現代最大的進步在生物上當然是基因的發現。 在達爾文的時代，進化論只存在於理論，沒有原理去解釋為什麼適應生存的性狀會遺傳給子代，什麼導致了適應生存的性狀的出現，所以一直被世人所質疑。而現代有了基因理論的支援，解釋了子代的基因是由父母代的基因所組成，比如如果父母都單眼皮，那麼兒女也會有很大機率單眼皮，所以性狀會遺傳(基因決定性狀)。而基因突變解釋了適應環境的性狀的出現，比如你父母都是單眼皮但兒女還是有可能出現雙眼皮。

現代進化論與達爾文進化論相比，基本上只是繼承了其核心自然選擇學說。現代綜合進化論因為是在孟德爾遺傳定律後提出的，所以深入到了基因水平，進一步隨著分子生物學的發展達到分子水平。

1，否定了達爾文進化論的進化單位即個體，個體沒辦法談論進化，進化的基本單位是群體，種群基因庫基因頻率的變化導致的進化。

2，同理，徹底否認了獲得性遺傳，因為遺傳性狀已經知道是由基因控制的，變異也是基因水平的變異，外界環境導致的性狀變化無法遺傳，遺傳物質的變異才可以遺傳。

3，進化來源即材料的闡明：基因重組和基因突變，基因突變導致新的等位基因產生，基因重組使不同個體之間的基因型造成差異，不同基因型，基因的個體因為在自然選擇壓力的條件下，不同基因型將自身所攜帶的基因透過繁殖遺傳給後代的能力不一樣，因此基因頻率會發生改變。

4，完善了新物種產生機制，種群之間存在地理隔離，基因隨機突變經過自然環境對基因有偏向的選擇，久而久之不同種群之間產生了生殖隔離，種群基因庫之間無法交流就產生了新物種。

除了各種考古學化石解剖學證據的支援，隨著現代生物學的研究從基因水平到分子水平，各種基因，蛋白序列的進化分析也是支援現代進化論的。比如一些生命活動重要蛋白從低等生物到高等生物都非常保守，因為其突變就可能致死，所以在長期進化過程中在不同物種中差異都很小。