李自成進京之後，為瓦解明軍殘餘勢力，多次遣使招降明山海關總兵吳三桂，未果。順治元年（1644年）四月二十一日，李自成與吳三桂進行一片石戰役。戰至四月二十二日，吳軍漸漸不支。吳三桂乃降於清朝攝政王多爾袞，兩軍聯手擊潰李自成，主將劉宗敏受傷，急令撤退。四月二十六日，李自成逃到京城，僅三萬餘人，四月二十九日，李自成在北京稱帝，怒殺吳三桂家大小34口，次日逃往西安，由山西、河南兩路徹退。臨行前火燒紫禁城和北京的部分建築，七月渡黃河敗歸西安，不久，棄西安，經藍田，商州，走武關。由於南明弘光帝朝廷的建立和大順軍的節節敗退，很多投降大順的原明朝將領復投南明或清朝，李自成於是疑心日盛，終於妄殺李巖等人，致使人心離散。

順治元年（1644年）十月，清軍攻陷太原，隨即分兵南下晉東南，大順軍長治守將劉忠抵敵不住，被迫率部轉入河南。至此，山西全省僅剩西南一角為大順 軍控制，李自成山西防線基本瓦解。十月下旬，清軍兵分兩路攻打陝西，一路由英親王阿濟格率領吳三桂、尚可喜等軍由大同向榆林進兵，然後從陝北南下西安。一路由豫親王多鐸率領孔有德、耿仲明等部，從河南懷慶攻擊潼關。李自成聞訊，勿忙率軍增援潼關。十二月，清軍出擊潼關，大順軍列陣迎戰，劉宗敏先戰不利。

順治二年（1645年）正月初四日，劉芳亮統兵出戰，受到挫折，李自成親率馬步兵拒戰，又被清軍擊敗。初五、初六兩日夜間，大順軍連襲清營，俱敗。初九日，清軍的紅衣大炮運至，進逼潼關口。大順軍鑿重壕，立堅壁，堵截清軍。十一日，清軍先用紅衣大炮轟擊，接著大舉進攻，相繼攻入大順軍陣。大順軍仍頑強奮戰，以騎兵300反擊，又分兵迂迴到清軍陣後攻擊，但都失敗。這時，北路清軍由阿濟格率領，從山西保德州渡過黃河，進入陝北，圍攻榆林。經十三天激戰，潼關失守。李自成見清兵兩路夾攻，陝西陷落已成定局，遂被迫放棄西安，經藍田、商州，走武關，退入襄陽[18]，“聲言欲取南京，水陸並進”。

李自成敗退路線

三月，大順軍逼走南明將領左良玉，佔領武昌，李自成計劃乘舟東下，奪取東南作為抗清基地。但大順軍尚未準備充分，清軍分水陸兩路突然襲來，李自成倉促棄武昌向東南進發。四月，清軍在湖北陽新、江西九江接連大敗大順軍，切斷其東下去路。李自成見東下已無可能，便掉頭向西南進軍，準備穿過江西轉入湖南。五月初，大順軍到達湖北通城九宮山麓時，李自成率輕騎20餘人登山探路，被當地民兵武裝姜大眼殺死，屍首秘密埋葬，李自成戰死後，農民軍悲怒交集，立即掃蕩九宮山區，對當地民眾予以報復性打擊。《明史》也記載，李自成死於湖北通城。大順軍餘部稱李自成為先帝，其妻高氏為太后，李錦推舉李自成三弟李自敬為首領。

分成好幾股，其中一股去了南京，歸史可法指揮，參加了保衛戰；一股一路西下，在貴州建立了根據地，後來不斷壯大，被南明小朝廷招攬。

很複雜，李自成在陝西被清，明，西三方勢力擊潰以後，大順軍還剩下15萬人，李自成把15萬人兵分兩路南下:

東路以李自成自己領導，經過不斷整合以後還有13萬，進入湖北以後，被清軍追上，劉宗敏被俘殺害，李自成自己也在九宮山被殺害。剩下的大順軍餘部在1645年5月進入湖南，兵力不足10萬人。在跟南明湖廣總督何騰蛟聯營抗清時，受到了分化瓦解，刺殺老上級馬世泰奪權的郝永忠、革裡眼賀一龍舊部王進才、爭世王藺養成舊部張光翠和牛萬才等人都脫離了大順軍投靠了何騰蛟，其中郝永忠還成了何騰蛟的私兵。

西路大順軍在李過和高一功指揮下由延安、綏德撤退後，經寧夏、隴西、漢中、川北、夔東一路轉戰，沿途蒐集各地留守的大順軍老本後，得到九營兵力（包括李過的後營兵力、田虎的前營殘部、李友的中營一部、劉汝魁的右營一部、賀蘭的左金王賀珍舊部、高一功的延綏鎮舊部、楊彥昌的闖塌天劉國能舊部），實質兵力約有四萬人，在1645年六七月間抵達了荊門一帶。

1645年八月，兩方人馬匯合，估計在十萬左右。

此時大順軍因為李自成已經陣亡，李過無力控制，而被堵胤錫操控，成為南明軍，號稱忠貞營。

忠貞營成立不久，就開始兵分兩路西征和東進。

西征軍兩萬餘人以劉體純為主，目的主要是接應漢中的奉天倡義大將軍賀珍起義；一度圍攻襄陽、拿下陝西興安州（今天的安康），跟賀珍、孫守法會合，幾乎奪取陝西，但最終還是被豪格、何洛會的八旗大軍打敗，退入夔東，經營根據地。

東進主力八萬餘人，以李過為主，準備攻取荊州、武昌。但在1646年正月荊州之戰中，忠貞營由於遭受何騰蛟的背叛，被勒克德渾的江南八旗主力千里奔襲擊潰。劉芳亮、劉汝魁等人戰死，左營從此瓦解（劉國昌即改世王劉希堯可能除外）；田見秀、張鼐、李友、吳汝義等率數千殘部降清隨即皆被殺，從此中營瓦解。忠貞營殘部約五萬人退居湘西之後，基本上是以原來的後營李過部為核心團結了起來。可是，由於李過政治上被堵胤錫控制，因此忠貞營在政治上也就喪失了獨立性，實質上淪為南明永曆朝廷透過堵胤錫一派官僚所掌握的軍隊。

1648年，李過和劉體純兵合一處。李過圍攻長沙，劉體純圍攻寶慶，幾乎佔領湖南。但是，何騰蛟卻把湖南視為自己的禁臠，硬是把忠貞營調走去江西給金聲桓解圍。結果是，他自己被突然來襲的清廷濟爾哈朗部八旗大軍俘殺於湘潭，忠貞營也被清軍擊敗而不得不退往兩廣了。袁宗第、劉體純的原右營（實質是劉體純話事了）不願南下，退回夔東去跟賀珍、王光恩、搖黃（一部）抱團繼續經營根據地了，劉體純一度被推為盟主。

1649年，忠貞營內疫病流行，李過、張能、田虎等人相繼病死。

1650年，繼任忠貞營統帥的高一功帶黨守素等人到梧州拜見永曆帝，提出要把忠貞營交給永曆帝改編為其親自指揮的中央軍。在這種情況下，永曆帝命令劉國昌作為先鋒救援東勳控制下的廣州。不料永曆和忠貞營的這一計劃得罪了所有軍閥，東勳馬寶等部不顧自家主帥杜永和被圍在廣州也要優先圍攻劉國昌，西勳乃至永曆直屬的馬吉翔也參加圍攻，劉國昌部乃潰散於粵北。後劉國昌死，所部被馬寶收編後加入李定國的西營大軍。

此後，忠貞營只剩下兩萬多兵力，但高一功依然被明廷內頑固派嚴起恆等人操縱，抗拒大西國主孫可望出山領導抗清。

1650年十二月，當發現孫可望二十萬大軍出雲貴抗清已是勢不可擋的歷史潮流之後，高一功為避免被孫可望消滅，只好在文安之操縱下率領忠貞營殘部北上夔東跟劉體純會合。

1651年四月，忠貞營所部抵達貴州東部，隨後，忠貞營繼續北上，高一功、賀蘭在同湘西親清派土司作戰時相繼戰死，兵力也有損耗。

1651年冬天（十月或其後），李來亨等率領的忠貞營殘部兩三萬兵力（另有數萬家屬）抵達夔東跟劉體純會合。此時，大順軍殘部各部隊的兵力大概在五萬人左右（夔東十三家總兵力也不過七萬左右），且分為十來家，互不統屬，政治上則被文安之（1651年四月曾被孫可望拘留在都勻，但是年冬返回夔東十三家軍中）所控制。

此後，夔東十三家在文安之統一指揮下，參加了1652年四省大反攻、1655年長江戰役前期準備計劃、1658年試圖圍魏救趙的兩次重慶之戰。

1663年正月初一，清軍經過兩年準備發動三省大會剿，到1664年八月初四終於蕩平茅麓山。大順軍餘部除了馬騰雲（即原大順朝真定節度使馬重禧）、黨守素等少數人投降外，均堅貞不屈，奮戰到了最後一刻。大順軍至此，完全消亡了。