一、第一使徒渚薰因為老碇的陰謀而墮落為第十三使徒。這原本是不應該存在的使徒。EVA8號機的顯示器上顯示為【DSS CHOKER type BLUE 13th ANGEL】。而渚薰則是因為帶上了DSS頸環而被改變為第十三使徒。這些全都是老碇的陰謀。瑪麗也說過這樣的臺詞“碇源堂，你的目標原來是這個嗎？”（也就是說DSS頸環的原型設計都是碇源堂，之後預設美里的Wunder奪取行為，藉此將DSS技術轉入律子的手中。算定律子會將頸環戴在碇真嗣身上。在奪回碇真嗣之後故意讓黑麗表現不像白麗，不常在住所，使得真嗣疏遠她，讓冬月找真嗣下棋告訴其真相，都是為了能夠拉近真嗣和渚薰的距離，引導渚薰自發地代替碇真嗣帶上DSS頸環，從而使其墮落為第十三使徒。
有四個我覺得挺細思極恐的地方：
一、第一使徒渚薰因為老碇的陰謀而墮落為第十三使徒。這原本是不應該存在的使徒。EVA8號機的顯示器上顯示為【DSS CHOKER type BLUE 13th ANGEL】。而渚薰則是因為帶上了DSS頸環而被改變為第十三使徒。這些全都是老碇的陰謀。瑪麗也說過這樣的臺詞“碇源堂，你的目標原來是這個嗎？”（也就是說DSS頸環的原型設計都是碇源堂，之後預設美里的Wunder奪取行為，藉此將DSS技術轉入律子的手中。算定律子會將頸環戴在碇真嗣身上。在奪回碇真嗣之後故意讓黑麗表現不像白麗，不常在住所，使得真嗣疏遠她，讓冬月找真嗣下棋告訴其真相，都是為了能夠拉近真嗣和渚薰的距離，引導渚薰自發地代替碇真嗣帶上DSS頸環，從而使其墮落為第十三使徒。
二、第十二使徒由老碇在中央教條區和莉莉絲放置在一起，並沉睡在MARK6的體內。在MARK6被MARK9切斷頭部之後，從其內部以黑色電纜束的樣子出現，幷包圍了13號機。全身都由核心構成。最後被覺醒後的第十三號機吞噬而被消滅。
三、老碇擅自將封印覺醒初號機的卡西烏斯之槍換掉成偽造的朗基努斯之槍，誘騙渚薰去封印覺醒的莉莉絲，將朗基努斯之槍和卡西烏斯之槍（偽）兩把槍打入其體內，自身殘骸化，形成【莉莉絲結界】將其封印並在MARK6的體內封印了第十二號使徒，而將MARK6設定成了一個陷阱。
四、根據以上種種陰謀老碇誘騙渚薰去帶領真嗣引發第四次衝擊來實現自己的願望（雖然因為渚薰的自我犧牲關閉加夫之門而失敗）