首先，康熙很淡定，他清楚吳三桂並不得民心。對當時的百姓來說，滿清雖然是外敵入侵，但相對於吳三桂這個叛徒奸賊相比，還是吳三桂更加可恨。果不其然，吳三桂等起兵以“反清復明”為藉口，根本沒人理會。

他首先堅決打擊吳三桂，而對其他的反叛者卻實行招撫，透過分化力量而孤立吳三桂。軍事上僅以湖南為進攻的重點，同時能夠充分信任漢將，這樣就鼓舞了朝廷軍隊計程車氣。

面對來勢洶洶的三藩之亂，康熙能夠平靜淡然的迅速平叛，也足以看出他的政治軍事手段。

清朝入關定鼎中原後，經歷過兩次大規模的全國戰爭，分別是“三藩之亂”和“太平天國運動”，一個鞏固了清朝的統治，一個動搖了清朝的根基。

康熙十二年（1637年），康熙皇帝做出撤藩地決定，同年11月吳三桂殺雲南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，提出“興明討虜”。由於打著反清復明的旗號，一時間各地紛紛相應，吳三桂的軍隊更是勢如破竹，連下四川，湖南等地，巔峰時期佔據西南半壁江山。

初期

這時候的康熙非常頭疼，三藩地叛亂帶帶動了各地很多反清復明的起義，三藩之亂初期形勢對清廷十分不利，康熙皇帝曾想御駕親征，但被大臣阻攔。

勢如破竹的吳三桂卻卻在攻下湖南大部分地區後，停止了北上的步伐，開始沿江佈防，抵禦清軍。

而此時清朝的後方又出現了問題，蒙古部察哈爾王舉兵造反，無異於火上澆油，但是康熙帝沉著應對，聽取太皇太后的意見，命圖海帶領滿清家奴出戰，僅用兩個月就平定叛亂，徹底穩定了自己的大後方。

中期

康熙皇帝採取各個擊破的方式

吳三桂佈防湖南後，和清朝在嶽州展開大戰，史稱”嶽州之戰“，此戰歷時六年，是一場關乎生死存亡的戰鬥。

就在清軍和吳三桂相持之時，吳三桂舊將王輔臣在平涼被擊敗，這一戰開始形勢開始向有利於清軍發展。不久後耿精忠，倉促撤兵請降。尚之信也相繼投降，至此清軍可以集中兵力全力會戰吳三桂。

後期

雖然在消滅王輔臣和其他藩王勢力之後，清朝已經佔據了戰場的主動性，但是總體看來仍與吳三桂處於僵持階段。

隨著1678年吳三桂病逝，叛軍突然群龍無首，清軍於是展開全面攻擊，擊潰吳三桂。相繼收復湖南，四川、廣西、貴州等地。三藩之亂徹底被平定。

公元1662年，吳三桂殺南明永曆帝，明朝皇脈已經終結。同年，吳三桂被康熙帝晉封為平西親王，與福建靖南王耿精忠、廣東平南王尚可喜並稱三藩。由於藩王實力過大，威脅清朝的統治，康熙十二年（公元1673年），康熙帝下令撤藩。結果導致吳三桂在雲南起兵造反，福建靖南王耿精忠、廣東平南王尚可喜紛紛響應。康熙帝見局勢失控，撤銷了撤藩的命令，對耿精忠和尚可喜進行招撫，這兩人相繼歸屬朝廷，而吳三桂繼續抵抗清軍。

其實，三番叛亂的時候，清軍的兵力不足，根本無法將他們同時剿滅。所以，三番叛亂，清兵屯兵在荊州八年等待時機。這八年當中，清軍對付的主要物件是吳三桂，其他兩個都實行招撫，不過這一招很管用，耿精忠和尚可喜都歸順了清朝。吳三桂一死，他們內部就開始瓦解了。在群龍無首的情況下，清軍開始利用各地的漢人將領去收拾殘局。可以說，三番叛亂之時，清軍沒有足夠的力量與三番對著幹。清軍在荊州屯兵，主要是分化吳三桂的軍事力量，將其孤立。然後對其他叛亂的漢人進行招撫，再起用漢族投降的將領，最後三番叛亂被投降清朝的漢人剿滅。也就是說，三番叛亂其實漢人自己人打自己人，滿人在一邊看熱鬧。