有一個非常好的例子，就是已經進化到了次優設計的人體器官——眼睛。當光線進入視網膜的時候，訊號透過延伸向光源的視神經纖維被帶到大腦。它們一起透過視網膜上的小孔，再由視覺神經感知傳遞給大腦。

這造成了兩點缺陷：

（1）在光線進入視網膜之前，必須透過視神經纖維、血管和其他細胞，這些過程在光源和感光細胞之間的距離會造成感光強度損耗。

（2）視神經在通向大腦會經過視網膜，而在視網膜上形成一個孔，這裡因為缺少感光細胞會導致視力在眼睛的視野範圍中出現一個盲點。視神經纖維在眼睛當中還有一個更有效的設計，就是在視網膜的背面收集光感，所以它們就不會在光線到達感光細胞之前遮住光線，同時也不需要為了到達大腦而在視網膜上開一個洞。

左圖是一隻脊椎動物的眼部圖，可以看出它的視神經纖維是面向光源的；右圖是一隻章魚的眼部圖，可以看出它的視神經纖維是指向大腦的。

· 人類的脊柱是彎曲的，由於這樣的生長方式，造成成年人在步入老年以後難以避免的腰椎疼痛。

· 睪丸是在腹腔內部發育的，然後下降到陰囊，有的時候會留下一個洞，導致腹腔內的腸子透過這個洞發生移位，形成疝氣。

· 作為蹠行動物，人類的膝關節是向前的，這導致我們的關節在行走過程中會承受很多壓力。

· 視覺神經穿過視網膜時，會形成一個盲點。

· 由於咽喉的位置，導致我們在吞嚥食物的時候，食物嗆到肺裡的機率要遠遠高於其他動物。