據史料記載，宋仁宗慶曆三年（1043年），兼任曲阜知縣的孔子第四十六代孫、文宣公孔宗願始對尼山孔廟進行擴建，“作新宮廟，有殿、有寢、有講堂、有學舍、有祭田。”此時的尼山孔廟已基本具備了祭祀和教學的雙重功能，使其形成一組廟學合一的建築群。宋代的書院教育在孝宗和光宗時期有一定的特色。但在南宋後期受到中央政府直接控制之後，書院和其他官辦學校已經沒有多少區別。所以，尼山孔廟除祭祀孔子外，其辦學情況受時代的影響，估計不會有多麼大的貢獻。
元代，朝廷繼承了南宋後期的教育政策，把書院列入全國官辦學校系統，從景定元年（1260年）起，中央政府向每個州派出一名書院山長。祭祀式書院通常都設有專門主持人，稱山長，又稱院長、洞主、教授等，其承擔的職責是書院教學、行政管理的總主持人。政府規定擔任這個職務的必須是正式透過科舉考試或從太學畢業的官員。由於朝廷向各州派出山長，州級書院就成了官辦地方教育的法定組成部分，書院和州學的教育也沒有太大的差別。
元初，尼山孔廟幾近衰敗。元至順三年（1332年），五十四代衍聖公孔思晦等重修孔廟。元順帝至元二年（1336年），中書左丞王懋德奏請在尼山建立書院。並保舉彭璠為山長，獲准。彭璠上任後不久的元至元四年（1338年），由廉訪僉事楊訥等捐資，彭璠以私銀祭告山神後，開始大規模在尼山孔廟內講堂和學宮的舊址上重建尼山書院。“作大成殿、大成門、神廚，作明倫堂、東齋、西齋、東塾、西塾，作毓聖侯廟，作觀川亭”，“學堂在廟之西，仿國子監之制也”。據元人虞集在《尼山建立書院記》中記載：修建此書院時，“凡齊魯之境賢卿大夫，民之好事者，出錢而勸成之。釋木于山，陶甓於野，庸僦致遠，牽牛車，服力役，連畛載途，飲餉相望。”此時尼山孔廟已公開稱為尼山書院，使這組建築群完全具備了祭祀和教育兩種功能，成為真正意義上的廟學合一。
明代，統治者對儒家思想達到了前所未有的尊崇，尼山孔廟及書院的發展也上升到一個新的階段。明洪武十年（1377年）即對尼山孔廟及書院進行了重修。明永樂十五年（1417年），孔子五十九代孫衍聖公孔彥縉等又對尼山孔廟及書院發起重修。明弘治七年（1494年），六十一代衍聖公孔弘泰、四氏學學錄孔公璜又用修建孔廟的餘資修建尼山書院。萬曆十七年（1589年）再次重修。有明一代，尼山建築群的保護與管理得到了各方面的重視，孔廟祭祀空前繁盛，書院教育得到進一步發展，書院管理日臻完善。此時的尼山書院更多地承載著祭祀功能，但仍被稱大多史料稱為尼山書院。
清朝掀起了新一輪的尊孔高潮。雍正十一年（1733年）開始建立全國的官辦書院系統，把書院教育作為國家正統教育體系的組成部分。到十九世紀後半葉，清朝嚴重腐敗，府州縣學普遍停止教學，書院更成為落後的傳統教育在全國各地的最後堡壘。這時的尼山書院已基本上不再以辦學為目的，其祭祀功能得到了進一步加強。康熙十四年（1675年），孔子六十七代孫孔毓圻重修尼山孔廟及書院，並易土牆壁為磚石牆。清康熙十三年（1674年）、雍正二年（1724年）、乾隆二十年（1755年）先後三次對尼山建築群進行重修。據《曲阜縣志》乾隆本記載，乾隆年間的這次維修，建築規模和佈局與現在基本相同。清道光二十六年（1846年），七十四代衍聖公孔繁灝奏請朝庭，大規模重修，增建欞星門、神庖廚、坤靈洞、碑亭、北門和尼山書院等建築，至道光二十九年竣工，形成現在規模。此時尼山孔廟和尼山書院的建築、互稱區分開來，廟後所建四合院式建築獨稱尼山書院。但尼山書院只是用來作為尼山建築群管理者的住所，其作為書院的教育功能只具有一定的象徵意義。書院山長的主要職責只是主持尼山孔廟的祭祀活動。
清代以後的1924年，香港商人郭禎祥捐銀四萬元重修尼山孔廟。1925年，孔子七十七代孫孔德成再度重修尼山孔廟。歷史上對尼山孔廟及書院的零星記載都是十分珍貴確切的。尼山做為誕生過至聖先師的一片聖土，這兒既是孔廟，也是書院。它們既發揮了祭祀的功能，也起到了利用儒家文化開展社會教育的作用。儘管尼山書院已失去其原有的意義，但尼山孔廟及書院不愧是中國古代教育事業中廟學合一的珍貴遺產。
據史料記載，宋仁宗慶曆三年（1043年），兼任曲阜知縣的孔子第四十六代孫、文宣公孔宗願始對尼山孔廟進行擴建，“作新宮廟，有殿、有寢、有講堂、有學舍、有祭田。”此時的尼山孔廟已基本具備了祭祀和教學的雙重功能，使其形成一組廟學合一的建築群。宋代的書院教育在孝宗和光宗時期有一定的特色。但在南宋後期受到中央政府直接控制之後，書院和其他官辦學校已經沒有多少區別。所以，尼山孔廟除祭祀孔子外，其辦學情況受時代的影響，估計不會有多麼大的貢獻。
元代，朝廷繼承了南宋後期的教育政策，把書院列入全國官辦學校系統，從景定元年（1260年）起，中央政府向每個州派出一名書院山長。祭祀式書院通常都設有專門主持人，稱山長，又稱院長、洞主、教授等，其承擔的職責是書院教學、行政管理的總主持人。政府規定擔任這個職務的必須是正式透過科舉考試或從太學畢業的官員。由於朝廷向各州派出山長，州級書院就成了官辦地方教育的法定組成部分，書院和州學的教育也沒有太大的差別。
元初，尼山孔廟幾近衰敗。元至順三年（1332年），五十四代衍聖公孔思晦等重修孔廟。元順帝至元二年（1336年），中書左丞王懋德奏請在尼山建立書院。並保舉彭璠為山長，獲准。彭璠上任後不久的元至元四年（1338年），由廉訪僉事楊訥等捐資，彭璠以私銀祭告山神後，開始大規模在尼山孔廟內講堂和學宮的舊址上重建尼山書院。“作大成殿、大成門、神廚，作明倫堂、東齋、西齋、東塾、西塾，作毓聖侯廟，作觀川亭”，“學堂在廟之西，仿國子監之制也”。據元人虞集在《尼山建立書院記》中記載：修建此書院時，“凡齊魯之境賢卿大夫，民之好事者，出錢而勸成之。釋木于山，陶甓於野，庸僦致遠，牽牛車，服力役，連畛載途，飲餉相望。”此時尼山孔廟已公開稱為尼山書院，使這組建築群完全具備了祭祀和教育兩種功能，成為真正意義上的廟學合一。
明代，統治者對儒家思想達到了前所未有的尊崇，尼山孔廟及書院的發展也上升到一個新的階段。明洪武十年（1377年）即對尼山孔廟及書院進行了重修。明永樂十五年（1417年），孔子五十九代孫衍聖公孔彥縉等又對尼山孔廟及書院發起重修。明弘治七年（1494年），六十一代衍聖公孔弘泰、四氏學學錄孔公璜又用修建孔廟的餘資修建尼山書院。萬曆十七年（1589年）再次重修。有明一代，尼山建築群的保護與管理得到了各方面的重視，孔廟祭祀空前繁盛，書院教育得到進一步發展，書院管理日臻完善。此時的尼山書院更多地承載著祭祀功能，但仍被稱大多史料稱為尼山書院。
清朝掀起了新一輪的尊孔高潮。雍正十一年（1733年）開始建立全國的官辦書院系統，把書院教育作為國家正統教育體系的組成部分。到十九世紀後半葉，清朝嚴重腐敗，府州縣學普遍停止教學，書院更成為落後的傳統教育在全國各地的最後堡壘。這時的尼山書院已基本上不再以辦學為目的，其祭祀功能得到了進一步加強。康熙十四年（1675年），孔子六十七代孫孔毓圻重修尼山孔廟及書院，並易土牆壁為磚石牆。清康熙十三年（1674年）、雍正二年（1724年）、乾隆二十年（1755年）先後三次對尼山建築群進行重修。據《曲阜縣志》乾隆本記載，乾隆年間的這次維修，建築規模和佈局與現在基本相同。清道光二十六年（1846年），七十四代衍聖公孔繁灝奏請朝庭，大規模重修，增建欞星門、神庖廚、坤靈洞、碑亭、北門和尼山書院等建築，至道光二十九年竣工，形成現在規模。此時尼山孔廟和尼山書院的建築、互稱區分開來，廟後所建四合院式建築獨稱尼山書院。但尼山書院只是用來作為尼山建築群管理者的住所，其作為書院的教育功能只具有一定的象徵意義。書院山長的主要職責只是主持尼山孔廟的祭祀活動。
清代以後的1924年，香港商人郭禎祥捐銀四萬元重修尼山孔廟。1925年，孔子七十七代孫孔德成再度重修尼山孔廟。歷史上對尼山孔廟及書院的零星記載都是十分珍貴確切的。尼山做為誕生過至聖先師的一片聖土，這兒既是孔廟，也是書院。它們既發揮了祭祀的功能，也起到了利用儒家文化開展社會教育的作用。儘管尼山書院已失去其原有的意義，但尼山孔廟及書院不愧是中國古代教育事業中廟學合一的珍貴遺產。