴充自己的實力、削弱其他各旗旗主的實權，皇太極在繼位的這一年（天命十一年），就迫不及待的下詔，在每個旗中增設“固山額真”，作為該旗的軍政長官，負責處理本旗的戶籍、訓導、作訓、農耕等事宜，管轄本旗的甲喇額真、牛錄額真，以分旗主之權。不過在統轄範疇上，固山額真依舊是本旗旗主的屬人，雙方有著上下級的隸屬關係（主僕關係），出兵征戰指揮權，仍歸旗主掌握。

大明崇禎三年、後金天聰四年（1630)五月，鑲藍旗旗主阿敏因為在永平之戰中被大明經略大學士孫承宗抓住後金軍換防之機、集結優勢兵力攻擊（後金所佔據的）灤州，心慌意亂之下趁明軍尚未到來前，放棄駐守的永平府，私自越過邊牆，返回瀋陽。皇太極聞訊後召集宗室王公商議如何處理，最後議定阿敏有失地、存異志、無人臣禮等罪，“當誅”。為顯示寬宏大量，皇太極對阿敏減罪一等，免其死罪，但廢黜旗主之位、幽禁終身，鑲藍旗全部劃歸小旗主、阿敏六弟濟爾哈朗。

大明崇禎五年、後金天聰六年（1632年），正藍旗旗主莽古爾泰病死，皇太極命正藍旗小旗主、莽古爾泰的同母弟德格類接任旗主。三年後，天聰九年（1635年），德格類也因病去世，正藍旗按規矩或者由莽古爾泰的兒子、或者由德格類的兒子接任旗主。但皇太極暗中授意莽古爾泰和德格類的同母姐莽古濟的屬人冷僧機出面控告莽古爾泰、德格類在生前和莽古濟有私下勾結，並盟誓謀反，想要謀害皇太極、以奪取汗位。皇太極因此興起大獄，將異母姐莽古濟以謀反罪名凌遲處死，莽古爾泰、德格類也被論罪追奪生前的爵位和旗權，剝奪了他們的子孫對正藍旗的繼承權，莽古爾泰和德格類的兒子都被廢黜了宗室身份，貶為庶人。沒有了旗主的正藍旗則被皇太極強行奪取過來，和正黃旗混編後，重新設立新的正黃旗、鑲黃旗，均由自己親兼旗主。而原鑲黃旗則改為正藍旗，豪格也因此改任正藍旗旗主（阿巴泰的小旗主身份不變）。

大明崇禎九年、後金天聰十年、（1636年）四月，皇太極以上年平定蒙古察哈爾部、獲取北元‘傳國玉璽’為由，在盛京（瀋陽）“即天子位”，將尊號由“大汗”改稱“皇帝”，將國號從“大金”改為“大清”，改當年（天聰十年）為崇德元年，這就是清朝的開端，皇太極就是清朝的開國皇帝——清太宗。

皇太極稱帝后，大封宗室為親王、郡王、貝勒，其中：正紅旗旗主代善封和碩禮親王、鑲藍旗旗主濟爾哈朗封和碩鄭親王、鑲白旗旗主多爾袞封和碩睿親王、正白旗旗主多鐸封和碩豫親王、正藍旗旗主豪格封和碩肅親王、鑲紅旗旗主嶽託封和碩成親王、鑲白旗小旗主阿濟格封多羅武英郡王、鑲紅旗小旗主杜度封多羅安平貝勒、正藍旗小旗主阿巴泰封多羅饒餘貝勒。

崇德二年（1637年），皇太極為了更好地控制兩白旗，於是藉口整頓旗務，將兩白旗打亂後混編，改鑲白旗旗主多爾袞為正白旗旗主，正白旗旗主多鐸則改任鑲白旗旗主，阿濟格旗分不變，依舊是鑲白旗小旗主。

在皇太極接二連三的佔旗、合併、拆分、調整後，八旗的旗主先後更換了數次，各旗的標識、屬人也相應調整，最終，各旗旗主為：

鑲黃旗旗主：皇帝（皇太極）

正黃旗旗主：皇帝（皇太極）

正紅旗旗主：禮親王代善（小旗主、代善第三子薩哈廉早逝，兒子勒克德渾年幼，暫時未繼承小旗主）

鑲紅旗旗主：克勤郡王嶽託（崇德四年嶽託病逝，由貝子碩託（代善次子）繼任；小旗主：安平貝勒杜度）

正白旗旗主：睿親王多爾袞

鑲白旗旗主：豫親王多鐸（小旗主：武英郡王阿濟格）

正藍旗旗主：肅親王豪格（小旗主：饒餘貝勒阿巴泰）

鑲藍旗旗主：鄭親王濟爾哈朗

大明崇禎十六年、清崇德八年（1643年），清太宗皇太極在盛京駕崩。如同十八年前努爾哈赤去世時的情景一樣，清朝宗室貴族們又為了皇位的歸屬展開了爭奪和博弈，其中皇太極長子、正藍旗旗主豪格和努爾哈赤十四子、正白旗旗主多爾袞之間鬥爭猶為激烈，彼此絕不退讓一步，幾乎因此發生火併。最後，在正紅旗旗主代善和鑲藍旗旗主濟爾哈朗的調解下，豪格和多爾袞都放棄了對皇位的爭奪，皇太極第九子福臨則作為折中的人選被推舉為繼任皇帝，承襲皇位；福臨即清朝入關後的第一代皇帝——清世祖順治帝。

但在推選皇帝的博弈過程中，鑲紅旗旗主碩託因為“陰謀擁立睿親王、意欲挑起禍端”，被判定死罪，和侄子阿達禮（薩哈廉之子）一起被處死。鑲紅旗旗主由嶽託長子羅洛渾繼任。而正白旗旗主多爾袞、鑲藍旗旗主濟爾哈朗則因皇帝年幼、無法治理國政的原因，被推舉為攝政王，代理執掌朝政。

順治元年（1644年），清軍入關，開始了入主中原的歷史。之後多爾袞利用攝政王的職權，將跟自己作對的正藍旗旗主豪格陷害下獄，致使豪格瘐死獄中，正藍旗也被多爾袞私自佔據，沒有交給順治帝。

順治六年（1649年）正紅旗旗主代善、鑲白旗旗主多鐸先後去世，多爾袞將正紅旗旗主授予代善之子滿達海；將自己的正白旗和多鐸鑲白旗以及強佔來的正藍旗混編為新的正白旗、鑲白旗，，將原正藍旗和鑲白旗對調，以多鐸之子多尼為正藍旗旗主，以原正藍旗小旗主阿巴泰的兒子博洛、嶽樂為小旗主，原鑲白旗小旗主阿濟格調任正藍旗小旗主。調整旗分後，多爾袞自己親領正白旗、鑲白旗，實力幾乎和順治帝一樣大（皇帝親領鑲黃旗、正黃旗）。

在這之前，順治三年（1646年），鑲紅旗旗主羅洛渾也病逝了，其子羅科鐸雖然才八歲，但在多爾袞的主持下，還是成為了鑲紅旗新一任旗主。另外，順治帝的兄長（五哥）碩塞，在順治帝的支援下、同時也有其他宗室王公權力平衡的考慮下，被加封為承澤親王，進入鑲紅旗，成為小旗主。

所以，在多爾袞實際執掌清朝中樞權力的後期（順治六年後），清朝八旗旗主的實際名單為：

鑲黃旗旗主：皇帝（順治帝）

正黃旗旗主：皇帝（順治帝）

正白旗旗主：攝政王多爾袞

鑲白旗旗主：攝政王多爾袞

正紅旗旗主：巽親王滿達海（小旗主：順承郡王勒克德渾）

鑲紅旗旗主：平郡王羅科鐸（小旗主；承澤親王碩塞；）

正藍旗旗主：豫親王王多尼（小旗主：英親王阿濟格、端重親王博洛、貝勒嶽樂）

鑲藍旗旗主：鄭親王濟爾哈朗

順治七年（1650年）十二月，多爾袞因墜馬傷重，在古北口去世，順治帝得以親政。順治八年（1651年）初，順治帝追究多爾袞擅權、亂政的罪過，將其掘墓毀屍，追奪一切封典。而多爾袞生前費勁心思才調整完成的八旗旗主位置，順治也更定推翻、重新加以調整，將屬於多爾袞一系的旗主盡皆罷去，換上了自己的親信，並將多爾袞的正白旗收歸皇帝親領，多爾袞之兄阿濟格則奪爵，他的正藍旗旗分被一分為三，分別劃歸正白、鑲白、正藍旗。

此後，又有若干旗主因病去世或者出征陣亡，至順治十七年（1660年），八旗旗主名單為：

鑲黃旗旗主：皇帝（順治帝）

正黃旗旗主：皇帝（順治帝）

正白旗旗主：皇帝（順治帝）

正紅旗旗主：康親王傑書（代善之孫）

鑲紅旗旗主：平郡王羅科鐸（代善曾孫）

鑲白旗旗主：顯親王富綬（豪格之子）

正藍旗旗主：信郡王多尼（多鐸之子）

鑲藍旗旗主：簡親王濟度（濟爾哈朗之子）

順治帝將正白旗劃歸皇帝親領後，鑲黃、正黃、正白三旗，從此被稱為“上三旗”，其餘屬於各宗室王公旗分的正紅、鑲紅、鑲白、正藍、鑲藍旗，則稱為“下五旗”。

也就在順治十七年（1660年），順治帝下詔，將八旗固山額真改漢名為“都統”，甲喇額真改漢名為“參領”，牛錄額真改漢名為“佐領”。從這一年起，都統、參領、佐領各職從旗主原先的屬人身份改為朝廷經制官員，由中樞委派至各旗處理軍政要務，都統不再像以前一樣世襲，而是“流官”，有任職期限。這樣，原本是旗主私產的下五旗旗分，就逐漸轉由朝廷委派的都統管理（當然，也有親王、郡王等宗室擔任過各旗都統，不過大都是名譽職位），旗主的對旗分的絕對管理權被逐漸削弱，到最後，只剩下宗法制度上的禮儀特權了。

康熙中期以後，康熙帝將成年的皇子們分到各旗（上三旗除外）去擔任小旗主，從旗主們所佔有的佐領中劃撥旗分，這就更加侵佔了原旗主們的本旗治理權和管轄權。不過以皇子出任下五旗小旗主、分割旗主的權力，將下五旗治理權慢慢收歸中樞的過程是很漫長的，期間經歷了康熙帝時期雍正帝時期將都統的滿文名稱改為“固山昂邦”（使都統和‘旗主’名號徹底脫鉤）；乾隆帝時期的廢除議政王制度，使旗主們失去了最後的政治特權；嘉慶帝時期的強化都統衙門管理制度，旗內事務盡由參領、佐領上報本旗都統後執行。

經過上百年的轉化，至道光帝在位時期，下五旗的旗主：禮親王世家、鄭親王世家、豫親王世家、肅親王世家、克勤郡王世家，除了還能掌握不多的保留旗分佐領外，其他的本旗佐領，早就歸屬於其他宗室子弟，或者歸於公中（就是朝廷）了，八旗的軍政管理權力，到了這個時候，總算可以全部被皇帝掌握於手中，“旗主”這個名位，也自然而然地消失在八旗制度中。

而道光皇帝承歷代先帝的福廕，將八旗的權力全部收攏在手中的時候，在遙遠的南方，廣東珠江口，“虎門銷煙”的歷史性場面，也即將到來了。