在正常情況下，子宮內膜是生長在子宮腔內的，如果盆腔內長有子宮內膜，每個月也有一次月經樣出血。這些血液成年累月積聚，便形成囊腫。血液濃縮成粘糊狀，像巧克力樣顏色，故稱巧克力囊腫，實際上是子宮內膜異位症。這種囊腫，最容易發生在卵巢上，所以又叫卵巢巧克力囊腫。

卵巢巧克力囊腫好發於30－40歲的女性。其產生的原因是月經期子宮內膜碎片脫落，由於引流不暢，不能全部從陰道排出，少量碎片經輸卵管向盆腔倒流。又因為卵巢和輸卵管的開口處較近，使內膜碎片種植在卵巢表面和輸卵管周圍，這樣就發生了巧克力囊腫。凡是影響經血排出體外造成經血倒流的因素，如陰道閉鎖、宮頸口狹窄、多次人流後宮頸粘連、經期性交以及經期使用陰道棉塞未及時更換等，均可使脫落的子宮內膜碎片向卵巢處逆流，從而發生巧克力囊腫。

發生巧克力囊腫後可有痛經、經血量改變、性交痛和不孕等症狀。這種痛經服止痛片無效，並呈進行性加重。經血量的改變，既可表現為點滴狀出血，也可經量增多。性交痛易被誤診為性交恐怖症或陰道痙攣症。由於輸卵管粘連，還會造成不孕。所以，一個已婚的生育期婦女，若出現逐漸加重的痛經，還有性交痛和不孕，就應想到本病，去醫院檢查，千萬不能麻痺大意。

由於卵巢巧克力囊腫破裂流至盆腔內的是陳舊積血，並非大量新鮮出血，除腹痛外，通常不會影響生命體徵，不會出現休克。有人認為，既然不會危及生命，能否採取不手術的保守治療，使患者免受手術之苦。其實，對巧克力囊腫的治療要根據病人年齡、病情以及是否需要生育等情況來決定採用藥物治療還是手術治療。