有很多原因，很大原因是清朝前期還未真正定鼎中原，而西域說白了就是條血路，軍隊開出的商路，超遠距離的補給也是不可能的。當真正天下穩定，統一全國的時候，歐洲的大航海時代也崛起了，驚人的利潤也促進了走私，特別是盛產絲綢的蜀地和江南，尤其猖獗。最關鍵致命的問題是，自乾隆時期滿清政府沉醉在一種盛世的假象中，兵強馬壯，錢又花不完（滿清時期的賦稅還是較高的），軍隊一方面又要防備國內的造反，不管有沒有，畢竟元朝幾十年而亡是個好前科，無法對西域做出強有力的控制，曾國藩時期才真正併入清朝國土。

我覺得主要問題在於三點：

1、留給清朝經略西域的時間太短。

清朝打垮準噶爾，重據西域的時間是乾隆年間。此時從宏觀上來講，清朝已“日中則昃,月盈則虧”，該走下坡路了。而西域自唐末脫離中土，已有將近1000年。有無數個政權佔領過這裡，去了又來，中土政權要在這裡重新建立合法性，建立自上而下的政治統治，逐步推行改土歸流，是需要很長時間作為緩衝的。而在重據西域沒多少年，大清朝就遇到了鴉片戰爭、太平天國、捻軍、同治回亂等一系列debuff，兵力、財力、行政關注力全部放在了這些事情上，自然也就無暇在西域建立有效統治。

左公抬棺西征，第二次平定西域後立馬啟動了建省工作。老實說這個效率並不低。可惜剛建省沒多少年，又遇到了辛亥革命，此後天下大亂。西域在混亂多年後，被新中國接手。其實清朝的兩次平定西域和一野進疆，算是三段式的接力賽吧。新中國接手以後也實行屯田，改土歸流，行的是當年先人們的未竟之業。

2、清朝時西域周邊的國際環境越來越複雜。

民族國家興起，全球經濟建立，英國從南邊過來了，俄國從北邊過來了，這些都不是清朝能對付得了的，彼既有軍事優勢，更有經濟和文化優勢，非當年擊敗過的匈奴、突厥可比。此外陝甘兩地在經過回亂殺戮後，已成焦土，無力承擔進軍西域的主要成本，導致清朝的重要戰略戰術行為、兵源補充、物資調配，都要消耗大量額外成本，後來能在西域做到固守自保，已經很不容易了。這也要再次感謝左宗棠，其陳兵數萬，欲與沙俄決一死戰的態度，很大程度上保衛了西域平安。

3、當時陸權衰微，海權興盛，絲綢之路已不是世界經濟主動脈。

海洋承擔了絕大多數的經濟流通任務。世界各地的物產、人口、市場，透過海洋連結成一個整體，海洋也是世界各主要強國投放兵力、攫取利益的主通道。絲綢之路沿線的國家，幾乎都是陸權國，本身都不富裕，相互之間又沒有形成通暢的貿易鏈；民眾貧窮愚昧，沒有購買力；多閉關鎖國，商業環境沒有建立起來；沿線國的主權多不完整，多淪為半封建半殖民地......當然，短途的商貿還是存在的，比如新疆到俄國、中亞、印度的短途貿易線路一直存在，但不是經濟的主要增長點，同時太容易被戰爭、騷亂所中斷。

實際上，本問題顯然受到了傳統“絲綢之路”史觀的影響，持該觀點的人普遍認為：16世紀後，隨著新航路的開闢，橫跨歐亞大陸東西的陸路貿易逐漸蕭條，最終讓位於運輸成本低廉的海陸貿易。

近些年，伴隨中央歐亞（Central Eurasia）研究的發展和深入，這個曾經佔據主導地位的學術觀點正在得到挑戰和修正。

首先，16世紀以後歐亞大陸存在多個伊斯蘭教的強大政權，蘇菲派（sufi）的網路遍佈於各地，來自中亞布哈拉、喀什噶爾、希瓦、浩罕的商人、香客等能夠藉此遊歷各地，甚至遠及奧斯曼帝國的伊斯坦布林和博斯布魯斯海峽。值得一提的是，清朝正是透過這種聯絡與奧斯曼帝中國產生知識、物質的交流，清朝官方稱奧斯曼帝國為“控噶爾”（Khungghar）。

其次，儘管東西的長途運輸貿易受到衝擊，但是中亞的區域性貿易伴隨清朝的軍事擴張得到蓬勃發展。事實上，新的研究成果揭示清朝統治新疆的根本在於其與新疆伯克的商業和政治合作，而這種合作促進了白銀和內地商品的流入，並最終改變了新疆社會的風貌。這裡僅舉一例。18世紀中後期的清朝新疆官員七十一（Cišii）在 《西域聞見錄》 中寫道：

兩廣、福建之物，往往有之，或重販至葉爾羌，轉入中國矣。哈什噶爾回子，買得漳絨一端，上有天順字號，固閩貨也。

這段史料表明，廣東、福建的商品被運銷到印度後，再經由中亞穆斯林商人之手販賣到新疆。清朝的軍事擴張以及隨後的統治是促進而非中斷地區與世界的經濟交流。

最後，我們需要準確評估18世紀後新疆依靠刺激地方產品生產的經濟模式與此前透過長途商貿運輸維持的絲綢之路貿易的差異性。

個人以為原因是多方面的：

首先清朝時代的華夏早已沒漢唐時期那樣軍力鼎盛經濟富庶文化昌盛，此時世界的中心已然轉移到歐洲，包括中國在內的絲路沿線的亞洲各鄰國無一例外都正處於國力衰敗的時期。

此時縱橫世界的歐美列強更傾向於利用海洋向全世界擴張，清朝的絲綢之路僅僅只能和中亞幾個藩屬國進行朝貢貿易，再不能像漢唐時期那樣透過這條道路將自己的影響了輻射到西亞乃至歐洲。

清政府閉關鎖國的國策限制了民間商業往來，這時的中國商人誰還會像漢唐時期那樣不遠萬里去遙遠異邦經商呢？就連號稱當時的中國首富的伍秉鑑也在朝廷對民間商人的歧視下發出“寧為一條狗，不為行商首”的哀嘆。八股文、文字獄又使中國文人喪失了基本的氣節，漢唐的邊塞詩人都是文能提筆安天下，武能縱馬赴國難。清朝的文人士子們終日吟風弄月醉心科舉，誰還會不遠萬里去邊塞保家衛國建功立業呢？所以在清朝我們再也見不到描寫絲綢之路上的貿易和戰爭的邊塞詩了。