1800年大選，亞當斯沒能連任是多因素造成的，主要的原因有三個。

一是1796年大選時亞當斯所屬的聯邦黨內鬥，黨魁漢密爾頓因為養二奶的事暴露而退出政壇，他素來和亞當斯不合，因此在大選結束後密謀讓本黨選舉人選副總統候選人平克尼為總統，讓亞當斯繼續當副總統，這個陰謀導致本黨內部分裂，一部分不滿的選舉人沒有投給平克尼，結果選舉人團唱票時，亞當斯依舊第一，傑弗遜第二，平克尼第三，於是把副總統送給了傑弗遜，出現了正副總統分屬兩個黨的局面，導致聯邦黨內的不合，和民主共和黨的崛起。

二是華盛頓因為不聽話而長期壓制阿倫·伯爾這位戰爭英雄政治奇才，使之投奔民主共和黨，1800年傑弗遜和伯爾聯手，伯爾靠坦慕尼俱樂部用利益交換獲得窮人選票，拿下了關鍵的紐約州，使得傑弗遜贏得了大選。因此禍根是不喜歡聽不同意見的華盛頓種下的。

三是宣佈定都華盛頓後，一群聯邦黨人炒華盛頓特區的地皮，炒房團由當時的首富莫里斯帶領的，打算大發一筆。傑弗遜那幫人全是土財主，窮得就剩下土地了，沒有錢去炒地皮，加上家裡的地已經太多了。沒想到法國大革命導致全球經濟危機，美國的土地價格一落千丈，莫里斯破產了。聯邦黨人的家產大縮水，到了1800年大選的時候沒有足夠的經濟實力。因為沒錢輸了大選。

亞當斯落選導致聯邦黨的沒落，傑弗遜、麥迪遜、門羅開創了24年的維吉尼亞王朝，到了門羅連任的時候，居然沒有對手，一個人唱獨角戲。直到小亞當斯和傑克森之爭導致民主共和黨分裂，才重新開始了兩黨政治。