一府：最高行政機關——中書省，領六部，行宰相職權

兩院：最高軍事機關——樞密院以及統領宗和西藏事務的宣政院

接下來詳細介紹下一府兩院。

元朝政治制度承襲宋朝，採取文武分權。中書省總理政務，樞密院掌管兵權。與宋朝有所不同的是，元朝的中書省乃是中央最高行政機關，摒棄了宋制中的門下省，就連尚書省也是時設時不設（僅元世祖時期與元武宗時期有設定），元制中門下省與尚書省的權力都交給了中書省。

中書省統領六部，主持全國政務，可以把他看作明清內閣制的前身。其組織架構繼承南宋體制，宰相稱為中書令，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中書令缺以及平章政事。中書令缺總領中書事務，而平章政事則參決軍國重事。副相方面有左右丞、參政等。六部依循舊制，設有吏部、戶部、禮部、兵部、刑部與工部，內有尚書和侍郎。

《元史·百官志二》中記載道：“樞密院，秩從一品，掌天下兵甲機密之務……世祖中統四年，置樞密副使二員，僉書樞密事一員”。樞密院的長官為樞密院使，該職位一般不授予大臣，而是由皇太子兼任。當然，皇太子領的樞密院使實為一虛銜，真正握有實權者，是同知樞密院事、樞密院副使等屬官。

宣政院是元朝設立的一個直屬中央政府管轄的國家機構，初名為總制院，負責掌管全國佛教事宜並統轄吐蕃地區的大小軍政事務。 宣政院的官員，僧俗並用，既管理全國佛教事務，又直接統領吐蕃的政務和軍務。宣政院長官為宣政院使，秩從一品，設二員，長者以朝廷大臣兼任，次者由帝師所推薦僧人的擔任。下設同知二員，副使二員，參議二員，經歷二員。