看看落款日期，哪個在先？一般情況下，後者效力高於前者。我做過公證處主任，坦率地說，公證是對合同效力的再確認，若雙方又協商一致，並且與公證書內容矛盾，應當變更登記～～若沒有登記，且後者金額明顯低於前者（公證書），以後者為準！

看了半天，不太明白你寫的意思，但看你後面說乙主張少錢的合同的錢是他出，然後沒有證據，那就是沒辦法證明錢是否乙出，那法院判決事實不清很正常，乙除非有出資證明，不然不可能會贏的。其次前後合同，一般情況下後者效力會高於前者，但是前者合同公證了就更有法律保障，沒金額不妨礙合同效力，只要當時人有其它金額佐證，合同任然具有法律效力，後者合同沒法律保障，很容易被推翻，只要甲能夠挑到合同細節上面的問題，後者合同效力就沒用了

1、有兩份同一房產的售房合同，當事人相同（出售方與甲方），但金額不同；

2、甲持高金額合同且已公證，乙持低金額合同；

3、乙現佔有使用房屋；

4、甲已起訴，但訴求是什麼題主未明示，最大可能是騰房；

5、乙主張兩份合同的金額之差為其出資，乙的訴求不知道，推理最大可能是要求甲支付乙房價差額、或乙繼續佔有使用房產。

推理：

6、甲、乙存在一定的關係，可能是婚姻或親屬等關係。

先回答題主的問題：“法官為什麼會判事實不清？”

1、法官判斷事實必須有充分證據；

2、乙方無法提供充分的證據，現手裡持有的“低金額合同、佔有使用房屋等”只是間接證據，這些間接證明難以形成證據鏈條來證明“乙方支付房價差”這一待證事實。

綜合以上兩點，法官判事實不清是正常的，題主可以反過來考慮，如果法官支援是由乙方支付的差額，你認為理由充分嗎？

我在情理上相信乙方實際支付了房價差這一事實，基於這個基礎我認為乙方可以採取的策略：

1、合同涉及到第三方即出售方，出售方是收取房款的人，如果乙方的錢款是直接支付給出售方的，則有可能從出售方取得能證明乙方支付房價差的證據。如果出售方不承認，乙方可以不當得利要求出售方歸還錢款。

2、如果乙方是作為隱名購房人，乙方的資金是透過甲方支付給出售方的，則乙方要證明與甲方之間形成了隱名購房關係，以及事實上履行了隱名購房行為，證明以上事項可以用銀行轉賬憑證、錄音、人證等材料來證明。

還是有一點疑問：

出售方與甲、乙之間的關係題主未交待，感覺應有一定的關聯，否則不太可能簽訂這樣的兩份合同。