這個故事要追溯到60年代（MGS3），主角我們的老蛇叔跟著自己師父學校了十年，他的師父THE BOSS是美國一個特殊部門的領袖人物，是美國真真正正的英雄。當然老蛇叔是她的得意門生，老蛇叔成長之後也為美國效力，他愛上了他的師父。當時處於核戰爭的冷戰時期，一次任務，是救被俄羅斯綁架的合金裝備研究員，但就是因為這件事引出了美國策劃好的陰謀，引出了哲學家的遺產，這筆錢是二戰之前全世界的一個和平組織集資的，就是聯合國的前身，但二戰之後這個組織分裂了，有一筆錢就落到了一個富二代手上，富二代花錢搞合金裝備加核彈要用這個來威脅世界當霸主，美國安排THE BOSS叛變，暗地裡搞垮富二代，老蛇叔年輕氣盛，跟並不是富二代的對手，但暗地裡THE BOSS救了她很多次命，最終讓老蛇叔成長，搞快了富二代，因為BIG BOSS已經被整個美國仇視，因為官方需要她必須背叛，她成了實實在在的犧牲者，而且她才是真真正正的愛國者，而BIGBOSS的最終決定她的命運，就在老蛇叔手上……老蛇叔流著淚殺掉了自己的恩師，美國政府要重新樹立起英雄形象，於是我們的老蛇叔得到一個稱號，BIG BOSS,他在老師墓前開始懷疑他是為了什麼而戰鬥，最終想通了，要為自己而戰。（合金裝備3完）掌上行動主要就是講了他剛剛叛變美國之後反核的一個小插曲，也奠定了和平行者裡的聲望，經此而已，接下來來到和平行者，這次蛇叔已經決定建立自己的軍隊企業，名叫世外天堂，只有士兵的國家，但只為了自己而戰，這也是合金裝備4裡軍隊企業化的前身和鼻祖，米勒大叔有提到過，因為美國已經盯上了BIGBOSS的叛變一定會影響整個世界，於是派出了一老一少安排其中，本來是解決哥斯大黎加突然來襲的武裝部隊，不巧最終陰謀揭穿，這一老一少只是來搞垮蛇叔的間諜，最終慘敗，BIGBOSS更加堅定了信念，要把無國界之師搞起來，但這裡就初露了ZERO的陰謀，ZERO是合金裝備3里老蛇叔的指揮官，他悄悄建立起愛國者，也是為和平而努力，但其當時表面上看是要搞垮蛇而已，但是他使用手段在蛇叔身上得到DNA，克隆創作了3個蛇叔，這個慢慢交代，史稱魔童計劃。到了16位機時代，第一號小蛇叔solid Snake已經被老美的愛國者組織洗腦，變成了一個小抓牙，以他的能力搞死了自己老爸兩次，雖然也是為了正義，但每次和父親最終BOSS戰的時候都有所感悟，我們的小蛇叔慢慢成長，搞垮了世外天堂（青出於藍啊）到了合金裝備1的時候，他也有了自己的指揮官，和一切後備力量，和60年代的老蛇叔一摸一樣，在一次調查無名組織佔領小島的任務中，發現了和自己一摸一樣的人，利奎德斯內克，此時曾經THEBOSS的兒子出現，我們叫他奧賽羅，其實他也是個悲劇，被愛國者操作著，這個傢伙也有嚮往和平的目標，但走的路就是一切俄羅斯那個富二代的一樣，造出了“霸王”合金裝備，蛇叔再次將其收割，但漸漸的得知了自己的身份，還是懷疑政府，同樣的他踏上了父親曾經走過的道路，但搞的規模很小，意圖就是要解決世界上所有的合金裝備，免除核戰爭，合金裝備2開始，此時愛國者已經培養了新一代單人潛入人物，雷電，一個稚氣的孩子，在合金裝備2裡面蛇叔沒有搞定“海魔王”對外界宣稱自己已經死掉，但暗地裡還是再做反對核戰爭的事，經過上一次被“海魔王”逃走的事後，一個莫名組織在沉船的地方修建起了還是石油基地，這其實是第三個克隆體，最沒戲份的就是他了，還是老套路，只不過給自己搞了一套比較霸氣的戰鬥服，這次的陰謀被蛇叔和雷電給破壞，雷電也漸漸發現了自己貌似被矇在鼓裡，毅然決定要自己反對合金裝備……（貌似2是最沒什麼戲的，只是鋪墊了雷電將會在XBOX360上的大放異彩罷了）到了合金裝備4，蛇叔雖然才四十出頭，卻已經老態龍鍾，之前以為是得病了，但最後才知道這是愛國者當時創作3個魔童的時候故意縮短了他們的DNA鏈條，他們沒有生育能力，當時愛國者給他們定的使用價值年限只有10年，不過在玩家看來愛國者是徹底的失敗者，這個組織的所有強勢力量都背叛了，但恰恰相反，自從ZERO建立起愛國者之後，這個機構漸漸透過電腦可以支配世界上所以的事物，大家都被悶在鼓裡，愛國者更加過分的利用奈米計算機來控制人的體能與性格，就差奈米計算機控制思維了。這次的大反派是利奎德，雖然之前死了，但以前THEboss的兒子被蛇叔打斷手之後接了利奎德已死掉時的手，被利奎德控制……（其實是奈米計算機作祟）變成了現在的大反派，當然我們已經老掉的蛇叔會義無反顧的去和他槓上，他在4裡所有遇到的人都是愛國者暗中安排的，此時的愛國者已經是幾臺完美無缺的AI電腦，控制了世界上所以的經濟，戰爭，而突然在這個世界產生了異端，利奎德的再次出現，其實才是真正想要瓦解這種形式的人，蛇叔當然屁顛屁顛的利用各界援助搞定了曾經的“海魔王”，毀掉了利奎德想要用軌道跑打掉放在衛星上的AI，但這一切都是愛國者的安排，直到最後，蛇叔把病毒注入了利奎德搞到的一臺AI裡，把支配全世界三部AI全部毀掉，愛國者的陰謀真相大白，蛇叔鬱悶的跪在自己父親老蛇叔的面前懺悔，決定自殺，被真正的老蛇叔救下來，老蛇叔告訴了他一切一切，老蛇叔之所以復活全靠撿回了之前兩個克隆體的身體得以復活，這次奧賽羅利奎德的出現也是老蛇叔的安排，一切的一切明瞭了，蛇叔不再恨他老爸，最後BIGBOSS靠在THEBOSS的墓碑上吸了最後一口煙……桑尼，電腦天才，毀掉AI的病毒就是她弄出來的，是合金裝備2裡面一個被愛國者利用的女人的女兒，成了新世界的希望，故事終……這就是一個關於和平的故事
這個故事要追溯到60年代（MGS3），主角我們的老蛇叔跟著自己師父學校了十年，他的師父THE BOSS是美國一個特殊部門的領袖人物，是美國真真正正的英雄。當然老蛇叔是她的得意門生，老蛇叔成長之後也為美國效力，他愛上了他的師父。當時處於核戰爭的冷戰時期，一次任務，是救被俄羅斯綁架的合金裝備研究員，但就是因為這件事引出了美國策劃好的陰謀，引出了哲學家的遺產，這筆錢是二戰之前全世界的一個和平組織集資的，就是聯合國的前身，但二戰之後這個組織分裂了，有一筆錢就落到了一個富二代手上，富二代花錢搞合金裝備加核彈要用這個來威脅世界當霸主，美國安排THE BOSS叛變，暗地裡搞垮富二代，老蛇叔年輕氣盛，跟並不是富二代的對手，但暗地裡THE BOSS救了她很多次命，最終讓老蛇叔成長，搞快了富二代，因為BIG BOSS已經被整個美國仇視，因為官方需要她必須背叛，她成了實實在在的犧牲者，而且她才是真真正正的愛國者，而BIGBOSS的最終決定她的命運，就在老蛇叔手上……老蛇叔流著淚殺掉了自己的恩師，美國政府要重新樹立起英雄形象，於是我們的老蛇叔得到一個稱號，BIG BOSS,他在老師墓前開始懷疑他是為了什麼而戰鬥，最終想通了，要為自己而戰。（合金裝備3完）掌上行動主要就是講了他剛剛叛變美國之後反核的一個小插曲，也奠定了和平行者裡的聲望，經此而已，接下來來到和平行者，這次蛇叔已經決定建立自己的軍隊企業，名叫世外天堂，只有士兵的國家，但只為了自己而戰，這也是合金裝備4裡軍隊企業化的前身和鼻祖，米勒大叔有提到過，因為美國已經盯上了BIGBOSS的叛變一定會影響整個世界，於是派出了一老一少安排其中，本來是解決哥斯大黎加突然來襲的武裝部隊，不巧最終陰謀揭穿，這一老一少只是來搞垮蛇叔的間諜，最終慘敗，BIGBOSS更加堅定了信念，要把無國界之師搞起來，但這裡就初露了ZERO的陰謀，ZERO是合金裝備3里老蛇叔的指揮官，他悄悄建立起愛國者，也是為和平而努力，但其當時表面上看是要搞垮蛇而已，但是他使用手段在蛇叔身上得到DNA，克隆創作了3個蛇叔，這個慢慢交代，史稱魔童計劃。到了16位機時代，第一號小蛇叔solid Snake已經被老美的愛國者組織洗腦，變成了一個小抓牙，以他的能力搞死了自己老爸兩次，雖然也是為了正義，但每次和父親最終BOSS戰的時候都有所感悟，我們的小蛇叔慢慢成長，搞垮了世外天堂（青出於藍啊）到了合金裝備1的時候，他也有了自己的指揮官，和一切後備力量，和60年代的老蛇叔一摸一樣，在一次調查無名組織佔領小島的任務中，發現了和自己一摸一樣的人，利奎德斯內克，此時曾經THEBOSS的兒子出現，我們叫他奧賽羅，其實他也是個悲劇，被愛國者操作著，這個傢伙也有嚮往和平的目標，但走的路就是一切俄羅斯那個富二代的一樣，造出了“霸王”合金裝備，蛇叔再次將其收割，但漸漸的得知了自己的身份，還是懷疑政府，同樣的他踏上了父親曾經走過的道路，但搞的規模很小，意圖就是要解決世界上所有的合金裝備，免除核戰爭，合金裝備2開始，此時愛國者已經培養了新一代單人潛入人物，雷電，一個稚氣的孩子，在合金裝備2裡面蛇叔沒有搞定“海魔王”對外界宣稱自己已經死掉，但暗地裡還是再做反對核戰爭的事，經過上一次被“海魔王”逃走的事後，一個莫名組織在沉船的地方修建起了還是石油基地，這其實是第三個克隆體，最沒戲份的就是他了，還是老套路，只不過給自己搞了一套比較霸氣的戰鬥服，這次的陰謀被蛇叔和雷電給破壞，雷電也漸漸發現了自己貌似被矇在鼓裡，毅然決定要自己反對合金裝備……（貌似2是最沒什麼戲的，只是鋪墊了雷電將會在XBOX360上的大放異彩罷了）到了合金裝備4，蛇叔雖然才四十出頭，卻已經老態龍鍾，之前以為是得病了，但最後才知道這是愛國者當時創作3個魔童的時候故意縮短了他們的DNA鏈條，他們沒有生育能力，當時愛國者給他們定的使用價值年限只有10年，不過在玩家看來愛國者是徹底的失敗者，這個組織的所有強勢力量都背叛了，但恰恰相反，自從ZERO建立起愛國者之後，這個機構漸漸透過電腦可以支配世界上所以的事物，大家都被悶在鼓裡，愛國者更加過分的利用奈米計算機來控制人的體能與性格，就差奈米計算機控制思維了。這次的大反派是利奎德，雖然之前死了，但以前THEboss的兒子被蛇叔打斷手之後接了利奎德已死掉時的手，被利奎德控制……（其實是奈米計算機作祟）變成了現在的大反派，當然我們已經老掉的蛇叔會義無反顧的去和他槓上，他在4裡所有遇到的人都是愛國者暗中安排的，此時的愛國者已經是幾臺完美無缺的AI電腦，控制了世界上所以的經濟，戰爭，而突然在這個世界產生了異端，利奎德的再次出現，其實才是真正想要瓦解這種形式的人，蛇叔當然屁顛屁顛的利用各界援助搞定了曾經的“海魔王”，毀掉了利奎德想要用軌道跑打掉放在衛星上的AI，但這一切都是愛國者的安排，直到最後，蛇叔把病毒注入了利奎德搞到的一臺AI裡，把支配全世界三部AI全部毀掉，愛國者的陰謀真相大白，蛇叔鬱悶的跪在自己父親老蛇叔的面前懺悔，決定自殺，被真正的老蛇叔救下來，老蛇叔告訴了他一切一切，老蛇叔之所以復活全靠撿回了之前兩個克隆體的身體得以復活，這次奧賽羅利奎德的出現也是老蛇叔的安排，一切的一切明瞭了，蛇叔不再恨他老爸，最後BIGBOSS靠在THEBOSS的墓碑上吸了最後一口煙……桑尼，電腦天才，毀掉AI的病毒就是她弄出來的，是合金裝備2裡面一個被愛國者利用的女人的女兒，成了新世界的希望，故事終……這就是一個關於和平的故事