南蘇丹在獨立後不久的2013年，出身第一大部族的丁卡族總統基爾突然解除了出身第二大部族努爾族的副總統馬查爾的職務，並且對政府內部馬查爾的勢力進行了清洗，造成南蘇丹的執政黨“蘇丹人民解放運動”的分裂，並且由此引爆了內戰。

原本在爭取從蘇丹獨立的戰爭中，加郎作為領袖人物很有威信和號召力，雖然馬查爾領導的武裝勢力曾經採取了親蘇丹政府的立場，但是隨著北方某些政策的失當馬查爾與蘇丹政府的關係也惡化。在加郎的號召下，最後馬查爾加入了“蘇人解”共同對抗蘇丹政府並且最終在2011年贏得了獨立。很可惜在2005年時候加郎不幸因為飛機失事遇難，“蘇人解”內部兩大派別就開始逐漸的產生嫌隙，只是不管丁卡族還是努爾族在爭取從蘇丹獨立的目的都是共同目標，所以雙方仍然攜手作戰。獨立後雙方的矛盾就開始凸顯了，最終兵戎相見。

丁卡族的分佈地區基本上是沿著尼羅河的一個馬蹄形，而努爾族馬查爾的勢力則更多的集中在原“北部三州”——上尼羅、團結和湖泊，瓊萊州和瓦倫普州則是雙方交叉的地方，首都朱巴也是兩族混戰的所在。基爾和馬查爾的矛盾爆發之初只是總統衛隊中兩族士兵之間的衝突，迅速演變成了“蘇人解”的分裂，最後導致了丁卡族和努爾族的部族仇殺。

由於雙方在南蘇丹人民解放軍中各自掌握一部分部隊，原本有9個師的兵力的南蘇丹人民解放軍中，馬查爾大約掌握了兩個半師左右，其他基本為丁卡族控制，大批在丁卡族佔優勢的政府軍部隊服役的努爾族士兵紛紛逃往馬查爾的控制區進一步讓局勢混亂。雙方的大戰基本上迫使在油氣資源密集的上尼羅等地的油田不得不停產撤離，根據安理會授權進行難民保護的聯合國部隊也偶爾會成為雙方混戰中襲擊的目標。

與基爾關係較為密切的烏干達政府在內戰爆發後迅速出兵支援基爾，短時間內讓他穩住了陣腳，迫使馬查爾在衛隊的掩護下撤離了首都地區。雖然後經聯合國和東非合作組織（所謂伊家德，肯亞、埃塞等國組成）的多次斡旋，雙方停火也是屢經反覆規模不等的衝突始終持續。

除了內戰中唱主角的這兩方之外，原本南蘇丹還有許多其他各色軍閥武裝，比如在瓊萊州比較有實力的大衛瑤瑤，努爾族一些青少年為主襲擊丁卡人積極的“白衣軍”（經常喜歡全身塗白得名），靠近烏干達邊界地區的臭名昭著邪教武裝聖靈抵抗軍LRA等等，還有其他一些反對既反對基爾政府也反對馬查爾勢力的部族武裝不一而足。

這還不是問題的全部，基爾在2015年為了強化對國內局勢的控制將原有的10州區劃細分為28州，進一步的引發了各種部族爭奪土地和牧場的矛盾。由於行政能力問題，有的地方新舊兩個政府系統同時運轉，有的地方則成了幾不管（想管管不了），這無疑刺激了“蘇人解”內部產生新的矛盾。就在11月中旬，可能是恐懼手下大將功高震主，基爾突然將在南北扎勒河州比較有影響力的參謀總長馬龍突然解職，緊接著就派出衛隊試圖將馬龍的警衛繳械，結果雙方在首都朱巴連續交戰數日。雖然最後雙方都聲稱這是一場誤會，但是矛盾顯然還沒有解決。

當然，馬查爾陣營也不是鐵板一塊，同樣有一些勢力在基爾丟擲副總統的職位後轉變立場願意與政府合作。

另外南蘇丹從蘇丹獨立的時候也留下了一個小尾巴——阿比耶依地區，這塊地區目前仍然歸屬不明而且富含油氣資源，蘇丹和南蘇丹也曾經為了爭奪這片領土大打出手。目前這一地區只能暫時由聯合國單獨建立了一個維和任務區加以控制。在蘇丹的達爾富爾地區，打著“蘇人解北方局”旗號的反政府武裝也與南蘇丹某些勢力有著種種聯絡，同樣成為隱患。

目前，南蘇丹面臨的問題在於，部族矛盾尖銳複雜，內戰遙遙無期，與周邊國家關係存有隱患，國內政府行政能力和執法力量較弱，所以安全風險較大，首都朱巴地區經常成為衝突焦點。但是相對而言，南部原赤道各州較為平靜。