在當時的情況下，他的後人要麼被殺，要麼改姓，要麼隱居山林。但是又有一句話說劉邦殺死了項羽的後人，但對秦始皇的後人關愛有加。可能他的後人在西漢的做高官了吧要不就是功名利祿享受一輩子。

已知有兩個兒子，與子嬰本人共同謀殺趙高，其姓名、事蹟皆失考。

秦三世子嬰

子嬰生年不詳，嬴姓，名子嬰或嬰，即秦三世，秦朝的最後一位統治者，在位僅46天。登基之初自稱皇帝，後改稱秦王，史稱秦王子嬰。

胡亥在位之時子嬰還只是個親王，但是子嬰明顯比胡亥聰明，而且也有軍事頭腦。曾多次勸諫叔父胡亥。尤其是在胡亥聽信趙高讒言，將蒙恬、蒙毅兄弟二人囚禁起來準備處死的時候。子嬰向秦二世進諫，勸說他不要這麼做。

子嬰是誰的兒子？這個問題已經成為歷史難題，如今比較普遍的說法是說子嬰是胡亥的長兄扶蘇之子。《秦始皇本紀》記載：“立二世之兄子公子嬰為秦王。”（《六國年表》作“高立二世兄子嬰”）這種說法認為“兄子”就是兄長的兒子。也就是扶蘇的兒子。這種說法就是由此而來。

不過除了這種說法之外還有很多其他的說法。一說子嬰是胡亥的兄長，持這種看法的人也給出證據。因為《六國年表》中有這樣的記載：“高立二世兄子嬰” ，這句話應該理解為“趙高擁立秦二世的兄長子嬰為秦王。”也就是說子嬰是胡亥的兄長，是扶蘇之弟。