李自成是攻打下一個城市，就把城市裡的藩王拉出來殺頭，然後搶劫金銀財寶和女人，到了北京因為預設所以繼續縱容部下燒殺淫掠，他的二頭母劉宗敏搶了吳三桂的小妾陳圓圓，然後大家都知道了，吳三桂衝冠一怒為紅顏引清軍入關...

對活著的朱家直系清朝斬草除根，以防死灰復燃，對已死（袁崇煥等）而有爭議很大的人和事高調宣揚與追諡，目的一個：以絕對的打擊控制一切可能動盪的起因，以忠孝的表象控制人心，達到統治地位媯穩定。少數人的清廷統治漢人兩百多年，思想控制時間更長。至於李自成基本影響為零，明朝滅了，李自成也亡了，只有一點，內戰不要底線，外戰一擊則潰。

李自成在沒有取天下的最後一擊之前，對於明朝的藩王非常殘酷，因為民憤很大嘛，所以基本上逮一個殺一個。

不過，在他最終起兵對明朝最後一擊的時候，秦王朱存極就在崇禎十六年投降了李自成，沒有被殺，晉王也在太原投降，也得免死，他們是標杆人物，可以妝點新朝的。

吳偉業的《鹿樵紀聞》記錄：

而其後賊臣韓文銓捕晉宗室四百餘人送西安，悉殺之。叛將陳永福在太原，恐宗人為變，閉門搜捕，得千餘人，殺之海子堰，若殲羊豕。

在大同是代王封地，代王朱傳齌出家財助守城，城破不降，與世子朱貽埄一同被殺。大同總兵姜鑲寫道：

以下雲（今山西大同）之宗姓，約計肆千餘，闖賊盤踞六日，屠戮將盡……

也就是殺了代王以下的4000多宗室子弟。

至於其他的郡王子弟，更是破城即殺。

不過對於崇禎兒子，李自成沒有殺。

到清朝就比較厲害了，順治元年殺崇禎太子朱慈烺，順治三年五月，以“私匿印信”為藉口，將魯王、荊王、衡王世子等十一人處死；順治五年，被俘的福王（弘光帝）和早已投降的周王、晉王、德王、潞王又一起被殺。

從順治三年到順治八年，先後擒斬的明朝宗室、其名號可稽者，僅郡王以上就有五十多人，對他們的家屬，無論少長盡誅之，總數應該過萬。

康熙四十七年，崇禎第四子朱慈煥被捕，與三子一孫一同處斬，家鄉妻女六人聞訊自殺。

地方官對於明朝的藩王宗室也是隨見隨捕，隨捕隨殺，只有一少部分幸運兒在順治末年、康熙年間被編入了八旗，不過都是小角色了 。