題主的問題有點侷限。明末到清初需要考慮的內容有這樣三個 氣候，人口，糧食作物。

明末存在的問題，氣候進入小冰川，糧食減產(西方高產作物進入中國但並未普及)，而之前的和平發展積累了大量的人口，人口和資源的矛盾達到極致。與此同時，明帝國內部各種人禍不斷，社會各階層，團體之間矛盾激化，而後產生後金(清)在邊境直接武裝割據甚至不斷蠶食明帝國版圖，明帝國內部農民因為各種複雜原因開始叛亂，並不斷的威脅其他地區。

這時，需要注意這些。

1.國內的土地割據使得大量土地歸個人所有，這些人相當程度上與國家機器，普通民眾存在利益衝突甚至存在武裝對抗，國家無法有效的從這些人手裡有效的利用土地，完成宏觀上的糧食調撥(例如賑濟災民和調撥軍糧解決農民叛軍和後金的邊境威脅)。普通農民也因為土地存在與土地主的剝削關係，更有甚者因為嚴酷的剝削走向反叛中央王朝的道路。而且部分土地擁有者在朝廷具有一定的勢力，干涉朝政，並且中飽私囊。

2.農民軍所具有的破壞性。不管是什麼樣的農民，當蛻變為反叛者的時候其殘忍性和破壞性是巨大的。他們會干擾甚至中斷中央王朝的基層和中層的管理體系，不斷使原有的具有生產能力的地區停止生產，不斷的毀滅一個又一個的地區，使其農業生產停滯，農業人口或者其他人口轉變成屍體，逃難者，流寇。這一切會加重人和土地的矛盾，會加劇明帝國的社會生產的困難境地，也會損失大量的人口，同時，即便是有政府有規模組織的新型糧食作物普及活動也會被中斷，要是氣候異常，情況會更糟。

3.與後金(清)的持續作戰中，人口，糧食，土地，資金被大量消耗，中央王朝和前線軍隊之間的矛盾和衝突時有發生，地方政府和前線軍隊之間的利益衝突也時有發生，前線軍隊叛變，被殲滅，由於後方猜疑和詆譭被調換一線指揮官的情況變的頻繁。

清初。連年戰亂，人口銳減，新的統治者的軍隊以反覆屠殺的形式完成抵抗激烈地區的征服任務。前朝的財政，糧食等成果被新的統治者慢慢消化並逐步推廣。

這時，存在這些情況。

1.戰亂逐漸平息，很多的戰爭人口逐漸轉變為其他型別的人口，這些人口提供了高產作物普及的可能性與便利性。戰亂的平息也為重回農業生產的人口提供了良好的環境，來適應和最佳化高產作物，和平的環境和逐步擴大的農業生產地區為抵禦小範圍或者一定範圍的氣候異常提供可能。

2.出於維護統治的必要，最佳化政府組織形式，在立國前期調整政府機構，強化農業生產，調整人口分佈等手段有效的提高利用率，來逐步恢復甚至提高農作物產量。

3.銳減的人口使得土地生產力的低下被極大的忽略掉，人少了，吃的少了，土地生產的少了也就不重要了。人多的時候，土地還生產的少，，不出事可能嗎？

綜上。並沒有說小冰河期結束，而是隨著整個氣候，人口，作物這些主要因素的變化以及其他因素的影響下，小冰河期所造成的影響減少(或者消失)，而且這個氣候變化與清軍入關沒直接關係。具體的題主的這種感覺的產生原因分析如上，希望說的不是很難懂。