不定時工作制，是指因工作性質、特點或工作職責的限制，無法按標準工作時間衡量或是需要機動作業的職工所採用的，勞動者每一工作日沒有固定的上下班時間限制的工作時間制度。

所以，貴司的不成文規定，不定時工作制的員工，每天8點半上班，5點下班，這種規定，實際上是違背了不定時工作制的本質特徵。

司法實務中普遍認為，不定時工作制，從原理上來說，不存在著遲到的問題，所以，單位如對實行不定時工作制的員工予以遲到懲處，本身違紀事實就不成立，故在此基礎上做出的警告或違紀辭退，被支援的機率微乎其微。

這個要跟部門經理商議好，不定時工時制應該是提前通知的吧，而且在應聘期間公司應該跟你有過說明，那麼遲到是公司與員工一個約束！

你的問題本身就自相矛盾。

不定時工作制體現的就是上班沒有固定的時間，所以根本就沒有遲到一說。如果對不定時工作制的員工採用遲到處理，那就是與你實行不定時工時制度自相矛盾了。其實，不定時工作的員工只要把任務完成了，就沒有什麼錯的。

所以，你想對不定時工時制的員工以多次遲到而辭退人家，法律上是說不過去的，容易發生勞動糾紛。

如果員工確實因為公司實行不定時工時制而故意少上班，你想因此辭退他，可以採取如下措施：

一、從工作任務入手，如果在這樣的工時制度下面員工沒有完成工作任務，且多次不能完成公司交辦的工作，那麼就可以辭退，但不是以遲到理由辭退，而是以無法完成工作任務給公司造成損失而依法辭退。

二、取消不定時工時制，實行標準工時制，超出時間算加班。這樣做，如果員工多次遲到，就屬於違反公司制度，可以做辭退處理。

總之，你在操作的時候要注意不要違法法規，不然容易起糾紛，而且往往會對公司不利，但並非就沒有辦法解決。

個人建議：先找員工談話，說明公司的要求，指出員工不合理的地方，儘量讓他改正就可以了，因為員工是聰明人，點他一下一般會收斂的，問題也就可以解決。