在北京的最後一個皇帝是崇禎皇帝朱由檢。

偏安一隅的南明皇帝永曆帝朱由榔（1623年—1662年），在位16年。明神宗的孫子，明思宗朱由檢的堂弟。父桂王朱常瀛，是明神宗第七子，封湖南衡陽，天啟七年九月二十六日就藩，弘光元年十一月初四日病死於梧州。第三子安仁王朱由愛（左木右愛）承嗣。隆武稱帝后，病重，不久由榔被封桂王。隆武被俘後，於當年十月初十日（一說十四日）稱監國於肇慶。他於清順治三年（1646年）在廣州做了皇帝，年號永曆，史稱永曆帝。倚仗張獻忠建立的農民政權大西的餘部李定國、孫可望等在兩廣一帶抵抗清朝，因此維持時間較長。1661年，清軍攻入雲南，永曆政權滅亡。永曆帝被清軍逼到緬甸，逃到緬甸首都曼德勒，被緬甸王收留。後來明朝降將吳三桂攻入緬甸，他被俘。於永曆十七年（1662年，清康熙元年）1月在昆明被絞死。終年40歲。死後廟號昭宗，諡號匡皇帝。清乾隆年間上諡號出皇帝。

萌粉理想中的的大明，不和親不納貢不稱臣不賠款的大明最後一個皇帝就是朱由檢，本時空的明朝最後一個皇帝是朱由榔。雖然萌粉們不承認朱由榔

其實明朝最後一個皇帝還是有爭議的，多數人的說法是最後一個皇帝是崇禎皇帝朱由檢。也有人說是南明的最後一個皇帝朱由榔。因為朱由榔當皇帝的時候已經沒有什麼勢力了，通常只是個名分而已。 所以很多書上都不把它列為明朝的皇帝。

準確來說，明崇禎皇帝是在北京的最後一個皇帝。南明的皇帝偏安一隅，後世史學家習慣上認為明朝到崇禎皇帝為止，不把南明的皇帝計算在內。1368年朱元璋滅元稱帝，國號大明，歷十二世，傳十六帝。

明崇禎皇帝即明思宗，名朱由檢（公元1610-1644年），是明朝最後一位皇帝，他從明熹宗手上接過千瘡百孔的大明王朝，一方面勤儉自律、清心寡慾、勵精圖治，試圖重現明皇朝當年輝煌景象；另一方面，他疑心重重，頻繁更換和濫殺大臣，以致眾叛親離，最終這位比前朝幾代皇帝都要賢明的君主，“非亡國之君，當亡國之運”，自縊在煤山的清風明月下。

據史書記載，崇禎死時光著左腳，右腳穿著一隻紅鞋，前衣襟上寫著他的遺書：“朕自登基十七年，逆賊直逼京師。雖朕薄德藐躬，上幹天咎，然皆諸臣誤朕也。朕死，無面目見祖宗與地下，去朕冠冕，以發覆面，任賊分裂朕屍，勿傷百姓以一人。”

對於崇禎皇帝的評價：勤政亡國。中國歷史上的君主，都是荒政亡國，惟獨崇禎，勤政卻亡國。

南明皇帝有：安宗朱由崧，恭宗子，思宗堂弟，年號弘光 ；紹宗朱聿鍵 ，裕宗子，年號隆武 ；文宗朱聿鐭，裕宗子，紹宗弟，年號紹武； 昭宗朱由榔 ，禮宗子，思宗堂弟，年號永曆 。