漢武帝將天下分為十三州，每州派刺史進行監察。但是，京師附近的河南、河內、左馮翊、右扶風、京兆、河東、弘農七郡，不派刺史，而是由司隸校尉負責監察。州刺史的俸祿六百石，而司隸校尉的俸祿是二千石，可見司隸校尉的職責與刺史相當，但是由於其監察的地區是京師重地，所以地位遠遠高於刺史。

漢朝的監察機構，以御史大夫為首。各州刺史，都是御史大夫派出的屬官，司隸校尉也不例外。然而，御史大夫的俸祿，也不過是二千石。御史大夫的左右手——御史中丞，俸祿一千石。這就意味著，在整個監察機構內，司隸校尉的地位也是相當高的，幾乎可以和御史大夫平起平坐。之所以如此設定，主要是考慮到，司隸校尉監察的物件，包括大量的朝廷重臣、皇親國戚，非位高權重不可。

最早的時候，司隸校尉是持節的，也就是持有皇帝的符節。換一種通俗易懂的說法，司隸校尉是帶著尚方寶劍去上班的，其威嚴可想而知。漢元帝年間，侍中許章仗著皇帝寵愛，作奸犯科，無人敢管。司隸校尉諸葛豐持節捉拿許章，許章駕車逃跑，諸葛豐一直追到宮中。漢元帝因此而沒收了諸葛豐的符節。從那個時候開始，司隸校尉就沒有尚方寶劍了。

但是，司隸校尉的權力仍然很大。《漢書》記載：漢哀帝其間，孫寶任司隸校尉，漢哀帝的祖母傅太后命有關部門誣告當年的情敵馮太后，想要馮太后自殺。孫寶認為馮太后冤枉，請求複議——太后的事也要管，可見司隸校尉的手確實很長。而且這件事後，孫寶雖然被下獄，但不久又官復原職，司隸校尉的權威，得到了維護。至於司隸校尉彈劾政府官員，高至丞相，上至自己的頂頭上司御史大夫，諸如此類的記錄，《漢書》中就更多了。

東漢年間，司隸校尉的地位進一步上升。朝廷開會的時候，排名在九卿之上。漢光武帝時期，司隸校尉鮑永和屬下鮑恢剛正不阿，經常懲治不法的皇親國戚。皇親國戚跑去向漢光武帝哭訴，得到的答覆是：“你們還是趕緊收手，躲開二鮑吧！”

即便是東漢中後期，宦官和外戚權傾天下，司隸校尉也常有驚人之舉，對糾正官風民風，起到了一定的作用。如漢桓帝年間，宦官張讓專權。張讓的弟弟張朔貪婪殘暴，被司隸校尉李膺追殺，逃到張讓家裡，藏在夾牆之間。李膺毫不手軟，親自帶人到張讓家，砸破牆壁，將張朔抓走處死。自此之後，宦官們都小心翼翼，連休假都不敢出宮。漢桓帝覺得奇怪，問他們是怎麼回事，個個叩首痛痛哭：“好怕李校尉！”

所以，漢武帝設定司隸校尉，而且讓司隸校尉相對獨立於御史大夫，不受中央監察機構的控制，是非常明智的舉措。就算在今天看來，仍有可圈可點之處。

漢武帝晚期，丞相公孫賀為了給其子公孫敬聲贖罪，逮捕了京師大俠朱安世，不料朱安世也不是省油的燈，直接在獄中上書揭發公孫賀一家勾結諸邑公主，陽石公主埋木偶詛咒漢武帝的事，鑑於當時公孫賀是丞相，還牽連到皇室成員，漢武帝覺得御史大夫不便辦理此案，於是專門設定了司隸校尉一職專門辦理此案，一舉把當時的丞相公孫賀，將軍李廣利，諸邑公主，陽石公主送上斷頭臺。

司隸校尉不僅有監察權，還且還有逮捕權和懲治權，還可以糾皇太子，三公，一時威權無比，但是擔任的人卻沒多少背景，是歷代統治者以賤治貴的一種手段。後來也因權勢過大受到漢武帝的猜忌，在巫蠱之案後，被剝脫統帥徒兵的權力，但仍保留皇帝欽差使者的身份，充當皇帝耳目，具有糾察，彈劾百官的權力。

曹操、諸葛亮都是三國時代的權臣，權力比皇帝都大。兩人都擔任百官之首的丞相。除了這個要職外，他們還都擔任過另外一個重要職務——司隸校尉。司隸校尉是兩漢、三國時期最令人聞風喪膽的官職，它執掌司法大權，手握官員生死，堪稱是“活閻王”。這個職務類似於明代的東廠、錦衣衛，是個很有權力的暴力職務。曹操、諸葛亮都親自擔任此職務。這樣，他們就同時掌握了行政權、司法權，達到了獨攬大權。

司隸校尉本來就誕生於一個極度恐怖的時期，它在漢武帝晚年的巫蠱之禍時期被設定。這一時期，漢武帝受江充等人蠱惑，開始大力搜查巫蠱。包括丞相公孫賀、太僕公孫敬生、陽石公主、諸邑公主、衛青長子衛伉、太子劉據、皇后衛子夫、丞相劉屈氂等權貴都死於巫蠱之禍。全國範圍內死亡人數可能超過10萬人。在這麼一個極度恐怖時期，漢武帝專門設定司隸校尉一職務，以調查巫蠱一案。為了震懾各路權貴，漢武帝還為此職務配備了1500名兵員。司隸校尉在巫蠱之禍中，發揮了很大的作用。

由於司隸校尉權力過大，西漢後期開始逐漸限制它的權力。它的兵權被剝奪，權威下降了很多。但是到了東漢時期，它的職權又得到了擴大。在朝會時，司隸校尉與尚書令、御史中丞都有專席，被稱為“三獨坐”。司隸校尉負責監察京師地區的官員，同時它也可以監察中央高官。即使是三公，也經常被它彈劾，因此被百官忌憚。

東漢時期，外戚與宦官爭權。掌握監察權的司隸校尉在其中發揮了重大作用，很多權勢熏天的外戚、太監都死於它之手。比如著名外戚權臣梁冀（毒死過漢衝帝），就被司隸校尉張彪率軍包圍，被逼自殺。漢靈帝時期的酷吏陽球，上任司隸校尉沒幾天，就逮捕了大宦官王甫、太尉段熲。很快王甫父子就被虐待至死，而段熲則被逼自殺。其他宦官兔死狐悲，向漢靈帝進言，陽球因此被調職。陽球向漢靈帝求情，希望再給他一個月時間，他就可以殺盡天下奸臣。可惜他最後還是被調走了。陽球說他只需要一個月時間，就能殺盡奸臣，可見司隸校尉這個職務權力有多大。陽球所說也絲毫不誇張。漢靈帝去世後，袁紹出任司隸校尉，大力搜查、逮捕宦官黨羽，後來更是殺死了數千名宦官。從前到後，也就一個月左右。

由於司隸校尉權力過大，所以很多權臣都兼任此職。比如在董卓去世後，執掌朝政的權臣李傕，以及後來的曹操。蜀漢方面，在劉備稱帝后，司隸校尉由張飛兼任。此時關羽已死，劉備讓唯一的兄弟張飛來掌握對百官的監察、生殺大權。而在張飛死後，諸葛亮親自兼任此要職。這樣，諸葛亮就掌握了對百官的監察、逮捕、審判之權，實現了大權獨攬。

漢武帝設定司隸校尉，這個事情和公孫賀有關。

公孫賀是漢武帝晚期的丞相，他的妻子叫衛君孺，是衛子夫的姐姐，公孫賀之前是太僕，太僕也是九卿之一，後來公孫賀成為丞相，而太僕之位由公孫賀的兒子公孫敬聲接任。

公孫敬聲自己是太僕，而父親是丞相，他的親姨是皇后，他的姨夫是皇帝，公孫敬聲自然恃寵而驕，在長安城無法無天，他還挪用了北軍的一千九百萬錢，所以被抓。

公孫賀為了救自己的兒子，就向漢武帝請命，希望由他來抓捕當時的江洋大盜朱安世，用來替公孫敬聲贖罪。

公孫賀抓到了朱安世，而公孫敬聲放出來了，可是公孫賀的麻煩也就來了，朱安世就直接跟公孫賀說：丞相你要被夷族了。朱安世就向漢武帝上書，舉報了兩件事情。

第一件事情是公孫敬聲與漢武帝的女兒陽石公主私通，第二件事情是公孫敬聲在通往甘泉宮的道路上埋下了小木偶，對漢武帝行巫蠱之術，讓漢武帝生病。

當時漢宮裡面巫蠱盛行，漢武帝對這個巫蠱之術十分的厭惡，就準備大查特查，但是這個事情牽涉的人都比較重要，都是皇帝的親戚，御史大夫都不適合出手，所以漢武帝就專門設定了司隸校尉來負責。

司隸校尉持節，就相當於欽差大臣的身份了，而且漢武帝看很多列侯諸侯王不服，還專門給司隸校尉配了一千兩百人，而司錄校尉的職權範圍十分之大，除了皇太子和三公不查之外，其他的群臣，包括各郡國，都是他的監察範圍，而且還有逮捕權和處罰權。

巫蠱之後，漢武帝也覺得司隸校尉的權勢過重，就將一千兩百人收回，但仍有皇帝欽派使者的身份，改成督三輔（京兆尹，左馮翊，右扶風）地區，三河（河內，河東，河南）和弘農，這些地區就是長安城周邊，在朝會里面位置是在九卿之前的。

在東漢末年，三國時期，有擔任司隸校尉的有董卓，李傕，曹操，袁紹，張飛，諸葛亮，就可以知道這個位置在這個時期的重要性了。

司隸校尉是盛行於兩漢魏晉時期的重要官職，典型的位卑權重，品級僅和郡守相當，但是卻手握情報蒐集、監察百官、逮捕審訊等權力，手下有1200人的武裝力量，職權堪稱縮減版的錦衣衛指揮使。司隸校尉對於掌控京師和京師周邊地區起到重要作用，因此能擔任此職的必定是掌權者的親信或者權臣自己，比如袁紹、曹操、張飛、諸葛亮等耳熟能詳的人物都當過司隸校尉。

司隸校尉這個職位的出現牽扯到西漢漢武帝時期的一次重要事件“巫蠱之禍”。陽陵大俠朱安世犯罪遭到漢武帝通緝多年，徵和二年時被丞相公孫賀誘騙逮捕，而朱安世一方面是報復，另一方面也是為了保命，因此上書誣告丞相公孫賀勾結陽石公主等人以“巫蠱”之術暗害漢武帝。這個案件從一開始就牽扯到了丞相公孫賀，漢武帝女兒陽石公主、諸邑公主，已故的大司馬大將軍衛青的長子衛伉等人，背後更是直指皇后衛子夫和太子劉據，一大幫位高權重的皇親國戚涉案在當時西漢的司法體系中根本無人敢管，因此漢武帝設定了司隸校尉，讓自己的親信“持節”行皇命徹查“巫蠱案”。

司隸校尉最早就是漢武帝查“巫蠱案”的欽差大臣，但是作為一個新官手下無人可用，有皇命也管不了王公貴戚，所以漢武帝又派給司隸校尉一千二百名徒兵，讓司隸校尉能夠不受到朝臣掣肘，獨立抓捕審判任何人，樹立了司隸校尉的權威。可惜司隸校尉幾乎不受限制的權力成為了奸佞小人構陷太子的工具，丞相公孫賀沒經過任何司法程式就不明不白的死在獄中，諸邑公主、陽石公主、長平侯衛伉、李廣的孫子李禹等人被處死；在司隸校尉的嚴刑拷打下，越來越多的人牽扯到“巫蠱案”中，京師長安、三輔地區數萬人因此而死，最終太子劉據在憂懼中起兵反抗，兵敗自殺。

“巫蠱之禍”太子劉據死後，漢武帝也反應過來司隸校尉權力太大，因此收回了抓捕審判的權力，只剩監察、彈劾百官的權力，作為皇帝的耳目繼續存在。司隸校尉成為常設官職，權力雖然沒有以前大了，但只要皇帝寵信支援，依然威壓百官。

漢光武帝劉秀建立東漢的過程中受到了豪強地主的支援，形成了新的權貴階層，為了管制這些人加強了司隸校尉的權勢，在朝會的時候司隸校尉與尚書令、御史中丞並列；司隸校尉掌控遍佈京畿地區的武裝力量，獨立運作不受大將軍管轄；司隸校尉可以插手河南郡、河內郡、河東郡、弘農郡、京兆尹、左馮翊、右扶風等地方事務，可以做到自給自足；再加上耳目眾多，善於蒐集蒐羅朝野情報，司隸校尉成為政權中樞裡舉足輕重的角色。

在東漢外戚與宦官的鬥爭中，幾乎誰掌握了司隸校尉的力量誰就能獲得勝利。漢桓帝時，宦官單超等人就是利用司隸校尉手下的武裝力量突然包圍了外戚大將軍梁冀的府邸，將其一舉剷除；東漢末年，外戚何進任命袁紹為司隸校尉，何進雖然死了，但是袁紹卻一舉剷除了宦官勢力。後來漢室衰微，諸侯崛起，董卓、李傕、曹操等人把持朝政的時候都十分重視司隸校尉的作用，曹操甚至於長期自己擔任司隸校尉，就是劉備建立蜀漢後也在四川設定了司隸校尉。