1根莖不同

鳶尾的的根莖從地底長出，斜向生長，直徑在1cm左右，略粗，葉子在斜生莖上長出，扁竹蘭的根莖自地面匍匐生長，有很多節部，節部上有鬚根和分枝，根莖呈黃褐色，比起鳶尾的根莖要細小一些，直徑只有5mm左右。

2、葉子不同

鳶尾的葉子從根莖上長出，沒有葉柄，葉子呈寬劍狀，中間較寬，葉尖和葉子基部彙集成尖狀，中間最寬部分約3cm，扁竹蘭的葉子基部十分密集，聚集在莖稈頂端，如傘狀展開，葉片也是寬劍形，但是比鳶尾葉子要寬得多。

3、莖稈不同

在扁竹蘭和鳶尾的區別中，扁竹蘭的莖稈從根莖上分生出來，向上生長，和根莖一樣十分細小，具有較長的節部，莖稈較直，鳶尾的莖稈從根莖上斜伸出，彎曲在地面生長，和根莖相似，莖頂端有1～2個側枝。

4、花朵不同

鳶尾的花生於花莖頂端，花為藍紫色，中間有部分白色，花莖較短，一朵花有內外兩層，外層花邊緣波浪狀，內花多為白色，扁竹蘭的花色為淺藍色、白色，花瓣邊緣褶皺，不是鳶尾那般明顯波浪。

5、果實不同

鳶尾的果實為長橢圓形和倒卵形，果實長5cm左右，寬2cm左右，成熟之後會自己裂開，露出黑色的種子，扁竹蘭的果實也是橢圓形，長約3cm寬1cm左右，比鳶尾果實小很多，表面有網狀的脈絡，種子為黑褐色。