這個故事要牽扯到墨西哥灣發掘到的第一個黑色神印，當時的神印還未被啟用，但是在一次研究中一位科研人員不小心將身體上的面板組織掉落到了神印上從而激活了神印開始釋放出大量能量，人們想要複製它獲取那種能量，結果導致那個科研人員變為屍變體然後開始了一系列感染，但是這次事件被有關當局封鎖了訊息，在這之後，地球聯邦複製了許多神印，但是他們發現這些神印都不完全，是失敗品，就把幾百號複製品發射到了太空中去，這些神印雖然是失但是卻都能夠將人類變為屍變體，時光來到了幾百年後，石村號採礦船在裂解神盾7的時候無意間發掘出了神印的複製品 紅色神印，從而導致殖民地混亂。居民自相殘殺，變為屍變體，石村號想要離開，但一個礦工想要帶著他被感染的妻子登船，被拒絕了，就開著採礦船強行登陸，結果石村號就爆發了屍變體災難，然後艾薩克作為維修小組的工程師進入石村號尋找女友，之後經過一系列打怪艾薩克發現妮可已經死了，然後他將紅色神印歸回原位，並逃出了殖民地，但他由於與神印有交流，所以在腦子裡留下了神印的DNA藍圖，在逃亡過程中被震暈了，然後他就在太空中漂浮了三年，後來被泰坦空間站所打撈，空間站主管泰德曼利用艾薩克腦子裡的藍圖複製了一個神印，但是這個神印又是失敗品，它想要同化艾薩克來補全自身，然後結果又被艾薩克摧毀了，後來艾薩克到了月球殖民地，結果統一教暴亂殺光了地球政府只留下一隊人馬，然後女主角發現了一個星球，他們認為是神印的母星，並在外太空軌道中發現了兩百年前的飛船殘骸，在飛船上他們發現了一個叫做遠古機器的東西，認為是它控制了神印，但是當他們利用報廢運輸艇著陸後進入研究基地，發現原來這個星球的外星人原來也是受害者，這原本是個水星球，但是它們複製了無數的神印。。。。然後成千上萬的外星人屍體飛向空中飛向真正的神印然後聚合為衛星，但這個文明利用科技製作了遠古機器，冰凍了衛星，也冰凍了這顆星球，後來艾薩克發現，原來遠古機器不僅是控制衛星，而且可以摧毀衛星，但是它們沒能完成，然後艾薩克講衛星擊落，但是這顆衛星死亡前通知了其他九顆衛星，並獲知了地球座標，朝著地球進發，後來艾薩克回到地球想要與地球取得通訊但無人迴應，結果他們迎面撞在了一顆衛星上，劇情到此告一段落
這個故事要牽扯到墨西哥灣發掘到的第一個黑色神印，當時的神印還未被啟用，但是在一次研究中一位科研人員不小心將身體上的面板組織掉落到了神印上從而激活了神印開始釋放出大量能量，人們想要複製它獲取那種能量，結果導致那個科研人員變為屍變體然後開始了一系列感染，但是這次事件被有關當局封鎖了訊息，在這之後，地球聯邦複製了許多神印，但是他們發現這些神印都不完全，是失敗品，就把幾百號複製品發射到了太空中去，這些神印雖然是失但是卻都能夠將人類變為屍變體，時光來到了幾百年後，石村號採礦船在裂解神盾7的時候無意間發掘出了神印的複製品 紅色神印，從而導致殖民地混亂。居民自相殘殺，變為屍變體，石村號想要離開，但一個礦工想要帶著他被感染的妻子登船，被拒絕了，就開著採礦船強行登陸，結果石村號就爆發了屍變體災難，然後艾薩克作為維修小組的工程師進入石村號尋找女友，之後經過一系列打怪艾薩克發現妮可已經死了，然後他將紅色神印歸回原位，並逃出了殖民地，但他由於與神印有交流，所以在腦子裡留下了神印的DNA藍圖，在逃亡過程中被震暈了，然後他就在太空中漂浮了三年，後來被泰坦空間站所打撈，空間站主管泰德曼利用艾薩克腦子裡的藍圖複製了一個神印，但是這個神印又是失敗品，它想要同化艾薩克來補全自身，然後結果又被艾薩克摧毀了，後來艾薩克到了月球殖民地，結果統一教暴亂殺光了地球政府只留下一隊人馬，然後女主角發現了一個星球，他們認為是神印的母星，並在外太空軌道中發現了兩百年前的飛船殘骸，在飛船上他們發現了一個叫做遠古機器的東西，認為是它控制了神印，但是當他們利用報廢運輸艇著陸後進入研究基地，發現原來這個星球的外星人原來也是受害者，這原本是個水星球，但是它們複製了無數的神印。。。。然後成千上萬的外星人屍體飛向空中飛向真正的神印然後聚合為衛星，但這個文明利用科技製作了遠古機器，冰凍了衛星，也冰凍了這顆星球，後來艾薩克發現，原來遠古機器不僅是控制衛星，而且可以摧毀衛星，但是它們沒能完成，然後艾薩克講衛星擊落，但是這顆衛星死亡前通知了其他九顆衛星，並獲知了地球座標，朝著地球進發，後來艾薩克回到地球想要與地球取得通訊但無人迴應，結果他們迎面撞在了一顆衛星上，劇情到此告一段落