個子矮但人氣卻高的當然是柯南了，人氣高的沒話說，另外還有我們的兵長大人（一米六），也是人氣非常高的，還有《鋼之鍊金術師》裡的愛德華也是有很高人氣的。另外，還有很多小正太個子不高但人氣很高的。

利威爾·阿克曼

身高：160

出自《進擊的巨人》

面癱、永遠的冰山臉、中分、人長得帥、戰鬥實力逆天，身高只有一米六，顯得嬌小惹人愛！一對死魚眼炯炯有神，從粗神經可以看出他是一個多麼溫柔的人，雖然粗魯但是可以看出他的直率，從他的潔癖可以看出他十分愛乾淨，更何況還是人類最強！兵長直戳我萌點~

彩虹之子

身高：………= =

出自《家庭教師》

受到詛咒的嬰兒們

雖然是嬰兒，但是實力全部強到逆天，不是暴力分子就是科學怪人，還有一位看起來溫文爾雅實際上十分可怕

江戶川柯南

身高：……

出自《名偵探柯南》

本體是著名高中生偵探滾筒洗衣機！因為目睹了神秘組織的神秘交易而被下了一種神秘的變小藥。

被稱為二次元死神，走哪兒哪兒死人，小學一年級讀了16年，目前就讀於帝丹小學二年級。

日番谷冬獅郎

身高：133

出自《死神》

人氣超高的小酷哥，還是個孩子卻已經坐上隊長之位，是歷史上最年輕的隊長。而且工作能力非常強，在藍染死後接管了五隊的工作。和桃關係密切。

最喜歡吃甜納豆，最愛說叫我日番谷隊長，動作習慣是皺眉頭……

愛德華·艾爾利克

身高：150

出自《鋼之鍊金術師 》

因為身高而討厭被人叫“豆丁”的最年輕鍊金術師，但是很不幸三次元提到Edward的時候前面總會加一個“豆丁”，弟控，擅長肉搏戰但是從來沒有打贏過弟弟。

阿洛伊斯·託蘭西

身高：164

出自《黑執事2》

腹黑、病嬌、多重、正太 ， 託蘭西家族現任當家，克勞德的主人

因為小時候的遭遇，所以性格略微分裂扭曲

對於自己的惡魔有很強的執念

最後和自己的執事死在了一起

傑·富力士

身高：154

出自《全職獵人》

“我想知道這是什麼樣的工作，能讓父親拋棄自己的孩子。”就是單純為了這個原因，小杰毅然踏上征途，接受被譽為難如登天的獵人測試。他的爸爸是有最優秀獵人之稱的金·富力士！憑著天賦的獵人才能，以及人見人愛的個人魅力，小杰如願跟他的幾位好友成為專業獵人。然而，這並沒有讓他得已見到他的爸爸，父子相見之日仍是遙遙無期。後來，小杰學到了可以找出金的唯一線索——“念”，並進入了由金和他的朋友一起創造的遊戲Greed Island，但真正的冒險，現在才真正開始。

埴之冢光邦

高度：148cm

出自《櫻蘭高校男公關部》

雖然看上去很天真，也很可愛，但是其實是整個男公關部中最理智、最成熟的人，把公關部中每一個人都看得很透徹。有時候會有點小

謝謝邀請我回答問題，說到個子較矮但人氣超高的日漫主角不就不能不提到柯南了，正如片頭介紹的，“小小的身體，卻隱藏著巨大的能量”，此外還有就是《進擊的巨人》中一米六的兵長、《鋼之鍊金術師》的愛德華·艾爾利克、《網球王子》的越前龍馬、《滑頭鬼之孫》白天的奴良陸生、《黑執事》的夏爾、《七大罪》的梅利奧達斯、《家庭教師》的沢田綱吉等。