電磁脈衝由核爆炸和非核電磁脈衝彈（高功率微波彈）爆炸而產生。核爆炸產生的電磁脈衝稱為核電磁脈衝，任何在地面以上爆炸的核武器都會產生電磁脈衝，能量大約佔核爆炸總能量的百萬分之一，頻率從幾百赫到幾兆赫。非核電磁脈衝彈則利用爆炸或化學燃料燃燒產生的能量，透過微波器件轉換成高功率微波輻射能，能發射峰值功率在吉瓦以上、頻率為1吉赫～300吉赫的脈衝微波束，在裸露的導電體（例如裸露的電線、印刷電路板的印製線）上急劇產生數千伏的瞬變電壓，對大量電子裝置造成無法挽回的損壞。

電磁脈衝防護方法與雷電防護方法基本相同。用9.5毫米厚鋼板或4毫米厚銅板做成的遮蔽罩，可以提供很高的總體遮蔽效能。但是，這種遮蔽會由於存在檢修門和供電纜、聯結器、開關等使用的小孔而減弱，這樣就必須用襯墊密封孔隙。如果必須開孔通氣，則應使用各種遮蔽柵（如蜂窩狀隔板、多孔金屬板和金屬絲網屏柵）把大孔分成許多小孔，孔與孔之間相交的地方必須熔合，以便確保最佳的遮蔽效果。電纜必須使用整體防護材料，最好的電纜防護材料是管道之類的導電固體材料。在協助降低易損性方面，合適的接地線路也很重要。若資料傳輸率低，可採用濾波方法抑制瞬時效應。若只靠濾波不足以把電磁脈衝降到安全水平，則需使用防護性抑制器，例如齊納二極體。

當前，國外指揮通訊系統防電磁脈衝的具體方法主要有：選取最佳元器件；使用不易受電磁脈衝影響的元件，如電子管等；在聯結器上安裝濾波器；使用外部防護元器件保護預先包裝的電路（如積體電路）；使用引線防護裝置；使用分離濾波器，將耦合頻率限制在很窄的頻帶內；採用自動增益控制與增益限制技術；使用特種濾波器；使用電路隔離技術隔離電瞬變現象；遮蔽和接地；重新設計分系統；探測由於電磁脈衝干擾而出現的資料錯誤，並拒絕這些資料。