2019年6月新公務員法實施後，公務員實行職務與職級並行制度，非領導職務全部改為職級，由原來的八個層級變為十二個層級，按照級別從大到小排序分別為：一級巡視員、二級巡視員、一級調研員、二級調研員、三級調研員、四級調研員、一級主任科員、二級主任科員、三級主任科員、四級主任科員、一級科員和二級科員。

由此可見，公務員職級並行後，主任科員被分成了四級。其中，三級和四級主任科員對應副科，四級主任科員即由原來的副主任科員套改，相當於“小副科”，三級主任科員比四級主任科員略高一級，一般由實職副科晉升，相當於“大副科”。同理，一級和二級主任科員對應正科，其中二級主任科員由原來的主任科員套改，相當於“小正科”，而一級主任科員高於二級主任科員和實職正科，相當於“大正科”。

在工資待遇上，四個級別的主任科員按照級別大小核發，有小幅區別，但差距不大。其中，四級主任科員和三級主任科員在車補、餐補、通訊補貼等福利性補貼，以及級別工資、年終考核績效方面拿的都是同樣標準，沒有差距。區別主要是在職務工資等基礎性工資方面，三級主任科員應發額要比四級主任科員高出100多元，扣除五險兩金後實際也就增加幾十元。同理，二級主任科員和一級主任科員在各類津補貼、級別工資和年終考核績效方面拿的待遇也相同，只不過在基礎性工資方面，一級主任科員比二級主任科員多300多塊錢（應發），扣除五險兩金後實際到手增加160元左右。

如果全部按照扣除後的金額排序，一級主任科員比二級主任科員大概多160多元，二級主任科員比三級主任科員多110多元，三級主任科員比四級主任科員多70多元。當然，地區不同會有差異，一切以當地實際標準為準。

除了工資待遇方面的不同，四個層級的主任科員另一個區別是在晉升方面的優勢。由於職級晉升不能跳級，一旦上了一個職級，相當於就掌握了晉升下一個職級的主動權，因此能夠儘快實現晉升就可以佔據有利位子，在政治待遇和發展前景上明顯不同。這也是不同層級的職級在工資待遇之外的最大不同。

共分4級，一級至四級主任科員，職務工資和級別工資會逐級提高，因目前職級並行後尚未落實工資待遇，所以還是按照原先體系發放工資。