根據影響硝化菌生長的因素來確定硝化菌培養時應控制的指標：
1、溫度
在生物硝化系統中，硝化細菌對溫度的變化非常敏感，在5～35℃的範圍內，硝化菌能進行正常的生理代謝活動。當廢水溫度低於15℃時，硝化速率會明顯下降，當溫度低於10℃時已啟動的硝化系統可以勉強維持，硝化速率只有30℃時的硝化硝化速率的25%。儘管溫度的升高，生物活性增大，硝化速率也升高，但溫度過高將使硝化菌大量死亡，實際執行中要求硝化反應溫度低於38℃。
例如高氨廢水工程的除錯應儘量選擇氣溫15度以上的季節，如果必須在冬季啟動，應儘量選用高氨汙水廠的菌種，或有保溫、加溫措施的系統。
2、pH值
硝化菌對pH值變化非常敏感，最佳pH值是8.0～8.4，在這一最佳pH值條件下，硝化速度，硝化菌最大的硝化速度可達最大值。在硝化菌培養時，如果進水pH值較高，能夠達到8.0左右最好，如果達不到也不應刻意追求，只要系統內pH值不低於6.5即可，如低於此值，應及時補充鹼度，如NaOH、Na2CO3等。
3、溶解氧
氧是硝化反應過程中的電子受體，反應器內溶解氧高低，必會影響硝化反應得程序。在活性汙泥法系統中，大多數學者認為溶解氧應該控制在1.5～2.0mg/L內，低於0.5mg/L時硝化反應趨於停止。當前，有許多學者認為在低DO（1.5mg/L）下可出現SND（同步硝化反硝化）現象。在DO＞2.0mg/L，溶解氧濃度對硝化過程影響可不予考慮。但DO濃度不宜太高，因為溶解氧過高能夠導致有機物分解過快，從而使微生物缺乏營養，活性汙泥易於老化，結構鬆散。此外溶解氧過高，能量消耗過大，在經濟方面也不合適。
4、生物固體平均停留時間（汙泥齡）
為了使硝化菌群能夠在連續流反應器系統存活，微生物在反應器內的停留時間（θc）N必須大於自養型硝化菌最小的世代時間（θc）minN，否則硝化菌的流失率將大於淨增率，將使硝化菌從系統中流失殆盡。一般對（θc）N的取值，至少應為硝化菌最小世代時間的2倍以上，即安全係數應大於2。
5、重金屬及有毒物質
有毒物質除了重金屬外，對硝化反應產生抑制作用的物質還有：高濃度氨氮、高濃度硝酸鹽有機物及絡合陽離子等。
6、COD/BOD
如果系統內COD/BOD較高，系統內的異養菌就會與硝化菌爭奪溶解氧，由於異養菌的數量遠遠大於硝化菌，硝化菌常常在系統內COD/BOD較高的情況下得不到
根據影響硝化菌生長的因素來確定硝化菌培養時應控制的指標：
1、溫度
在生物硝化系統中，硝化細菌對溫度的變化非常敏感，在5～35℃的範圍內，硝化菌能進行正常的生理代謝活動。當廢水溫度低於15℃時，硝化速率會明顯下降，當溫度低於10℃時已啟動的硝化系統可以勉強維持，硝化速率只有30℃時的硝化硝化速率的25%。儘管溫度的升高，生物活性增大，硝化速率也升高，但溫度過高將使硝化菌大量死亡，實際執行中要求硝化反應溫度低於38℃。
例如高氨廢水工程的除錯應儘量選擇氣溫15度以上的季節，如果必須在冬季啟動，應儘量選用高氨汙水廠的菌種，或有保溫、加溫措施的系統。
2、pH值
硝化菌對pH值變化非常敏感，最佳pH值是8.0～8.4，在這一最佳pH值條件下，硝化速度，硝化菌最大的硝化速度可達最大值。在硝化菌培養時，如果進水pH值較高，能夠達到8.0左右最好，如果達不到也不應刻意追求，只要系統內pH值不低於6.5即可，如低於此值，應及時補充鹼度，如NaOH、Na2CO3等。
3、溶解氧
氧是硝化反應過程中的電子受體，反應器內溶解氧高低，必會影響硝化反應得程序。在活性汙泥法系統中，大多數學者認為溶解氧應該控制在1.5～2.0mg/L內，低於0.5mg/L時硝化反應趨於停止。當前，有許多學者認為在低DO（1.5mg/L）下可出現SND（同步硝化反硝化）現象。在DO＞2.0mg/L，溶解氧濃度對硝化過程影響可不予考慮。但DO濃度不宜太高，因為溶解氧過高能夠導致有機物分解過快，從而使微生物缺乏營養，活性汙泥易於老化，結構鬆散。此外溶解氧過高，能量消耗過大，在經濟方面也不合適。
4、生物固體平均停留時間（汙泥齡）
為了使硝化菌群能夠在連續流反應器系統存活，微生物在反應器內的停留時間（θc）N必須大於自養型硝化菌最小的世代時間（θc）minN，否則硝化菌的流失率將大於淨增率，將使硝化菌從系統中流失殆盡。一般對（θc）N的取值，至少應為硝化菌最小世代時間的2倍以上，即安全係數應大於2。
5、重金屬及有毒物質
有毒物質除了重金屬外，對硝化反應產生抑制作用的物質還有：高濃度氨氮、高濃度硝酸鹽有機物及絡合陽離子等。
6、COD/BOD
如果系統內COD/BOD較高，系統內的異養菌就會與硝化菌爭奪溶解氧，由於異養菌的數量遠遠大於硝化菌，硝化菌常常在系統內COD/BOD較高的情況下得不到