生物鐘的調節靠催黑素，人一到晚上感到疲倦，大腦就會分泌催黑素，催黑素是大腦松果體分泌的一種物質，具有修復受損細胞DNA和促進睡眠的功效，因為也能夠使黑色素髮光，故叫催黑素，若果長時間晚睡，形成習慣，大腦就會推遲催黑素的分泌時間，所以經常熬夜的人通常要到深夜才睡得著，如果坐飛機跨越時區，雖然當地已經是黑夜，但是大腦還沒有形成習慣，分泌催黑素，所以通常睡不著，要等到過一段時間才行，早上醒來那是因為雖然閉上眼睛，但還是能夠感受到光線，刺激大腦，所以就自然醒來了。

要回答這個問題，必須要知道生物鐘是什麼，其實簡單化的理解生物鐘就是行為習慣+自然規律。

行為習慣：比如你從小有早上六點起床的習慣，晚上九點多睡覺（誠然這個習慣是被爸媽訓練過來的），到了大學，你會發現再也沒有人對你的作息時間強制管理，剛開始你還會延續之前的習慣，慢慢的晚上舍友都不睡覺聊天，看影片，打電話等等，你沒辦法按照以前的作息時間進行休息，一直到午夜十二點，終於都安靜下來了該睡了，到了早上自然而然六點變成了八點九點甚至十二點起床。慢慢的早睡早起的良好作息習慣變成了晚睡晚起的不良習慣生物鐘因此也改變了。而這個作息時間的改變就是導致生物鐘改變的一個原因。

自然規律：比如人白天工作，晚上休息這是一個普遍的規律，但是就像有些人要加夜班和自己的精神意志鬥爭，天黑了，視覺神經不那麼活躍，機體慢慢鬆懈下來準備休息，大腦神經也沒有那麼活躍這其實是一個非常難受的過程，個人意識和整個身體機制鬥爭。那麼白天就要補覺，可是白天日光存在會刺激人體視覺中樞，而人體大部分機體是早就甦醒準備好了要工作，而不是睡覺。這就是一般黑白顛倒工作的人為什麼老是休息不好的原因。

環境亮度：看電視劇的人都經常看到過明星白天晚起床大多會戴上眼罩，其實這就是降低環境亮度，欺騙視覺神經，在一個相對安靜的環境下進行相對高效的睡眠，同樣有一個相對遮陽的窗簾也是一個不錯的選擇。

還有環境的噪音：當環境中的噪音以某種頻率透過聽覺中樞刺激大腦的同時，大腦也會用同樣頻率的活動來回應這種刺激，有的時候會引導人的夢境，甚至將人從睡夢中驚醒。