水垢碎片進入胃中會與鹽酸反應，釋放出鈣鎂離子和二氧化碳，前者是結石形成的必要物質。後者則會使人脹氣、難受，胃潰瘍病人還可能發生胃穿孔的危險。

水垢膠結時，也常常會附著大量重金屬離子，如果該容器用於盛裝飲用水，會有重金屬離子過多溶於飲水的風險。

水垢如果附著在熱力裝置受熱面上時都將危及熱力裝置的安全、經濟執行。因為水垢的導熱性很差，妨礙傳熱。使爐管從火焰側吸收的熱量不能很好地傳遞給水，爐管冷卻受到影響，這樣壁溫升高，造成爐管鼓包，引起爆管。

水垢導熱性很差，會導致受熱面傳熱情況惡化，從而浪費燃料或電力。

肯定有危害，危害一般有下邊幾種情況。

危害如下：

1、水垢對人體健康影響絕對不容忽視，水垢容易造成腸胃消化和吸收功能紊亂及便秘，使胃炎及各類結石的發病率提高。牙垢、牙周炎經常由水垢引起;可致人死命。至今仍無疫苗可預防的軍團病菌，就藏匿在水垢中。

2、並且水垢不溶於水只是相對的，水加熱後便有部分沉澱會溶解，這會把形成沉澱的重金屬離子重新帶入水中，使水中的重金屬離子的含量超過衛生標準的要求，危害人體健康，如碳酸鈣、碳酸鎂在人體內大量沉積易形成結石。

3、當用有水垢器皿改盛酸梅湯、啤酒等酸性液體時，沉澱於水垢中的一些重金屬元素會發生化學反應，重新溶解在水或其他液體中，當人民長期小量的攝入體內，可引起人體消化、神經、呼吸和造血系統的病變和功能障礙，對人體健康造成嚴重的傷害。所以千萬不能小瞧這種水垢。

4、懸浮在水中的水垢被飲用後，將在體內沉澱，容易導致腎結石、尿道結石等疾病的發病率升高。

5、水垢是牙垢、牙周炎這些常見的口腔疾病真正的罪魁禍首，多次不能治癒口腔疾病不妨從清除水垢開始。