新冠病毒發生過2次明顯種群擴張11月下旬或已人傳人華南海鮮市場並非發源地
2019年12月在湖北武漢暴發了一種新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（現稱COVID-19），新型冠狀病毒暴發已兩個多月，確定華南海鮮市場是不是唯一的發源地，對於尋找病毒的來源，以及確定中間宿主，對疫情的控制和避免再次暴發具有至關重要的意義。中國科學院西雙版納熱帶植物園聯合華南農業大學和北京腦科中心的科研人員一起收集了全世界各領域共享到GISAID EpiFluTM資料庫中覆蓋了四大洲12個國家的93個新型冠狀病毒樣本的基因組資料（截至2月12日），透過全基因組資料解析，追溯傳染源及擴散路徑。
研究發現，收到的93個樣本包含58種單倍型，可以歸納為五組，包括3個古老超級傳播者單倍型（H1,H3和H13）和2個新的超級傳播者單倍型（H56和mv2）；華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外；同時，現擴散的病例至少來自於3個途徑。新型冠狀病毒在2月12日之前發生過2次明顯的種群擴張（分別是2019年12月8日和1月6日）。
華南海鮮市場的病毒是從其他地方傳入的
基於120個變異位點得到58種單倍型（基因型別），單倍型演化關係顯示，單倍型H13和H38是比較“古老的”單倍型，透過一箇中間載體（mv1，可能是一個祖先單倍型，可能是來自中間宿主或者“零號病人”）與蝙蝠冠狀病毒RaTG13關聯，並透過單倍型H3衍生出了單倍型H1。
與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是H1及其衍生的單倍型H2，H8-H12，而一份武漢樣品單倍型H3與華南海鮮市場無關。可見，華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外。另外，根據病患發病時間記錄和種群擴張時間推斷，也印證了華南海鮮市場不是病毒發源地的推論。
對“古老的”單倍型H13和H38的病毒樣品溯源發現分別是來自深圳的病患（廣東首例）和美國華盛頓州的病患（美國首例）。他們的旅行記錄表明應該都是2019年12月底至2020年1月初在武漢探親期間被感染的。現有武漢樣本中沒有檢測到H13和H38單倍型，可能是因為現有樣品主要採自幾家定點醫院，而且樣品採集時間侷限於2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武漢其他醫院早期的病患檢測到這兩種單倍型，將對於尋找病毒來源非常有幫助。
病毒在2月12日之前
發生過2次明顯種群擴張
根據新型冠狀病毒基因組資料推算1月之前的種群擴張發生時間是2019年12月8日，該結果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已經開始有人際傳播，隨後在華南海鮮市場加快了人際傳播。研究推算2月份之前的種群擴張時間在1月6日，這個可能與元旦假期有關聯。
需要指出，這一天國家疾控中心釋出了2級應急響應。當時的預警起到了一些警示作用，公眾活動和出行都有所減少。如果當時的警示能引起大眾更廣泛的重視，那麼1月份中下旬向全國和全球蔓延的病例會有所降低。研究人員進一步確認中國其他9個省區和其他11個國家的感染病例基本都是從武漢直接或者間接輸入而來。
現擴散的病例至少來自於3個途徑
其中，廣東深圳一家人在早期就透過人傳人進行了傳播。有較多樣本的澳洲、法國、日本和美國，它們的患者感染源至少有兩個，尤其是美國包括了五個來源。非常值得關注的是H56這個超級傳播者單倍型，它同時是澳洲、法國和美國，以及中國臺灣患者的傳染源。其他國家患者因為樣品比較少，大多數的來源比較單一，他們除了是武漢旅遊輸入或在武漢感染外，有一些人可能是在廣東、新加坡等地被感染。
新冠病毒發生過2次明顯種群擴張11月下旬或已人傳人華南海鮮市場並非發源地
2019年12月在湖北武漢暴發了一種新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（現稱COVID-19），新型冠狀病毒暴發已兩個多月，確定華南海鮮市場是不是唯一的發源地，對於尋找病毒的來源，以及確定中間宿主，對疫情的控制和避免再次暴發具有至關重要的意義。中國科學院西雙版納熱帶植物園聯合華南農業大學和北京腦科中心的科研人員一起收集了全世界各領域共享到GISAID EpiFluTM資料庫中覆蓋了四大洲12個國家的93個新型冠狀病毒樣本的基因組資料（截至2月12日），透過全基因組資料解析，追溯傳染源及擴散路徑。
研究發現，收到的93個樣本包含58種單倍型，可以歸納為五組，包括3個古老超級傳播者單倍型（H1,H3和H13）和2個新的超級傳播者單倍型（H56和mv2）；華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外；同時，現擴散的病例至少來自於3個途徑。新型冠狀病毒在2月12日之前發生過2次明顯的種群擴張（分別是2019年12月8日和1月6日）。
華南海鮮市場的病毒是從其他地方傳入的
基於120個變異位點得到58種單倍型（基因型別），單倍型演化關係顯示，單倍型H13和H38是比較“古老的”單倍型，透過一箇中間載體（mv1，可能是一個祖先單倍型，可能是來自中間宿主或者“零號病人”）與蝙蝠冠狀病毒RaTG13關聯，並透過單倍型H3衍生出了單倍型H1。
與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是H1及其衍生的單倍型H2，H8-H12，而一份武漢樣品單倍型H3與華南海鮮市場無關。可見，華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外。另外，根據病患發病時間記錄和種群擴張時間推斷，也印證了華南海鮮市場不是病毒發源地的推論。
對“古老的”單倍型H13和H38的病毒樣品溯源發現分別是來自深圳的病患（廣東首例）和美國華盛頓州的病患（美國首例）。他們的旅行記錄表明應該都是2019年12月底至2020年1月初在武漢探親期間被感染的。現有武漢樣本中沒有檢測到H13和H38單倍型，可能是因為現有樣品主要採自幾家定點醫院，而且樣品採集時間侷限於2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武漢其他醫院早期的病患檢測到這兩種單倍型，將對於尋找病毒來源非常有幫助。
病毒在2月12日之前
發生過2次明顯種群擴張
根據新型冠狀病毒基因組資料推算1月之前的種群擴張發生時間是2019年12月8日，該結果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已經開始有人際傳播，隨後在華南海鮮市場加快了人際傳播。研究推算2月份之前的種群擴張時間在1月6日，這個可能與元旦假期有關聯。
需要指出，這一天國家疾控中心釋出了2級應急響應。當時的預警起到了一些警示作用，公眾活動和出行都有所減少。如果當時的警示能引起大眾更廣泛的重視，那麼1月份中下旬向全國和全球蔓延的病例會有所降低。研究人員進一步確認中國其他9個省區和其他11個國家的感染病例基本都是從武漢直接或者間接輸入而來。
現擴散的病例至少來自於3個途徑
其中，廣東深圳一家人在早期就透過人傳人進行了傳播。有較多樣本的澳洲、法國、日本和美國，它們的患者感染源至少有兩個，尤其是美國包括了五個來源。非常值得關注的是H56這個超級傳播者單倍型，它同時是澳洲、法國和美國，以及中國臺灣患者的傳染源。其他國家患者因為樣品比較少，大多數的來源比較單一，他們除了是武漢旅遊輸入或在武漢感染外，有一些人可能是在廣東、新加坡等地被感染。