明末清初，來華的傳教士把基督教帶到中國的同時，也帶來了西方近代科學和醫藥學。由於當時主要傳人的只是淺顯的解剖生理知識，而且西醫在臨床治療技術上並不優於中醫，故影響不大。西醫開始對中國醫學發生影響是在19世紀初，牛痘接種法以及西醫外科和眼科治療技術的傳入，隨著西醫傳入的擴大，近代西醫學的成就相繼引入中國，從而為西醫在中國的發展奠定了基礎。

鴉片戰爭改變了中國原有的歷史程序和社會性質。鴉片戰爭後，教會醫院由沿海進入整個內地，幾十年間教會醫院在各地比比皆是，成為和教堂一樣引人注目的教會標誌。

廣州是近代中國最早與西方世界接觸的前沿，也是西方醫學最早輸入和最先繁榮的城市。早在1835年廣州就有了傳教士建立的第一所眼科醫院，1838年“中國醫學傳教協會”在廣州組成。鴉片戰爭後，1842年11月伯駕從美國回到廣州於舊址重開醫院，在1845年以前，教會醫院的外科切割手術都是在無麻醉下進行。1846年伯駕引入乙醚麻醉法在他的醫院第一次試用，使醫院在實施外科手術上有重大進步。同年10月，伯駕又從波士頓買到傑克遜(JacksonCT．)醫師研製的麻醉儀和一批乙醚，隨同附來的一封信介紹有使用這種儀器和藥物的方法。這種儀器的安全性顯然更好。時隔兩年伯駕很快又引進氯仿麻藥，1849年11月24日，他首次對一例膀胱結石病人用氯仿麻醉，結果十分成功。麻醉藥引入教會醫院，使教會醫生外科手術的選擇範圍大大擴充套件。以伯駕為代表的教會醫生在引進麻醉劑方面是迅速的。1846年美國醫生摩頓(MortonWTG．)首先使用乙醚拔牙。在英國1846年12月，倫敦外科醫生也開始應用乙醚於外科手術，1847年11月15日辛普森醫生在愛丁堡皇家醫院首先用氯仿於外科手術。這兩種麻醉藥為西醫外科發生根本性變化起到了重要作用。由於教會醫生和他們本國教會組織保持著密切聯絡，使他們能即時地輸入一些新技術，為教會醫院在中國的發展保持技術優勢。1842年後廣州教會醫院的治療範圍逐漸擴大，眼病雖然是醫院的治療重點，但是疾病的種類已涉及到內外科、骨科、皮科和牙科方面，手術包括腫瘤、膀胱結石、乳腺疾病、壞死性骨骼切除等。

廣州眼科醫局是當時規模最大、影響也最大的教會醫院，除此之外還有幾個小診所。例如，1848年美國公理會鮑爾(BallD．)醫生在城內公理會教堂裡開有一個診所，1851年美國長老會醫生哈珀(HapperAP．)在廣州開辦惠濟診所。

五個口岸的教會醫院的根本宗旨當然是為了傳教，但同時它還發揮著另外一個作用，即給口岸上的外國商人、僑民和駐軍服務。譬如寧波舟山教會診所為駐紮舟山的英軍提供大量藥品。上海倫敦會醫院開創之初的主要經費都是向上海的英國僑民募捐的。

英國傳教士洛克哈特開創了在上海建立教會醫院的歷史。他看到了上海作為華東沿海一個商業中心的重要性，於是停止舟山診所工作轉到上海。洛克哈特在1845年的醫院報告中說，他的醫院一年時間治療的病人達一萬餘人次，不僅有上海的居民，還有蘇州、松江等附近城鎮的患者。鑑於這種有利的形勢，1846年起他又計劃建立更大的醫院和購買更多的裝置。1849年上海醫院開始用氯仿進行外科手術。

在上海從事醫藥事業的教會仍然是英美的基督教差會和法國天主教會。1847年美國浸信會曾派遣詹姆斯(JamesJS．)來上海開診所。1848年美國美以美會傳教士泰勒(TaylorG．)到上海辦診所持續了5年，1854年由凱利醫生接替直到1856年。美國聖公會的菲什(FishMW．)醫師1856年到上海，在城裡聖公會教堂附近設有一個診所直到1858年。法國天主教會於1849年在上海建天主教堂，教堂裡兼開診所，神父勒麥特里(lemaitre)和法國兩名外科醫生法勒(Fallier)和休巴克(Hubac)在這個天主教診所負責醫務工作，診所維持到1867年。

寧波、廈門、福州三個同時新闢的口岸,傳教士當然不會放棄。這三個口岸醫藥傳教的情形與上海、廣州沒有根本區別，不過規模較小。1843年11月浸禮會的麥高恩(MacgowanDJ．)就在寧波城內商業區利用一箇中國商人提供的房屋辦起診所，主要收治眼病患者。次年，美國長老會的麥卡特夫婦(McCarteeDB．)到寧波傳教，在住宅裡看病，他們在這裡收養中國女孩金韻梅並給予教育，然後送到美國紐約學習醫學，學成回國後一直為教會作醫療工作，是中國第一個在國外留學醫科的女醫生。1841年廈門被英軍佔領。1842年6月，英國傳教士卡明(CummingWH．)醫生在靠近廈門的鼓浪嶼開辦診所，1843年11月，美國長老會赫伯恩（HepburnJC．)也來到鼓浪嶼在卡明的診所工作。但是，根據教會的指示，他們很快從鼓浪嶼轉到廈門市區內。1848年倫敦會醫生希斯洛普(HyslopJ．)到廈門開始醫藥傳教工作。1850年美國長老會揚(YoungJH.)醫生到廈門開辦診所。1853年赫希伯爾格(HirschbergHJ．)從香港來到廈門接替揚，直到1858年。福州教會更晚，1848年秋季，美以美會懷特(WhiteMC．)首先到福州開診所，1851年威爾納（Wiley）來繼續這裡的工作直到1854年回國。1850年英國聖公會的韋爾頓到福州，在一個佛教廟宇辦診所到1856年。

1842年後香港變成英國殖民地香港有大量英國駐軍和外國商人，當內地發生戰爭時大部分傳教士和僑民便選擇香港作暫棲地，這個狹小的港島成為出入中國的重要門戶。港島因此變得擁擠，加之氣候炎熱和潮溼，經常流行瘧疾、痢疾和黃疸病。病人不僅有原島上的中國居民，還有英軍士兵。英軍艦船上的軍醫院無法適應病人大量增加的治療需要，軍醫院從船上搬到島上。1843年軍醫院全部遷入港島上一幢新建的樓房裡，同年，香港成立公共衛生和清潔委員會，1844年3月，香港頒佈“維持香港殖民地秩序和清潔”的公告，1845年香港成立“中國內外科學會”，由英國海軍醫生塔克(TockerA．)任會長，合信(Hobsen B．)任秘書，成員共7人。學會下面設一所圖書館，他們和內地教會醫生有密切的關係，定期召開醫學討論會，與內地醫生共同研究中國常見的流行病和中國植物藥物等問題。由塔克代表該醫學會提議在香港建立一所教會醫院和醫學校，教會醫院計劃很快得到實現，但關於香港醫學校的計劃後來因為經費來源出現了困難和香港內外科醫學會的悄灰解體沒有得到實施。

在學會直接組織下，1843年6月，香港第一個教會醫院落成。醫院的主要工作除門診部外還有可以容納40多人的病房。實際醫療工作是合信和另一個醫生承擔，同時經常有一些在港的外國醫生幫助，1848年初，倫敦會派赫希伯格來香港負責醫院工作，並於1848年3月20日在中國九龍增加一個診所。赫希伯格在香港工作到1853年後轉到廈門。合信培養的兩名中國青年參與眼科病的治療和手術工作。合信對醫學教育抱有濃厚的興趣，1844年他向香港內外科學會建議儘快發展香港醫學教育。他認為，可以首先組成一個6到10人的醫學班，前期講授物理、化學、生物學等課程，然後在醫院實習臨床科目和解剖示範。醫學會雖然批准了他的計劃，但在三年後，1847年當合信再次從英國回到香港時，他帶來的在國內籌集的經費遠遠不夠用於建立一個學校，加之香港醫學會的解散，合信設想建立香港醫學校的願望最終沒有實現。(後來香港出現的醫學校與合信無關)但是，1850年，合信卻在廣州發表出版中文書籍《全體新論》，合信希望這本醫學著作成為向華人講授西方醫學有益的教材。《全體新論》有過幾次再版重印，一度成為為數不多的幾本中文標準醫學著作。

古代西方醫學和中醫以及其它古代醫學一樣都是由經驗總結，進而發展成為一個醫學體系的。它們與當時人們的世界觀是相契合的。古代西方醫學是與古代西方樸素的哲學觀念相契合，就像中醫和其它古代文明的醫學。

隨著近代歐洲科學的發展，歐洲人開始用科學的眼光審視古代西方醫學，發現了它的不足。他們對西醫用科學的方法進行改造，並在此基礎上行成了現代醫學。現代醫學的根本在於科學。從醫學的發展過程來看，其實現代醫學與西醫是兩回事。現在人們稱之為西醫的，只是因為最初從西方發展並傳播開來，所以叫西醫，其實跟真正的古代西醫是兩回事，正確的叫法是現代醫學。

需要指出的是，古代西方醫學，中醫，古代其它文明發展出來的各個不同的醫學體系，是人類文明的共同財富，雖然它們有不科學的，甚至反科學的方面，常用神秘主義或裝神弄鬼來糊弄人民。但也是幾千年來人民智慧的結晶，有糟粕，也有精華，人類應當批判的繼承這些古代醫學。

根據目前西方醫學的具體操作程式去分析，西醫是藉助西方的機械學和數理化學發展起來的。

當機械化在西方先進國家開始興盛之後，當時的西方醫學在診斷疾病病因方面是十分落後的，因為他們沒有中國醫學中的[望聞問切]，所以不知道該使用什麼方式方法去了解發生疾病的原因，也不知道如何瞭解人體的他們認為最佳的方式方法。而機械化的興盛，給他們帶來了啟迪。

帶動機器運動的電動機是整部機器的命門，一旦電動機壞了或出現毛病了，機器一是宕機，二是執行不正常。在維修過程中，維修師傅發明了檢查電動機的十分科學的方法:聽法。維修師傅用起子頭頂在電動機身上，把起子的木柄貼緊耳門，這樣就可以聽到電動機裡的機芯是否有碰壁現象或其它一些不正常的機芯運動聲。如果發現電動機芯果然出現磨擦或擺動等毛病，機修師傅就拆開電動機進行維修。這種起子聽電動機的方法啟發了西醫，於是西醫把人體的心臟看成機器的電動機，發明了可以聽見心臟跳動聲音的聽筒。

西醫聽診器的出現使西醫在診斷疾病方面似乎帶來了驚喜，但久後發覺依然十分無奈。

電動機運轉過程中不正常的話，電動機的溫度會升高到超出常溫。機修師傅只要用摸摸就知道這溫度是否正常。於是，西醫根據這個探溫方法，發明出了探測人體體溫的探溫針。

維修機器或更換齒輪時，要拆開機器進行清洗，然後換上新的齒輪。西醫接受了這種啟示，於是就出現了開啟人體對人體器官的檢查切割或更換的醫學現象。到此為止，西醫的診治體系就基本拍板了。

因為數理化的突飛，於是給西醫研究藥物帶來了致命的錯覺，所以西藥就成為名乎其實的[人體殺蟲藥]。

顯微鏡下的微生物，使西醫認定它們就是導致人體發生疾病的根本原因。於是，物理化學就成為西醫研究殺菌藥的有力助手。從此，西藥的研發就有了十分完美的體系了。

後來的電子科技，更讓西醫如虎添翼，西醫的電子療法從此問世。

西醫的機械思維方式加上現代電子科技，西醫的[機械電子醫學體系]，到了今日，已經發展到了接近頂峰。