東晉在中國歷史上是個特殊的存在，它不是門閥政治的開始，卻把門閥政治推向了頂點。東晉存在了約100年，在整個王朝時期均處於門閥士族與皇族共治天下的局面，中國歷史上從來沒有哪個王朝像東晉一樣，皇族一直處於弱勢並且毫無存在感，頂級門閥士族的代表人物卻大放異彩。這種“臣強主弱”的局面貫穿了整個東晉歷史，一定意義上說，東晉才是真正的門閥政治。

按照執政時間的先後順序，東晉的頂級門閥分別為琅琊王氏、潁川庾氏、譙國桓氏和陳郡謝氏（其實東晉末期太原王氏也能算一個），這些門閥士族在東晉和南北朝的政治中一直存在很大的影響，最終在南朝梁武帝晚期的侯景之亂中遭到毀滅性打擊。

琅琊王氏的代表人物是王導和王敦兄弟倆，王導主內，控制朝政，而王敦主外，握有軍權。琅琊王氏對東晉的建立以及東晉初期的政治做出了首要的貢獻，最能描述其權勢的就是那句有名的“王與馬共天下”。

潁川庾氏的代表人物是庾亮，庾亮以外戚身份入主朝廷，擁有朝政的決策之權，所以潁川庾氏迅速成為東晉的頂級門閥。庾亮死後，潁川庾氏的影響力也迅速衰落，整體上看，潁川庾氏的影響力與其他三家頂級門閥相比要弱很多。

譙國桓氏的代表人物是桓溫和桓玄父子倆，譙國桓氏把門閥士族的權勢推向了最頂點。桓溫權勢之大，能夠廢立皇帝，他的兒子桓玄更近了一步，直接取代了司馬家皇位（雖然時間很短）。

陳郡謝氏的代表人物是謝安，謝安的文采風流和人格魅力不僅在當世被世人膜拜，在中國歷史上也一直被推崇。東晉初期陳郡謝氏並非頂級門閥，是謝安將家族的影響力逐漸提高，並在淝水之戰後達到了頂峰。

東晉時，門閥士族的地位達到高峰，出現了四大家族，分別是琅琊王氏、陳郡謝氏、桓氏、庾氏。他們當時是東晉炙手可熱的家族，可以與皇室相當，正所謂“王與馬共天下”。

四大家族地位的顯著，多與他們家族成員居高位有關。王導是司馬睿當上皇帝的一大有力支持者，所以司馬睿器重王氏家族，朝中的高位多有王氏把持，在軍事上王氏也有較強的話語權。謝氏家族比不上琅琊王氏，但謝氏一族最顯赫的人物，便是在淝水之戰中打敗前秦的謝安，謝氏也是從謝安以後發跡的，謝氏算是四大家族中的第二名，人們常常稱“王謝”。桓氏是因為桓溫而崛起，桓溫憑著他的戰功成為東晉的大司馬，長期執掌朝政大權。庾氏是因為庾亮替代了王導的位置，是當時朝中不可或缺的一人，所以庾氏也四大家族的一員。

四大家族在東晉興盛，也在東晉末期衰亡。在桓溫掌權後，王氏與庾氏大多衰亡，侯景之亂爆發後，士族門閥在侯景之亂中不僅充分暴露了腐朽無能，而且受到了極其沉重的打擊，從而大大加速了南朝士族的衰亡。加之門閥士族自身的腐朽，四大家族及其他士族逐步走向沒落和衰亡。到隋朝時，科舉制的建立又對門閥士族進行了打擊，使得門閥地位直線下降，加之隋朝以後關隴集團的興起，南方的四大家族也逐漸消失在歷史舞臺。