第二階段實行單迴圈積分賽制，總計5輪，至此，衝超組決出衝超球隊1支、參加衝超附加賽球隊1支。

保級組方面，兩個小組的倒數後二名參加降級交叉淘汰賽，兩回合4場比賽決出降級球隊，也就是說，降級組的倒數第一對陣另一個降級組的倒數第二，負者直接降級。

升降級

中甲升級名額1.5個，中甲降級名額2個

再來看備受關注的升降級，首先看升級。

中甲的升級名額為2個，在衝超組單迴圈比賽之後，第一名直接衝超，第二名則和中超第15名進行兩回合比賽決出中超名額。

衝超名額減少了0.5個，這和中超球隊的要求有關，在特殊賽制下，各隊面臨的挑戰非常大，所以中超的降級名額減少了0.5個，這讓中甲球隊有些不滿，認為此舉侵犯了他們的利益，但中國足協同時在中甲降級方面予以照顧。

2020賽季，中甲的降級名額也是2個，兩個小組的倒數第一直接降級。

要知道，按照18個球隊的配置，正常的降級球隊應該是2.5個球隊，但此次減少為2個，不過，每個將降級組的後2名都會進入降級附加賽，如此總計4支球隊要參加降級附加賽，也是比較殘酷的。

在升級附加賽和降級附加賽賽制上，實施兩回合比賽，但因為是賽會制比賽，無客場進球概念，如果兩回合戰平且進球數相同，則直接進行30分鐘加時賽。加時賽換人名額增加1人1次。