明軍攻克大都後，元朝滅亡，元順帝北遁，兩年後死去，其子愛猷識理達臘在嶺北舊都哈拉和林（今蒙古國中部鄂爾渾河上游、杭愛山南麓）繼位，北元政權殘存於漠北草原。在陝甘一帶與徐達廝殺的擴廓帖木兒（王保保）戰敗於沈兒峪，在損失八萬餘人後，僅帶少數人北走哈拉和林。

此時的蒙元已然大勢已去，朱元璋命藍玉發動第六次北伐。明軍橫跨戈壁，至捕魚兒海（今內蒙古貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬餘人，烏薩哈勒汗脫古思帖木兒（愛猷識理達臘之弟）和他的長子天保奴逃走，幼子地保奴被明軍俘虜，至此北元國勢大衰。

就在黃金家族內憂外患之時，北方的瓦剌諸部（瓦剌，也稱衛拉特，是蒙古高原北部的一個部落聯盟）卻因僻居北疆而實力未損。此消彼長，北元朝廷銳氣盡失之時，瓦剌已然有了問鼎汗位之勢。

1388年，瓦剌聯盟土爾扈特部的猛哥帖木兒率四萬部眾東進，幫助阿里不哥後裔也速迭兒殺脫古思帖木兒。也速迭兒被立為恩克卓裡克圖汗，北元大汗從此成為瓦剌人的傀儡。在也速迭兒及其子昂克汗死後，瓦剌與黃金家族達成妥協，擁立愛猷識理達臘之子買的禮巴剌為額勒伯克汗，忽必烈系復辟。

1399年，猛哥帖木兒再次發兵攻打汗廷，殺額勒伯克汗，降蒙古人眾大半，立阿里不哥後裔坤帖木兒為脫歡汗，額勒伯克汗之子本雅失裡逃亡帖木兒帝國。

1402年，猛哥帖木兒死後，瓦剌三部的首領（綽羅斯部馬哈木、土爾扈特部太平、輝特部把禿孛羅）繼續把持汗庭，黃金家族及其蒙古部眾屈服於瓦剌威權之下。

阿蘇特部的阿魯臺（蒙古化伊朗部落）崛起後自立為太師，殺脫歡汗坤帖木兒，擁立窩闊臺庶子合丹後裔月魯帖木兒（鬼力赤）為大汗，去元國號，只用“yeke Mohgrol ulus”（大蒙古國）國號，明朝據此認為北元已經正式滅亡，便開始蔑稱其為韃靼。

北元，跟忽必烈的元朝師出一脈，元末蒙古族統治下各地相繼爆發了起義，很多地方失守，1368年元惠宗從上都(今北京)北逃並遷都至上都(今內蒙古錫林郭勒盟境內)故稱北元。北元時期以失去往日的輝煌，朱元璋，陳友諒等崛起，勢力崛起，北元的許多封王也都節制中央。直到1388年捕魚兒海之戰大將藍玉率領15萬兵馬斬殺北元皇帝孛兒只斤貼.脫木斯帖木兒及其兒子，標誌著北元滅亡。

瓦剌，蒙古族，元朝是亦稱斡爾剌惕，也是蒙古的一個部組，最初分佈於八河地區，元朝時遷入阿爾泰山麓至色楞格河下游的平原西北部。明朝時稱瓦剌，其首領也先取代北元建立了瓦剌帝國，並不斷侵犯明朝邊境，明英宗朱祁鎮御駕親征，結果造成了“土木堡之變”兵敗被俘。

韃靼，其指稱範圍隨時代不同而有異，遼金時指蒙古高原東邊的塔塔爾部；明代僅指蒙古高原東部建立的韃靼政。

北元演變過程 元朝後期，察哈臺兀魯思（領地）分裂為東西兩部分。西部以撒馬爾罕為中心，擁有河中（阿母河與錫爾河之間）之地。東部則據今新疆的西部，都於別失八里。元順帝至正中，東部的察哈臺汗禿黑帖木兒攻佔了撒馬爾罕。但禿黑帖木兒死後，境內大亂，跛者帖木兒乘機佔有中亞，建成有名的帖木兒帝國。帖木兒曾多次攻打別失八里的察哈臺汗。洪武中，黑的兒火者被立為東察哈臺汗，實力有所恢復，並征服了高昌的亦都護（亦都護是畏兀兒統治者的稱號）。

元朝滅亡以後，順帝妥歡帖木兒逃到上都，後又逃到應昌（達裡泊西南）。1370年（明洪武三年），妥歡帖木兒死去，子愛猷識理達臘嗣位，歷史上稱為北元。1388年（洪武二十一年），明將藍玉率大軍在捕魚兒海（貝爾湖）大敗北元軍，北元受到了毀滅性的打擊。與此同時，大汗（皇帝）的權力在經過多次的失敗與逃亡以後，日趨衰落，內部篡亂不斷髮生。自愛猷識理達臘至坤帖木兒，約二十年的時間內，換了六個大汗，“未聞一人善終”。各部（蒙古語稱為愛馬）部長乘機壯大勢力，各自成為獨立的領主。洪武末年，鬼力赤殺死坤貼木兒，自稱可汗，從此北元時期沿行的典章制度一概被廢棄，不再使用元國的國號。因為鬼力赤不是元帝的後裔，諸部不服。15世紀初，蒙古阿蘇特部領主阿魯臺崛起，自稱太師，襲殺鬼力赤，迎坤帖木兒的弟弟本雅失裡為可汗。但是這時瓦剌部的勢力有了很大的發展，其酋長馬哈木等覬覦汗位，於是發生了韃靼與瓦剌間長期的戰爭。

韃靼、瓦剌、兀良哈的矛盾 瓦剌就是成吉思汗時代的斡亦剌惕，其牧地原在葉尼塞河上游。朮赤北征，斡亦剌部臣服於蒙古，以後一直接受元的分封，且與元皇室通婚姻。元末瓦剌已向西南發展，住牧在阿爾泰山以西之地。其首領猛可帖木兒死後，馬哈木、太平、把禿孛羅分立，勢力漸盛，遂與阿魯臺相仇殺。

除了韃靼與瓦剌兩部之外，在韃靼與建州女真之間，潢水（西剌木倫河）以北，兀良哈之地，因元宗室遼王阿扎失裡等來降，朱元璋設立朵顏、福餘和泰寧三衛。兀良哈三衛驍勇善戰。靖難之變，朱棣曾藉助他們的騎兵為先鋒，立有戰功，因此被允許在大寧地區放牧。

明朝對他們的手段 明朝對於韃靼、瓦剌與兀良哈等三衛的策略是秉著“分則治，合則難圖”的原則。根據變化的情況，要時進行拉攏，有時加以打擊的兩手政策。朱棣在結好兀良哈三衛的基礎上，利用瓦剌與阿魯臺相仇殺的機會，封瓦剌的馬哈木為順寧王，太平為賢義王，把禿孛羅為安樂王，許其入貢互市，利用他們來削弱與牽制東蒙古的力量。

1410年（永樂八年），朱棣第一次親征蒙古，本雅失裡大敗西走，後為瓦剌人所殺；阿魯臺也遭到失敗。瓦剌隨即進軍東蒙古，佔據和林，阿魯臺被迫南走降明。朱棣眼看瓦剌的勢力日增，漸不可制，轉而支援阿魯臺，封他為和林王。1414年（永樂十二年），朱棣又第三次親征，以阿魯臺為前鋒，擊敗瓦剌。阿魯臺乘機進一步進擊瓦剌，力量得到恢復。朱棣於是又轉而扶持瓦剌，使與之抗衡。朱棣的這種政策，更加劇了蒙古各部落領主間的混戰。

1416年（永樂十四年），瓦剌部首領順寧王馬哈木死，子脫歡嗣位。脫歡統一了瓦剌四部，1434年（宣德九年），襲殺阿魯臺，進一步征服東蒙古，立元裔脫脫不花為可汗。脫歡死，子也先嗣位，自稱淮王。東攻兀良哈而促使之西破哈密，形成北方的一大勢力，也自稱大元天盛可汗，表示了重建元朝的野心，隨即揮兵南侵，發生明英宗被俘的“土木之變”歷史事件！