用藿香正氣水治療小兒痱子，效果較好。可取藿香正氣水1支按比例加涼開水或生理鹽水稀釋，稀釋濃度為：不滿3個月者，藥液與水比例為1：3；4個月~12個月者，藥液與水比例為1：2；超過1歲者，藥液與水比例1：1。用藥之前先用溫水將區域性洗淨擦乾，然後用消毒藥棉蘸稀釋後的藥液塗擦患處，每日2~3次。　　蚊蟲叮咬：夏日若不慎被蚊蟲“侵襲”，可用藿香正氣水外塗患處，半小時左右可減輕或消除瘙癢感。足癬：將患足用溫水洗淨擦乾，將藿香正氣水塗於足趾間及其他患處，早晚各塗一次，治療期間最好穿透氣性好的棉襪、布鞋，保持足部乾燥，5天為一療程，一般1~2個療程即可見效。　　溼疹：每日用溫水清洗患處後，直接用藿香正氣水外塗患處，每天3~5次，連用3~5天。

藿香正氣水為祛暑劑，具有解表化溼，理氣和中之功效。用於外感風寒、內傷溼滯或夏傷暑溼所致的感冒，症見頭痛昏重、胸膈痞悶、脘腹脹痛、嘔吐洩瀉；腸胃型感冒見上述症候者。一般的藿香正氣水都是含有酒精的。

藿香正氣水之所以有消毒的功效，是因為他裡面含有酒精，大家都知道醫用消毒酒精是75%的酒精水溶液，一般濃度比這個低一些的酒精溶液也具有一定的消毒作用，所以藿香正氣水的消毒功能也是依賴於酒精，現在世面常見的藿香正氣水都含有45%左右的酒精，因此也具有消毒作用，這和白酒消毒原理上一致。

至於藿香正氣水裡面含的中藥對病毒有沒有抑制作用，目前已知的研究表明，這些中藥沒有明顯的防毒作用，但其對提高人體對部分病毒和細菌的抵抗能力有作用，這也是藿香正氣水區別於白酒消毒的地方。

至於如何使用，直接噴在消毒物表面可以，也可以用於擦拭面板，噴在空氣中卻要特別注意防火。霧化酒精達到一定濃度後遇明火會發生爆炸。