政治尤其是帝國政治自誕生之日起就是黑暗的，因為相對於普羅大眾權力的執行都是黑箱狀態。具體到明朝士大夫的權力空前強大，足以正面對抗皇權。自太祖起皇帝本人前期依靠帝國初建的個人權威對文臣武將肉體消滅精神禁錮，中期依靠內廷和流氓爪牙控制朝局，後期內廷爪牙都被士大夫全面壓制，帝國也走到了盡頭。在歷史的編寫者士大夫眼裡明朝的政治就成了黑暗的。

籠統地說明代政治黑暗，是不妥當的。首先須定義，何為政治黑暗。封建社會常見的問題，宦官亂權，外戚干政，權臣禍亂，君庸主弱，歷代都有，只是程度不同而已。若論政治黑暗，秦末的趙高擅權，漢代的黨痼之禍，兩晉的門閥鬥爭，唐代的牛李黨爭，宋代的元祐黨爭及賈似道擅權，不可謂不殘酷，也不可謂不黑暗。

明代政治，總體來說還是遵循正常軌跡發展的，一個政治黑暗到一定程度的朝代不可能延續近300年。

明代與前朝相比，特務統治的強化確為“黑暗”的證據之一，但這是封建社會晚期不可逆轉的趨勢，也是現實政治的需要。

明代中期出現的嚴嵩擅權，後期出現的鬮黨亂權和東林黨爭，亦為封建社會常見痼疾在明代的具體表現而已。

只是一點，朱元璋對臣下的嚴苛造成了極為不良的影響，官員被當廷杖責確實有損士大夫的斯文，這與有宋一代對知識分子的極度尊崇相去甚遠，不免在史書上留下不光彩的一筆。加之東林黨這幫失意文人的極力杜巽與抹黑，至少在史書層面上，明朝變成了一個“有口皆黑”的黑暗朝代。