1、千手柱間和宇智波斑的終結之戰後，宇智波族實際上開始對於千手一族獨霸木葉村產生很多不滿，畢竟當初是聯合建立木葉的。

然後有部分宇智波族人開始爭奪村內重要職務，一方面想瓦解千手一家獨大的局面，也是覬覦火影之位。這導致村子對宇智波喪失信任，隔閡與日俱增。

2、千手扉間為了解決宇智波叛亂的隱患，又不能趕盡殺絕，才成立木葉警務部隊，讓宇智波族人擔任重要職務，一是表達對宇智波的信任，二是監視宇智波的一舉一動。

之後宇智波族在木葉的名望、權利達到頂峰。但是以鼬和佐助父親為首的宇智波族人依然對木葉不滿。

3、在九尾在木葉肆虐之時，木葉高層怕宇智波乘機謀反，所以宇智波一族都沒被安排在第一線和九尾戰鬥，也因此對木葉失去信心，同時也被他們所懲治的人憎恨，處境尷尬的宇智波一族想透過奪取政權而發動內戰。

4、木葉高層和宇智波一族的辦法都是由宇智波鼬打入敵人內部，導致鼬成了雙重間諜，鼬的父親讓他觀察木葉高層並收集情報（同時讓宇智波止水監視鼬，最後止水將一切告訴鼬），而木葉高層則讓鼬去觀察宇智波。

猿飛日斬主張談話解決而不動用武力，志村團藏試圖用武力解決。

最終宇智波在南賀神社準備發動叛亂，鼬把情況彙報給木葉高層。

1、志村團藏獨自找鼬，拿佐助的命威脅鼬。

2、鼬本身對於宇智波一族的做法一直不認同，但是無力改變，而鼬寧願深處黑暗，也要維護木葉的和平，為了心中的那份大義，寧願捨棄族人。

所以鼬答應團藏滅族，並找到人宇智波帶土（面具人）協助，當然前提是不能對村子、對佐助動手。

在滅族後，鼬威脅志村團藏不能對佐助下手，否則就將所有情報賣給他國。

另外一方面，鼬又找到日斬談話，對日斬道歉說族人不領情，日斬卻認為是自己太天真，才沒能阻止悲劇發生，另外向鼬保證佐助的生活成長，最終，鼬為了阻止宇智波帶土對木葉動手而加入“曉組織”。

至此，宇智波滅族事件結束。

宇智波一族為什麼要叛亂，在最後黑絕有說過，他們是轉世之子，黑絕早已經把寫輪眼的秘密給串改了，導致最後演變成班和柱間的對和平的理念不一樣，班的理念很極端（和平的最終結果就是征服其他忍村完成統一，說白就是用力量絕對政府對手），他不與任何忍村結盟～可柱間不是，他是希望和平就是大家不要再打仗了，別在生靈塗炭了，與村子聯盟～當時大家都打累了也打怕了，包括宇智波一族自己都不想了～其實班感覺大家都不理解他，而且宇智波一族背叛了他，這是埋下的禍根之一，第二個禍根是二代斐間造成的(二代什麼都好，就是處理這件事很不好，要不就沒有這些事了哈)，採用所謂的隔離疏遠監視政策，所謂成為警衛隊就是圈在一起好監視罷了，而且但是其他族群排斥他們，再加上好多的族群來投奔火影村，就更加疏遠宇智波了，宇智波牛b人物班跟柱間死了，沒有讓宇智波一族的人當下一代火影，因為就是柱間和班握手言和才建立的火影村的～其實這時宇智波一族有些蠢蠢欲動了。到了三代那裡，止水是個很矛盾的人，鼬是個已經人為自己就是火影村的人了（那現在的話說叫第一認同感），加上宇智波一族密謀叛亂，再加上團藏要挾鼬，鼬為了大義和帶土滅了自己的族群～只留下佐助了～又加入曉，都是為了他弟弟和村子～又惋惜又悲情又偉大的哥哥！！！

你們看過漫畫嗎，你們能不能不瞎逼逼啊。我來說幾條，第一宇智波一族很強，很強，很強。第二在當時的社會也是沒有辦法。第三鼬用的方法不能全隊。宇智波就是因為太強才被滅族。首先是班和初代最後大戰全死了，班離開了木夜。初代的死是對千手一族的打擊很大。還有就是當時班控制著9尾，9尾在大站之後沒有訊息了，然後就是著名的9尾大鬧木葉。宇智波就是在這被獨立了，寫輪眼能控制9尾這所有人全知道，在與9尾大戰中宇智波一族沒有上戰場，許多人都懷疑是不是宇智波一族搞的鬼。這樣木葉的人全站在宇智波的對立面。然後就是滅族，佐助與團藏對話中就懷疑鼬一個人根本就滅不了一個族，他哥哥就是一顆棋子。團藏就是這背後的黑手。我認為鼬是被為保護弟弟留下一點血脈，為條件戰出來接受了滅族的明分。還有一點就是宇智波太強，曾經與千手一族齊名的宇智波。就單憑寫輪眼一對一就沒有機會。至於千手怎麼和宇智波抗衡暗本到現在也沒有填這個坑。我現在就問一下大家覺的綱手VS鼬誰會贏。所以宇智波太強，強的沒有辦法去控制。一山不容二虎，兩虎相爭必有一死。說白了宇智波一族就是權力的犧牲品。

孟子曰：生亦我所欲，所欲有甚於生者，故不為苟得也；死亦我所惡，所惡有甚於死者，故患有所不闢也。

鼬在做出滅族的決策前，必然經過了痛苦地權衡。這種權衡包括：家人、族人、村子乃至世界和平。他的選項有三條：站在三代一邊親手滅族；站在父親一邊參與叛亂；兩不相幫離家出走。

當時的宇智波一族族長，也就是鼬和佐助的父親宇智波富嶽曾經參與過競爭四代火影，也算是三代一下木葉村實力第一梯隊的人，是當時離火影位置較近的人之一。但是比起競爭對手水門、大蛇丸和團藏，富嶽不佔任何優勢。不僅實力估計是四人中最弱，連智力、勢力都可能是排名最末。至於TV版說他也有萬花筒寫輪眼，就當笑話看看得了，漫畫裡沒這段。

富嶽並沒有在競爭四代失敗後馬上造反，而是在四代陣亡後開始行動，除了因為木葉先後發生大蛇丸叛逃、自來也雲遊、綱手脫離和四代夫婦戰死導致實力大減之外，更因為三代情緣自己重新出山也不願讓富嶽做五代。富嶽對錶面寬厚仁慈的三代徹底失望，覺得宇智波一族將在冷板凳上坐到穿，於是決定鋌而走險。

富嶽敢於向三代叫板主要因為手裡有止水和鼬兩張王牌，並且主要依靠止水。止水的萬花筒能力是直接改變人的想法。而他“瞬身止水”的外號恐怕來源於他瞬身術一般的速度，個人猜測止水掌握了八門遁甲。如果止水乘三代不備，用瞬身術+別天神陰三代一下，讓三代在沒有察覺的情況下改變思想傳給為富嶽。但偏偏止水是一個寧願自殺也不願看到村子內戰的人。

事實上當止水自殺後，鼬就成了宇智波富嶽發動政變的唯一王牌。普通宇智波族人的優勢在於基礎戰力高，並且在戰鬥過程中有隨時升級的可能，潛力較大。三代那邊的戰力主要以暗部和成長期的卡卡西、凱、阿斯瑪、紅等上忍為主。卡卡西等人相比大蛇丸之亂時期要嫩一些，但三代也年輕幾歲。總體來說，三代這邊的戰鬥力與大蛇丸之亂時期持平。富嶽肯定指望用單兵質量彌補數量上的不足。

宇智波一族在村內村外沒有朋友，富嶽的叛亂必然規模不大，應當以秘密突襲斬首三代，迅速控制村子為作戰方式。但是失去止水後，僅憑沒有萬花筒的富嶽和剛開萬花筒的鼬是不能保證必勝三代的。一旦拖入持久戰，那麼木葉各家族援兵趕到，宇智波必敗。退一萬步，宇智波即使速勝三代，還要面對各族的反撲，和剛獲得止水眼的隱藏boss團藏。所以哪怕鼬加入叛亂，無論怎麼推演，宇智波都必敗無疑。

失敗後的宇智波要麼淪為階下囚，過著比“邊緣化”還不如的生活，要麼流亡外國，徹底成為喪家之犬。如此一來，鼬可愛的弟弟佐助的人生還麼開始就徹底跑偏了。

因此與其讓宇智波一族以亂臣賊子的身份消失在歷史舞臺上，還不如只有自己一人背上弒親滅族的惡名，保全家族的名聲，並且給弟弟留下一線生機。

和平是要付出代價的！！現實中一戰二戰死了多少人，多少家族，毀滅了多少國家，對於家族來說可能鼬要揹負弒親滅族的罵名，但是對於整個忍者世界來說確實大義之舉！！他挽救了多少人，多少家族，多少國家！！就是其父母死前也沒有怨恨他，其他人又有何理由去說三道四，只能說這些人是自私自利的狹隘之徒！！

要知道宇智波和千手兩族都是強族，千手出了兩任火影，而且二代的政策讓宇智波很反感，這就讓一部分宇智波人不滿，於是宇智波想奪權，控制村子，重現輝煌。

至於鼬為什麼叛變，這個動漫裡已經解釋得很明確了——第一"，以一人的恥辱保全宇智波之名，如果鼬不是叛忍，那麼宇智波就是叛族了，所以犧牲自己。第二，可以為宇智波留下火種，就是自己和弟弟，如果是宇智波公開叛變，一定會被盡數屠殺的。